Identificação automatizada de morcegos através de modelos estatísticos

Desenvolvimentos recentes nas metodologias de monitorização de morcegos utilizadas em Portugal, especialmente a introdção de estações de gravação automáticas, conduziram a um problema de análise devido à quantidade de dados obtida. Face a este problema propomos desenvolver um método automatizado de análise e classificação de pulsos de ecolocalização de morcegos, através do desenvolvimento de um programa de computador baseado em modelos estatísticos e utilizando uma base de dados de pulsos de morcegos gravados em Portugal. Neste artigo apresentamos os resultados obtidos para a análise e classificação das espécies P. pipistrellus, P. pygmaeus e M. schreibersii. Para a análise estatística usámos modelos de regressão logística multinomial e conjuntos de redes neuronais artificiais, tendo sido obtidas taxas globais de classificações corretas superiores a 94%

Saving trees for saving bats: tree-like features as key foraging habitats for insectivorous bats in intensively farmed agricultural lands

The loss of natural vegetation remnants and homogenization of agricultural landscapes have detrimental effects on bat occurrence. As bats are efficient pest controllers, it is important to understand the mechanisms underlying their persistence in agricultural landscapes. By comparing structural features of increasing complexity (open fields, single trees, tree lines and woodlands), we investigated the patterns of bat species richness, flight and feeding activities; and the potential effect of prey availability on these patterns. Open fields were significantly less bat rich and had lower levels of flight and feeding activities than treed features, which were differently used by distinct bat guilds. These differences were not driven by prey availability, which was similar across structural feature complexity. We conclude that the occurrence of different structural elements within agricultural landscapes provide a variety of commuting and feeding habitats for bat species with different requirements, reinforcing the importance of landscape heterogeneity to bat occurrence and species richness in agricultural landscapes; PRESERVAR ÁRVORES PARA CONSERVAR MORCEGOS: ESTRUTURAS COM ÁRVORES COMO HABITATS DE ALIMENTAÇÃO CHAVE PARA MORCEGOS INSECTÍVOROS EM ÁREAS DE AGRICULTURA INTENSIVA. RESUMO: A perda de vegetação natural e a homogeneização das paisagens agrícolas tem efeitos negativos na ocorrência de morcegos. Devido ao importante serviço de controlo de pragas providenciado pelos morcegos, importa perceber os mecanismos subjacentes à sua persistência nestas paisagens. Neste estudo investigámos os padrões de riqueza específica e de actividade de voo e alimentação de morcegos em estruturas de complexidade crescente (campos abertos, árvores isoladas, linhas de árvores e bosques); assim como o potencial efeito da disponibilidade de alimento sobre esses mesmos padrões. Os campos abertos apresentaram menor riqueza específica e actividades de voo e alimentação em comparação com as restantes estruturas, que foram distintamente usadas por diferentes grupos funcionais. A ocorrência de morcegos não foi influenciada por diferenças de disponibilidade de alimento entre estruturas. Os resultados da nossa investigação sugerem que estruturas com distintos graus de complexidade providenciam uma variedade de habitats que facilitam a deslocação e oferecem oportunidades de alimentação para espécies com diferentes requisitos, corroborando a importância da heterogeneidade da paisagem para a ocorrência e riqueza de espécies de morcegos em paisagens agrícolas

Caracterização do vírus da raiva isolado de uma colônia de morcegos Eptesicus furinalis, do Brasil

Some bat species have adapted to the expanding human population by acquiring the ability to roost in urban buildings, increasing the exposure risk for people and domestic animals, and consequently, the likelihood of transmitting rabies. Three dead bats were found in the yard of a house in an urban area of Jundiaí city in the state of São Paulo in southeast Brazil. Two of the three bats tested positive for rabies, using Fluorescent Antibody and Mouse Inoculation techniques. A large colony of Eptesicus furinalis was found in the house's attic, and of the 119 bats captured, four more tested positive for rabies. The objectives of this study were to report the rabies diagnosis, characterize the isolated virus antigenically and genetically, and study the epidemiology of the colony.Algumas espécies de morcegos têm se adaptado ao uso de abrigos em construções urbanas, aumentando a possibilidade de contato desses morcegos com pessoas e animais domésticos e conseqüentemente, o potencial risco de transmissão de raiva. Três morcegos foram encontrados no jardim de uma casa na área urbana da cidade de Jundiaí, Estado de São Paulo, Sudeste do Brasil, dois deles foram positivos para raiva pelas técnicas de imunofluorescência e inoculação em camundongos. Uma grande colônia de E. furinalis foi identificada, vivendo no sótão da casa e 119 morcegos foram encaminhados para diagnóstico de raiva, com mais quatro morcegos positivos. O objetivo desse estudo é apresentar a caracterização genética e antigênica do vírus da raiva isolado desses morcegos e o estudo epidemiológico da colônia

