Statistical Mechanics and Information-Theoretic Perspectives on Complexity in the Earth System

Peer reviewedPublisher PD

Detectable, defect-free dark photon dark matter

Ultralight dark photons are compelling dark matter candidates, but their allowed kinetic mixing with the Standard Model photon is severely constrained by requiring that the dark photons do not collapse into a cosmic string network in the early Universe. Direct detection in minimal production scenarios for dark photon dark matter is strongly limited, if not entirely excluded; discovery of sub-meV dark photon dark matter would therefore point to a nonminimal dark sector. We describe a model that evades such constraints, capable of producing cold dark photons in any parameter space accessible to future direct detection experiments. The associated production dynamics yield additional signatures in cosmology and small-scale structure, allowing for possible positive identification of this particular class of production mechanisms

Clustering of multiple instance data.

An emergent area of research in machine learning that aims to develop tools to analyze data where objects have multiple representations is Multiple Instance Learning (MIL). In MIL, each object is represented by a bag that includes a collection of feature vectors called instances. A bag is positive if it contains at least one positive instance, and negative if no instances are positive. One of the main objectives in MIL is to identify a region in the instance feature space with high correlation to instances from positive bags and low correlation to instances from negative bags -- this region is referred to as a target concept (TC). Existing methods either only identify a single target concept, do not provide a mechanism for selecting the appropriate number of target concepts, or do not provide a flexible representation for target concept memberships. Thus, they are not suitable to handle data with large intra-class variation. In this dissertation we propose new algorithms that learn multiple target concepts simultaneously. The proposed algorithms combine concepts from data clustering and multiple instance learning. In particular, we propose crisp, fuzzy, and possibilistic variations of the Multi-target concept Diverse Density (MDD) metric, along with three algorithms to optimize them. Each algorithm relies on an alternating optimization strategy that iteratively refines concept assignments, locations, and scales until it converges to an optimal set of target concepts. We also demonstrate how the possibilistic MDD metric can be used to select the appropriate number of target concepts for a dataset. Lastly, we propose the construction of classifiers based on embedded feature space theory to use our target concepts to predict the label of prospective MIL data. The proposed algorithms are implemented, tested, and validated through the analysis of multiple synthetic and real-world data. We first demonstrate that our algorithms can detect multiple target concepts reliably, and are robust to many generative data parameters. We then demonstrate how our approach can be used in the application of Buried Explosive Object (BEO) detection to locate distinct target concepts corresponding to signatures of varying BEO types. We also demonstrate that our classifier strategies can perform competitively with other well-established embedded space approaches in classification of Benchmark MIL data

Verifying context-sensitive treebanks and heuristic parses in polynomial time

Proceedings of the 17th Nordic Conference of Computational Linguistics NODALIDA 2009. Editors: Kristiina Jokinen and Eckhard Bick. NEALT Proceedings Series, Vol. 4 (2009), 190-197. © 2009 The editors and contributors. Published by Northern European Association for Language Technology (NEALT) http://omilia.uio.no/nealt . Electronically published at Tartu University Library (Estonia) http://hdl.handle.net/10062/9206

Improvement of ms based e-nose performances by incorporation of chromatographic retention time as a new data dimension

