Plasticité phénotypique et architecture génétique de la croissance et de la densité du bois du pin maritime (Pinus pinaster Ait.)

Evaluating the impact of climate change on current plantations supposes the evaluation of their phenotypic plasticity and their genotypic diversity within the species, under abiotic pressure. Maritime pine is a perennial species of major economical interest in the french Aquitaine region. Wildly studied genetically and ecophysiologically, maritime pine is a very good biological model to see that type of study to the end. In this thesis, we intend to study various traits related to maritime pine growth under a biotic constraints, according to the following approaches: (1) evalutation of the phenotypic variability and (2)dissection of the genetic architecture of the traits (number, location and effects of QTLs). The comparisonbetween envrionmental and phenotypic data will allow us to appreciate the phenotypic pasticity of individuals. Afterwards, studying the genetic architecture of these traits and its variability according to the genetic background of individuals and environmental conditions will allow us to assess the stability ofdetected QTLs.We used 4 progenies of maritime pines: 3 controlled crosses of parents originated from contrasted ecotypes (Corsica, Landes and Morocco) and 1 controlled cross from a second generation of self-pollination (F2). Micro-cores were extracted from the individuals of the F2 population andmicrodensity profiles were established trough 7 consecutive years. Total height and diameter of eachindividual were measured once a year on the 3 others crosses, from 2010 to 2014. Dynamics of apical budburst was also followed on the same individuals in 2012 and 2013. Finally, dynamics of radial growth were monitored on a sub-sample of 239 individuals (spread in 2 of the 3 controlled crosses) during 3 yearsthanks to a unique device of microdendrometers.At the same time, all individuals (form the 4 crosses) were genotyped with several DNA bioarraysof molecular markers, allowing the building of genetic maps. The confrontation of phenotypic and genotypic data enabled to identify genome are as involved in the genetic architecture behind the traitsand to study their stability according to environmental conditions and the genetic background of individuals.This study showed that bud burst varies from year to year, depending on the conditions oftemperature and of the genetic background of individuals. Same way as growth, bud burst is controlled bymany QTLs of moderate effect, varying according to climatic conditions and the genetic background of individuals. The monitoring of seasonal dynamics of wood formation also showed a QTL x environment interaction revealing that wood density is regulated by different genes or the same set of genes,differentially regulated in response to the climate. The last part of the study puts forwards, for the firsttime, the variability of radius daily fluctuations within a full-sib family and its interaction with environmental variables. [...]Evaluer l'effet du climat sur la croissance des arbres forestiers, et notamment leur capacité de production de biomasse en situation de contrainte hydrique, passe par la quantification du niveau de plasticité phénotypique des individus et de la diversité génétique des populations au sein de l'espèce étudiée. Le pin maritime, plante pérenne d'intérêt économique majeur en Aquitaine, largement étudiée au niveau génétique et écophysiologique, est un excellent modèle biologique pour mener à bien ce type d'étude. Dans le cadre de cette thèse, nous avons étudié la variabilité phénotypique de nombreux caractères liés à la croissance du pin maritime au jeune âge, en fonction de contraintes abiotiques essentiellement liées à la disponibilité en eau. Nous avons par ailleurs documenté l'architecture génétique de ces traits en termes de nombre, position sur une carte génétique et effet des gènes majeurs (QTL) qui contrôlent une partie de cette variabilité phénotypique.Dans le cadre de travaux de cette thèse, nous avons utilisé deux dispositifs expérimentaux: l'un composé de trois familles F1 issues de croisements contrôlés de parents d'origines géographiques contrastées (Corse, Landes et Maroc), l'autre d'une famille F2 issue de l'autofécondation d'un hybride Corse x Landes. Le premier essai comprenait 1500 individus semés en 2007 sur lesquels la hauteur et le diamètre ont été mesurés annuellement de 2010 à 2014. Nous avons également noté l'évolution de la phénologie du débourrement apical pendant deux années consécutives (2012 et 2013). Enfin, la dynamique de la croissance radiale de 239 génotypes (répartis sur deux des trois familles) a été suivie en continu pendant trois années (2011-2013) grâce à un dispositif unique de capteurs de déplacement continu (microdendromètres). Le second essai comprenait 500 arbres semés en 1998 et dont le carottage au niveau du tronc début 2011 a permis d’établir le profil microdensitométrique sur 7 années consécutives (2004-2010). En parallèle, le génotypage des descendants des 4 croisements a été réalisé grâce à l'aide de biopuces à ADN, ce qui a permis de construire des cartes génétiques. L'analyse conjointe de l'information phénotypique et génotypique a permis d'identifier des QTL pour l'ensemble des caractères et d'étudier leur stabilité en fonction des conditions environnementales et du fond génétique.Cette étude a montré que le débourrement est variable en années en fonction des contraintes de températures et du fond génétique. Tout comme la croissance primaire et secondaire, le débourrement est contrôlé par de nombreux QTL à effets modérés qui varient en fonction de l’environnement climatique et du fond génétique. Le suivi de la dynamique saisonnière de la formation du bois a également montré une interaction QTL x environnement révélant que la densité du bois est régulée par différents gènes ou le même jeu de gènes régulé de façon différentielle en fonction du climat. Enfin, La dernière partie de cette étude a permis de mettre en évidence, pour la première fois, la variabilité intra-spécifique des fluctuations journalières du tronc et son interaction avec des variables environnementales. [...

