Pregelix: Big(ger) Graph Analytics on A Dataflow Engine

There is a growing need for distributed graph processing systems that are capable of gracefully scaling to very large graph datasets. Unfortunately, this challenge has not been easily met due to the intense memory pressure imposed by process-centric, message passing designs that many graph processing systems follow. Pregelix is a new open source distributed graph processing system that is based on an iterative dataflow design that is better tuned to handle both in-memory and out-of-core workloads. As such, Pregelix offers improved performance characteristics and scaling properties over current open source systems (e.g., we have seen up to 15x speedup compared to Apache Giraph and up to 35x speedup compared to distributed GraphLab), and makes more effective use of available machine resources to support Big(ger) Graph Analytics

Nuevos retos en clasificación asociativa: Big Data y aplicaciones

La clasificación asociativa surge como resultado de la unión de dos importantes ámbitos del aprendizaje automático. Por un lado la tarea descriptiva de extracción de reglas de asociación, como mecanismo para obtener información previamente desconocida e interesante de un conjunto de datos, combinado con una tarea predictiva, como es la clasificación, que permite en base a un conjunto de variables explicativas y previamente conocidas realizar una predicción sobre una variable de interés o predictiva. Los objetivos de esta tesis doctoral son los siguientes: 1) El estudio y el análisis del estado del arte de tanto la extracción de reglas de asociación como de la clasificación asociativa; 2) La propuesta de nuevos modelos de clasificación asociativa así como de extracción de reglas de asociación teniendo en cuenta la obtención de modelos que sean precisos, interpretables, eficientes así como flexibles para poder introducir conocimiento subjetivo en éstos. 3) Adicionalmente, y dado la gran cantidad de datos que cada día se genera en las últimas décadas, se prestará especial atención al tratamiento de grandes cantidades datos, también conocido como Big Data. En primer lugar, se ha analizado el estado del arte tanto de clasificación asociativa como de la extracción de reglas de asociación. En este sentido, se ha realizado un estudio y análisis exhaustivo de la bibliografía de los trabajos relacionados para poder conocer con gran nivel de detalle el estado del arte. Como resultado, se ha permitido sentar las bases para la consecución de los demás objetivos así como detectar que dentro de la clasificación asociativa se requería de algún mecanismo que facilitara la unificación de comparativas así como que fueran lo más completas posibles. Para tal fin, se ha propuesto una herramienta de software que cuenta con al menos un algoritmo de todas las categorías que componen la taxonomía actual. Esto permitirá dentro de las investigaciones del área, realizar comparaciones más diversas y completas que hasta el momento se consideraba una tarea en el mejor de los casos muy ardua, al no estar disponibles muchos de los algoritmos en un formato ejecutable ni mucho menos como código abierto. Además, esta herramienta también dispone de un conjunto muy diverso de métricas que permite cuantificar la calidad de los resultados desde diferentes perspectivas. Esto permite conseguir clasificadores lo más completos posibles, así como para unificar futuras comparaciones con otras propuestas. En segundo lugar, y como resultado del análisis previo, se ha detectado que las propuestas actuales no permiten escalar, ni horizontalmente, ni verticalmente, las metodologías sobre conjuntos de datos relativamente grandes. Dado el creciente interés, tanto del mundo académico como del industrial, de aumentar la capacidad de cómputo a ingentes cantidades de datos, se ha considerado interesante continuar esta tesis doctoral realizando un análisis de diferentes propuestas sobre Big Data. Para tal fin, se ha comenzado realizando un análisis pormenorizado de los últimos avances para el tratamiento de tal cantidad de datos. En este respecto, se ha prestado especial atención a la computación distribuida ya que ha demostrado ser el único procedimiento que permite el tratamiento de grandes cantidades de datos sin la realización de técnicas de muestreo. En concreto, se ha prestado especial atención a las metodologías basadas en MapReduce que permite la descomposición de problemas complejos en fracciones divisibles y paralelizables, que posteriormente pueden ser agrupadas para obtener el resultado final. Como resultado de este objetivo se han propuesto diferentes algoritmos que permiten el tratamiento de grandes cantidades de datos, sin la pérdida de precisión ni interpretabilidad. Todos los algoritmos propuestos se han diseñado para que puedan funcionar sobre las implementaciones de código abierto más conocidas de MapReduce. En tercer y último lugar, se ha considerado interesante realizar una propuesta que mejore el estado del arte de la clasificación asociativa. Para tal fin, y dado que las reglas de asociación son la base y factores determinantes para los clasificadores asociativos, se ha comenzado realizando una nueva propuesta para la extracción de reglas de asociación. En este aspecto, se ha combinado el uso de los últimos avances en computación distribuida, como MapReduce, con los algoritmos evolutivos que han demostrado obtener excelentes resultados en el área. En particular, se ha hecho uso de programación genética gramatical por su flexibilidad para codificar las soluciones, así como introducir conocimiento subjetivo en el proceso de búsqueda a la vez que permiten aliviar los requisitos computacionales y de memoria. Este nuevo algoritmo, supone una mejora significativa de la extracción de reglas de asociación ya que ha demostrado obtener mejores resultados que las propuestas existentes sobre diferentes tipos de datos así como sobre diferentes métricas de interés, es decir, no sólo obtiene mejores resultados sobre Big Data, sino que se ha comparado en su versión secuencial con los algoritmos existentes. Una vez que se ha conseguido este algoritmo que permite extraer excelentes reglas de asociación, se ha adaptado para la obtención de reglas de asociación de clase así como para obtener un clasificador a partir de tales reglas. De nuevo, se ha hecho uso de programación genética gramatical para la obtención del clasificador de forma que se permite al usuario no sólo introducir conocimiento subjetivo en las propias formas de las reglas, sino también en la forma final del clasificador. Esta nueva propuesta también se ha comparado con los algoritmos existentes de clasificación asociativa forma secuencial para garantizar que consigue diferencias significativas respecto a éstos en términos de exactitud, interpretabilidad y eficiencia. Adicionalmente, también se ha comparado con otras propuestas específicas de Big Data demostrado obtener excelentes resultados a la vez que mantiene un compromiso entre los objetivos conflictivos de interpretabilidad, exactitud y eficiencia. Esta tesis doctoral se ha desarrollado bajo un entorno experimental apropiado, haciendo uso de diversos conjunto de datos incluyendo tanto datos de pequeña dimensionalidad como Big Data. Además, todos los conjuntos de datos usados están publicados libremente y conforman un conglomerado de diversas dimensionalidades, número de instancias y de clases. Todos los resultados obtenidos se han comparado con el estado de arte correspondiente, y se ha hecho uso de tests estadísticos no paramétricos para comprobar que las diferencias encontradas son significativas desde un punto de vista estadístico, y no son fruto del azar. Adicionalmente, todas las comparaciones realizadas consideran diferentes perspectivas, es decir, se ha analizado rendimiento, eficiencia, precisión así como interpretabilidad en cada uno de los estudios.This Doctoral Thesis aims at solving the challenging problem of associative classification and its application on very large datasets. First, associative classification state-of-art has been studied and analyzed, and a new tool covering the whole taxonomy of algorithms as well as providing many different measures has been proposed. The goal of this tool is two-fold: 1) unification of comparisons, since existing works compare with very different measures; 2) providing a unique tool which has at least one algorithm of each category forming the taxonomy. This tool is a very important advancement in the field, since until the moment the whole taxonomy has not been covered due to that many algorithms have not been released as open source nor they were available to be run. Second, AC has been analyzed on very large quantities of data. In this regard, many different platforms for distributed computing have been studied and different proposals have been developed on them. These proposals enable to deal with very large data in a efficient way scaling up the load on very different compute nodes. Third, as one of the most important part of the associative classification is to extract high quality rules, it has been proposed a novel grammar-guided genetic programming algorithm which enables to obtain interesting association rules with regard to different metrics and in different kinds of data, including truly Big Data datasets. This proposal has proved to obtain very good results in terms of both quality and interpretability, at the same time of providing a very flexible way of representing the solutions and enabling to introduce subjective knowledge in the search process. Then, a novel algorithm has been proposed for associative classification using a non-trivial adaptation of the aforementioned algorithm to obtain the rules forming the classifier. This methodology is also based on grammar-guided genetic programming enabling user not only to constrain the form of the rules, but the final form of the classifier. Results have proved that this algorithm obtains very accurate classifiers at the same time of maintaining a good level of interpretability. All the methodologies proposed along this Thesis has been evaluated using a proper experimental framework, using a varied set of datasets including both classical and Big Data dataset, and analyzing different metrics to quantify the quality of the algorithms with regard to different perspectives. Results have been compared with state-of-the-art and they have been verified by means of non-parametric statistical tests proving that the proposed methods overcome to existing approaches