Mejora del rendimiento de la nariz electrónica basada en espectrometría de masas mediante la incorporación del tiempo de retención cromatografico como una nueva dimensión de datosLa importancia del sentido de olor en la naturaleza y en la sociedad humana queda latente con el gran interés que se muestra en el análisis del olor y el gusto en la industria alimentaria. Aunque las aéreas mas interesadas son las de la alimentación y bebida, también se ha mostrado la necesitad para esta tecnología en otros campos como en el de la cosmética. Lamentablemente, el uso de los paneles sensoriales humanos o paneles caninos son costosos, propensos al cansancio, subjetivos, poco fiables e inadecuados para cuantificar, mientras que el análisis de laboratorio, a pesar de la precisión, imparcialidad y capacidad cuantitativa, necesita una labor intensa, con personal especializado y requiere de mucho tiempo. Debido a estos inconvenientes el concepto de olfato artificial generó un gran interés en entornos industriales.El término "nariz electrónica" se asocia con una serie de sensores de gases químicos, con una amplia superposición de selectividad para las mediciones de compuestos volátiles en combinación con los instrumentos informáticos de análisis de datos. La nariz electrónica se utiliza para proporcionar una información comparativa en vez de una cualitativa en un análisis, y porque la interpretación puede ser automatizada, el dispositivo es adecuado para el control de calidad y análisis. A pesar de algunos logros prometedores, los sensores de estado sólido de gas no han cumplido con sus expectativas. La baja sensibilidad y selectividad, la corta vida del sensor, la calibración difícil y los problemas de deriva han demostrado serias limitaciones. En un esfuerzo para mejorar los inconvenientes de los sensores de estado sólido, se han adoptado nuevos enfoques, utilizando diferentes sensores para la nariz electrónica. Sistemas de sensores ópticos, la espectrometría de movilidad iónica y la espectrometría infrarroja son ejemplos de técnicas que han sido probadas.Las narices electrónicas basadas en la espectrometría de masas (MS) aparecieron por primera vez en 1998 [B. Dittmann, S. y G. Nitz Horner. Adv. Food Sci. 20 (1998), p. 115], y representan un salto importante en la sensibilidad, retando a la nariz electrónica basada en sensores químicos. Este nuevo enfoque del concepto de una nariz electrónica usa sensores virtuales en forma de proporciones m/z. Una huella digital compleja y muy reproducible se obtiene en forma de un espectro de masas, que se procesa mediante algoritmos de reconocimiento de patrones para la clasificación y cuantificación. A pesar de que la nariz electrónica basada en la espectrometría de masas supera a la nariz electrónica clásica de sensores de estado sólido en muchos aspectos, su uso se limita actualmente a la instrumentación de laboratorio de escritorio. La falta de portabilidad no representará necesariamente un problema en el futuro, dado que espectrómetros de masas en miniatura se han fabricado ya en una fase de prototipado.Un inconveniente más crítico de la nariz electrónica basada en MS consiste en la manera en la que se analizan las muestras. La fragmentación simultánea de mezclas complejas de isómeros pueden producir resultados muy similares a raíz de este enfoque. Una nariz electrónica mejor sería la que combina la sensibilidad y el poder de identificación del detector de masas con la capacidad de separación de la cromatografía de gases. El principal inconveniente de este enfoque es de nuevo el coste y la falta de portabilidad de los equipos. Además de los problemas anteriores con la espectrometría de masas, el análisis de cromatografía de gases requiere mucho tiempo de medida.Para abordar estas cuestiones, se han reportado miniaturizaciones en cromatografía capilar de gases (GC) que hacen posible el GC-en-un-chip, CG-rápido y CG-flash que hacen uso de columnas cortas, reduciendo el tiempo de análisis a los tiempos de elución como segundos y, en algunos casos, se han comercializado. La miniaturización de la espectrometría de masas y cromatografía de gases tiene un gran potencial para mejorar el rendimiento, la utilidad y la accesibilidad de la nueva generación de narices electrónicas.Esta tesis se dedica al estudio y a la evaluación del enfoque del GC-MS para la nariz electrónica como un paso anterior al desarrollo de las tecnologías mencionadas anteriormente. El objetivo principal de la tesis es de estudiar si el tiempo de retención de una separación de cromatografía puede mejorar el rendimiento de la nariz electrónica basada en MS, mostrando que la adición de una tercera dimensión trae más información, ayudando a la clasificación de las pruebas. Esto se puede hacer de dos maneras: · comparando el análisis de datos de dos vías de espectrometría de masas con análisis de datos de dos vías de matrices desplegadas y concatenadas para los datos de tres vías y · comparando el análisis de datos de dos vías del espectrometría de masas con el análisis de datos de tres vías para el conjunto de datos tridimensionales.Desde el punto de vista de cromatografía, la meta será la de optimizar el método cromatográfico con el fin de reducir el tiempo de análisis a un mínimo sin dejar de tener resultados aceptables.Un paso importante en el análisis de datos multivariados de vías múltiples es el preprocesamiento de datos. Debido a este objetivo, el último objetivo será el de determinar qué técnicas de preprocesamiento son las mejores para y el análisis de dos y tres vías de datos.Con el fin de alcanzar los objetivos propuestos se crearon dos grupos de datos. El primero consiste en las mezclas de nueve isómeros de dimetilfenol y etilfenol. La razón de esta elección fue la similitud de los espectros de masas entre sí. De esta manera la nariz electrónica basada en espectrometría de masas sería retada por el conjunto de datos. También teniendo en cuenta el tiempo de retención de los nueve isómeros solos, las soluciones se hicieron, como si el conjunto de datos demostraría el reto si se usaría sólo el tiempo de retención. Por tanto, este conjunto de datos "artificiales" sostiene nuestras esperanzas en mostrar las mejoras de la utilización de ambas dimensiones, la MS (espectros de masas) y la GC (tiempo de retención).Veinte clases, representando