Le risque en agriculture

Une cinquantaine d'auteurs relevant des sciences de la terre, des sciences biologiques et des sciences humaines, livrent leurs réflexions sur le risque en agriculture. Le lecteur est invité à parcourir un vaste champ thématique que la notion de diversité marque profondément : multiplicité des sources du risque, diversité des réponses et réponses par la diversité, pluralité des points de vue des exemples retenus empruntés pour la plupart au monde tropical. (Résumé d'auteur

La rupture socio-économique et écologique au Centre-Est agro-sylvopastoral sénégalais au vingtième siècle

Au Centre-Est agro-sylvopastoral sénégalais, comme partout au Sahel sud en particulier, la mise en place du système économique capitaliste colonial au XXe siècle a entraîné la connexion des systèmes de production à l'économie internationale, et des migrations sans précédent de cultivateurs, d 'éleveurs, et de producteurs forestiers. Parallèlement à ces processus socioéconomiques et territoriaux, et dans un contexte de forte activité solaire, les sécheresses se sont paradoxalement accentuées au Centre-Est sénégalais. Pour comprendre les enjeux socioéconomiques et écologiques associés à ces processus, l'hypothèse suivante a été avancée: du fait de la mise en place du système économique capitaliste au XXe siècle, le Centre-Est sénégalais a été affecté par une rupture socio-économique qui a entraîné celle des systèmes écologiques. Pour vérifier cette hypothèse, une analyse diachronique basée sur une approche systémique, et sur des enquêtes socio-économiques, l'analyse de discours, des relevés biogéographiques, la photointerprétation, la télédétection, la cartographie, et l'analyse statistique, a été réalisée. Les résultats montrent que, sous l'effet du système colonial, les structures socio-économiques se sont morcelées au XXe siècle. Du fait de la logique capitaliste de croissance continue de la production, la perception révérencieuse de la nature, et les lnéthodes et techniques d' exploitation qui permettaient la régénération écologique, sont devenues destructives des systèmes écologiques au XXe siècle. Ces derniers n'ont pas connu de perturbations majeures et durables avant le XXe siècle, et semblent avoir été contrôlés principalement par l'activité solaire. Cependant au XXe siècle, des indicateurs de dégradation du couvert végétal, des sols notamment sont apparus au Centre-Est sénégalais. En même temps, le climat s'y est réchauffé, et s'y est paradoxalement asséché. Ce réchauffement s'oppose également, dans la région d'étude, à l'affaiblissement du rayonnement solaire, qui tranche aussi avec le contexte de forte activité solaire. Le Centre-Est sénégalais est ainsi affecté par une rupture socio-économique et écologique au XXe siècle. L'échec de la connexion de l'économie locale au capitalisme explique l'incompatibilité entre systèmes-socio-économiques et la nécessité d'assurer la durabilité des ressources naturelles

MÉDECINE TRADITIONNELLE ET « MÉDECINE INTÉGRATIVE » À MADAGASCAR : ENTRE DÉCISIONS INTERNATIONALES ET APPLICATIONS LOCALES

Following the WHO recommendations made in the late 1970s, many countries in Africa have implemented dynamics of recognition of traditional medicine and traditional healers. This dissertation focuses on the development of « integrative medicine » in Madagascar, consisting in its integration into the formal and conventional health care system. This development project, focusing on improving population's public health, requires a double evaluation: a social evaluation with the supervision of traditional healers' practices and a therapeutic evaluation with research on medicinal plants and development of improved traditional remedies. This research is the result of a methodological approach based on multi-located fieldworks conducted in the Malagasy capital and its surroundings and an ethnography of a rural town in the Analanjirofo region (east coast of Madagascar). On one side, this approach focuses on the attempts of application of political decisions regarding the supervision of traditional medicine and on the other side, on the real practice of traditional care as well as on individual and communal behaviours when facing disease, sickness, illness and misfortunes with extended case studies. This thesis contributes to the anthropology of health with a focus on political and developmental dynamics. A special emphasis is placed on the nature of cohabitation existing between practitioners (doctors and traditional healers) going from a simple referencing of patients to a rare collaboration. This study tends to highlight the possible gap between government decisions and local applications as well as the resulting social, political and economic issues.Depuis les recommandations de l'OMS de la fin des années 1970, de nombreux pays en Afrique ont mis en place des dynamiques de reconnaissance de la médecine traditionnelle et de ses praticiens. Cette thèse s'intéresse au projet de développement de la « médecine intégrative » à Madagascar, consistant en son intégration au sein du système de soins officiel et conventionnel. Ce projet a pour objectif l'amélioration de la santé des populations et passe par une double évaluation : au niveau social avec l'encadrement des activités des tradipraticiens et au niveau thérapeutique avec la recherche sur les plantes médicinales et le développement de remèdes traditionnels améliorés. Cette recherche est le fruit d'une démarche méthodologique qui s'appuie sur des enquêtes multi-situées, avec un terrain de recherche dans la capitale malgache et ses environs et avec l'ethnographie d'une localité rurale de la région Analanjirofo (côte est de Madagascar). Cette approche s'intéresse d'un côté aux tentatives d'applications des décisions politiques en matière d'encadrement de la médecine traditionnelle et de l'autre à la pratique concrète des soins traditionnels ainsi qu'aux comportements individuels et communautaires face à la gestion des maux, des malheurs et de la maladie avec des études de cas approfondies. Cette thèse s'inscrit dans le champ de l'anthropologie de la santé avec une orientation sur les dynamiques politiques et de développement. Un intérêt particulier est porté à la nature de la cohabitation entre praticiens (médecins, guérisseurs) se déclinant d'un simple référencement de patients à une plus rare collaboration. Cette étude met en exergue le décalage pouvant exister entre des décisions gouvernementales et leurs applications locales ainsi que les enjeux sociaux, politiques et économiques qui en résultent