Framework for Supporting Genomic Operations

Next Generation Sequencing (NGS) is a family of technologies for reading the DNA or RNA, capable of producing whole genome sequences at an impressive speed, and causing a revolution of both biological research and medical practice. In this exciting scenario, while a huge number of specialized bio-informatics programs extract information from sequences, there is an increasing need for a new generation of systems and frameworks capable of integrating such information, providing holistic answers to the needs of biologists and clinicians. To respond to this need, we developed GMQL, a new query language for genomic data management that operates on heterogeneous genomic datasets. In this paper, we focus on three domain-specific operations of GMQL used for the efficient processing of operations on genomic regions, and we describe their efficient implementation; the paper develops a theory of binning strategies as a generic approach to parallel execution of genomic operations, and then describes how binning is embedded into two efficient implementations of the operations using Flink and Spark, two emerging frameworks for data management on the cloud

BigDL: A Distributed Deep Learning Framework for Big Data

This paper presents BigDL (a distributed deep learning framework for Apache Spark), which has been used by a variety of users in the industry for building deep learning applications on production big data platforms. It allows deep learning applications to run on the Apache Hadoop/Spark cluster so as to directly process the production data, and as a part of the end-to-end data analysis pipeline for deployment and management. Unlike existing deep learning frameworks, BigDL implements distributed, data parallel training directly on top of the functional compute model (with copy-on-write and coarse-grained operations) of Spark. We also share real-world experience and "war stories" of users that have adopted BigDL to address their challenges(i.e., how to easily build end-to-end data analysis and deep learning pipelines for their production data).Comment: In ACM Symposium of Cloud Computing conference (SoCC) 201

TraNCE: Transforming Nested Collections Efficiently

Nested relational query languages have long been seen as an attractive tool for scenarios involving large hierarchical datasets. There has been a resurgence of interest in nested relational languages. One driver has been the affinity of these languages for large-scale processing platforms such as Spark and Flink. This demonstration gives a tour of TraNCE, a new system for processing nested data on top of distributed processing systems. The core innovation of the system is a compiler that processes nested relational queries in a series of transformations; these include variants of two prior techniques, shredding and unnesting, as well as a materialization transformation that customizes the way levels of the nested output are generated. The TraNCE platform builds on these techniques by adding components for users to create and visualize queries, as well as data exploration and notebook execution targets to facilitate the construction of large-scale data science applications. The demonstration will both showcase the system from the viewpoint of usability by data scientists and illustrate the data management techniques employed