las soluciones de los nueve isómeros se midieron en diez repeticiones cada una, por tres métodos cromatográficos, dando un total de 600 mediciones. Los métodos cromatográficos fueron diseñados para dar un cromatograma resuelto por completo, un pico coeluido y una situación intermediaria con un cromatograma resuelto parcialmente. Los datos fueron registrados en una matriz de tres dimensiones con las siguientes direcciones: (muestras medidas) x (proporción m/z) x (tiempo de retención). Por "colapsar" los ejes X e Y del tiempo de retención cromatográfica y los fragmentos m/z, respectivamente, se obtuvieron dos matrices que representan los espectros de masa regular y el cromatograma de iones totales, respectivamente. Estos enfoques sueltan la información traída por la tercera dimensión y el despliegue por lo que la matriz original 3D y la concatenación de las TIC y el espectro de masa media se han tenido en consideración como una forma de preservar la información adicional de la tercera dimensión en una matriz de dos dimensiones.Los datos fueron tratados mediante la alineación de picos, con una media de centrado y la normalización por la altura máxima y el área del pico, los instrumentos de pre-procesamiento que también fueron evaluados por sus logros.Para el análisis de datos de dos vías fueron utilizados el PCA, PLS-DA y fuzzyARTMAP. La agrupación de PCA y PARAFAC fueron evaluados por la relación intervariedad - intravariedad, mientras que los resultados mediante fuzzy ARTMAP fueron dados como el éxito de la las tasas de clasificación en porcentajes.Cuando PCA y PARAFAC se utilizaron, como era de esperar, el método de cromatografía resuelto (método 1) dio los mejores resultados globales, donde los algoritmos 2D funcionan mejor, mientras que en un caso más complicado (picos más coeluidos del método 3) pierden eficacia frente a métodos 3D.En el caso de PLS-DA y n-PLS, aunque los resultados no son tan concluyentes como los resultados del PCA y PARAFAC, tratándose de las diferencias mínimas, el modelo de vías múltiples PLS-DA ofrece un porcentaje de éxito en la predicción de ambos conjuntos de datos. También se recomienda el n-PLS en vez de utilizar datos desplegados y concatenados, ya que construye un modelo más parsimonioso.Para el análisis fuzzyARTMAP, la estrategia de votación empleada ha demostrado que al usar los espectros de masa media y la información del cromatograma de iones totales juntos se obtienen resultados más consistentes.En el segundo conjunto de datos se aborda el problema de la adulteración del aceite de oliva extra virgen con aceite de avellana, que debido a las similitudes entre los dos aceites es una de las más difíciles de detectar. Cuatro aceites extra virgen de oliva y dos aceites de avellana se midieron puros y en mezclas de 30%, 10%, 5% y 2% con los mismos objetivos mostrando que la adición de la extra dimensión mejora los resultados. Se han hechos cinco repeticiones para cada preparación, dando un total de 190 muestras: 4 aceites puros de oliva, 2 aceites puros de avellana y 32 adulteraciones de aceite de avellana en aceite de oliva, dando un total de 38 clases. Dos métodos cromatográficos fueron utilizados. El primero estaba dirigido a una completa separación de los componentes del aceite de oliva y empleó una separación con temperatura programable, mientras que el objetivo del segundo método fue un pico coeluido, por lo tanto fue contratada una temperatura constante de separación. Los datos fueron analizados por medio de la PCA, PARAFAC, PLS-DA y PLS-n.Como en el conjunto "artificial" de datos, el PCA y PARAFAC se analizaron por medio de la capacidad de clusterización, que mostró que los mejores resultados se obtienen con los datos desplegados seguido por los datos 3D tratados con el PARAFAC.Desde el punto de vista de optimización de la columna, los logros obtenidos por la columna corta está por debajo del enfoque de la columna larga, pero este caso demuestra una vez más que la adición de los incrementos de tercera dimensión mejoran la nariz electrónica basada en MS.Para el PLS-DA y n-PLS se evaluaron las tasas de éxito comparativamente, tanto para las corridas cromatográficas largas como para las cortas. Mientras que para la columna larga el mejor rendimiento es para los datos del cromatograma de iones totales (TIC), la columna corta muestra mejor rendimiento para los datos concatenados de los espectros de masa media y TIC. Además, la predicción de las tasas de éxito son las mismas para los datos TIC de columna larga como para los datos concatenados de la columna corta. Este caso es muy interesante porque demuestra que el enfoque PLS de la tercera dimensión mejora los resultados y, por otra parte, mediante el uso de la columna corta el tiempo de análisis se acorta considerablemente.Se esperan ciertos logros de la nariz electrónica. Por el momento, ninguno de esos enfoques se acercó lo suficiente para producir una respuesta positiva en los mercados. Los sensores de estado sólido tienen inconvenientes casi imposibles de superar. La nariz electrónica basada en espectrometría de masas tiene una falta de portabilidad y a veces sus logros son insuficientes, y el aparato del cromatógrafo de gases-espectrómetro de masas sufre problemas de portabilidad igual que espectrómetro de masas y toma mucho tiempo. El desarrollo de potentes algoritmos matemáticos durante los últimos años, junto con los avances en la miniaturización, tanto para MS y GC y mostrar cromatografía rápida cierta esperanza de una nariz electrónica mucho mejor.A través de este trabajo podemos afirmar que la adición del tiempo de retención cromatográfica como una dimensión extra aporta una ventaja sobre las actuales tecnologías de la nariz electrónica. Mientras que para los cromatogramas totalmente resueltos no se logran mejoras o la ganancia es mínima, sobre todo en la predicción, para una columna corta la información adicional mejora los resultados, en algunos casos, hacerlos tan bien como cuando una larga columna se utiliza. Esto es muy importante ya que las mediciones en un cromatógrafo de gases - espectrometro de masas se pueden optimizar para tramos muy cortos, una característica muy importante para una nariz electrónica. Esto permitiría el diseño de un instrumento de mayor rendimiento, adecuado para el control de calidad en líneas de productos

Neutrosophic Crisp Set Theory

Since the world is full of indeterminacy, the Neutrosophics found their place into contemporary research. We now introduce for the first time the notions of Neutrosophic Crisp Sets and Neutrosophic Topology on Crisp Sets. We develop the 2012 notion of Neutrosophic Topological Spaces and give many practical examples. Neutrosophic Science means development and applications of Neutrosophic Logic, Set, Measure, Integral, Probability etc., and their applications in any field. It is possible to define the neutrosophic measure and consequently the neutrosophic integral and neutrosophic probability in many ways, because there are various types of indeterminacies, depending on the problem we need to solve. Indeterminacy is different from randomness. Indeterminacy can be caused by physical space, materials and type of construction, by items involved in the space, or by other factors. In 1965 [51], Zadeh generalized the concept of crisp set by introducing the concept of fuzzy set, corresponding to the situation in which there is no precisely defined set;there are increasing applications in various fields, including probability, artificial intelligence, control systems, biology and economics. Thus, developments in abstract mathematics using the idea of fuzzy sets possess sound footing. In accordance, fuzzy topological spaces were introduced by Chang [12] and Lowen [33]. After the development of fuzzy sets, much attention has been paid to the generalization of basic concepts of classical topology to fuzzy sets and accordingly developing a theory of fuzzy topology [1-58]. In 1983, the intuitionistic fuzzy set was introduced by K. Atanassov [55, 56, 57] as a generalization of the fuzzy set, beyond the degree of membership and the degree of non-membership of each element. In 1999 and 2002, Smarandache [71, 72, 73, 74] defined the notion of Neutrosophic Sets, which is a generalization of Zadeh’s fuzzy set and Atanassov\u27s intuitionistic fuzzy set

Statistical mechanics and information-theoretic perspectives on complexity in the Earth system

This review provides a summary of methods originated in (non-equilibrium) statistical mechanics and information theory, which have recently found successful applications to quantitatively studying complexity in various components of the complex system Earth. Specifically, we discuss two classes of methods: (i) entropies of different kinds (e.g., on the one hand classical Shannon and R´enyi entropies, as well as non-extensive Tsallis entropy based on symbolic dynamics techniques and, on the other hand, approximate entropy, sample entropy and fuzzy entropy); and (ii) measures of statistical interdependence and causality (e.g., mutual information and generalizations thereof, transfer entropy, momentary information transfer). We review a number of applications and case studies utilizing the above-mentioned methodological approaches for studying contemporary problems in some exemplary fields of the Earth sciences, highlighting the potentials of different techniques

Robust nonlinear control of vectored thrust aircraft

An interdisciplinary program in robust control for nonlinear systems with applications to a variety of engineering problems is outlined. Major emphasis will be placed on flight control, with both experimental and analytical studies. This program builds on recent new results in control theory for stability, stabilization, robust stability, robust performance, synthesis, and model reduction in a unified framework using Linear Fractional Transformations (LFT's), Linear Matrix Inequalities (LMI's), and the structured singular value micron. Most of these new advances have been accomplished by the Caltech controls group independently or in collaboration with researchers in other institutions. These recent results offer a new and remarkably unified framework for all aspects of robust control, but what is particularly important for this program is that they also have important implications for system identification and control of nonlinear systems. This combines well with Caltech's expertise in nonlinear control theory, both in geometric methods and methods for systems with constraints and saturations