Checklist of the Helminth Parasites of South American Bats

My Brazilian co-author paid for this paper to be open--access.Copyright © 2001-2015 Magnolia Press. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited. The attached file is the published version of the article

Seasonal variations in the effect of structural complexity of olive productions systems on bat activity: implications for natural pest control services

Agricultural landscapes have suffered drastic changes as a consequence of management intensification, leading to a decline in biodiversity, specially in Mediterranean olive farms. Among others, homogenization affects the activity levels of bats, an important component of agricultural ecosystems by acting as biocontrol agents against olive pests. To understand how seasonal variations affects bat occurrence and the biocontrol services they provide, we sampled olive groves with different structural complexities over three seasons, coinciding with the peak activity of Prays oleae, one of the major pests of olive production systems. We found strong differences in the response of bats to the structural complexity of olive production systems, being these species-specific and strongly season-dependent. Thus, our results suggest that habitat heterogeneity is of great importance for bat activity, implying that structurally-complex agricultural landscapes could promote higher natural pest control services provided by bats; Variações sazonais no efeito da complexidade estrutural em olivais com diferentes sistemas de produção na atividade de morcegos: implicações para os serviços de controlo natural de pragas Resumo: As paisagens agrícolas sofreram drásticas mudanças por consequência da intensificação da gestão, levando ao declínio da biodiversidade, especialmente em olivais mediterrânicos. Entre outros, a homogeneização afeta os níveis de atividade dos morcegos, os quais apresentam elevada importância nos ecossistemas agrícolas pela sua capacidade de controlo natural de pragas. Para compreender como as variações sazonais afetam a ocorrência destes nos olivais, amostrámos olivais com diferentes complexidades estruturais em três estações, coincidindo com o pico de atividade de Prays oleae, uma das principais pragas dos olivais, para investigar se morcegos poderão atuar no seu controlo. Foram encontradas diferenças nas respostas dos morcegos em relação à complexidade estrutural dos olivais, sendo estas dependentes de cada espécie e da estação. Assim, os resultados sugerem que a heterogeneidade do habitat apresenta grande importância na atividade dos morcegos, implicando que paisagens agrícolas estruturalmente complexas poderão promover serviços de controlo natural de pragas fornecidos pelos morcegos

Antigen profile of rabies virus isolated from different species of non-hematophagous bats in the region of Presidente Prudente, State of São Paulo

O Laboratório de Virologia Clínica e Molecular do Instituto de Ciências Biomédicas da Universidade de São Paulo, utilizando-se da técnica de anticorpos monoclonais, tipificou 18 amostras de vírus rábico provenientes de morcegos não hematófagos de várias espécies provenientes da Região de Presidente Prudente, SP, Brasil. Destas amostras, 15 (82,3%) foram definidas como variante 3 (compatível com amostras isoladas de morcegos Desmodus rotundus) e 3 (16,7%) como variante 4 (compatível com amostras isoladas de morcegos Tadarida brasiliensis).Using the monoclonal antibody technique, the Clinical and Molecular Virology Laboratory of the Institute of Biomedical Sciences of the University of São Paulo typed 18 rabies virus samples from non-hematophagous bats of several species from the region of Presidente Prudente, SP, Brazil. Among these samples, 15 (82.3%) were defined as variant 3 (compatible with samples isolated from Desmodus rotundus bats) and three (16.7%) as variant 4 (compatible with samples isolated from Tadarida brasiliensis bats)

Avaliação fisiológica de morcegos frugívoros neotropicais e estruturação da assembleia causado pela alteração de habitat no cerrado

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2015.A fragmentação de habitat pode ser uma ameaça a quase todos remanescentes de vegetação nativa do planeta. Já é bem claro que eventos de perturbação por ação antrópica afetam os organismos que vivem nestes locais. O Cerrado é um bioma brasileiro composto por vegetação savânica, campestre e florestal. Ocupa uma área que corresponde a 25% do território brasileiro e vem perdendo cerca de 1.400.000 hectares de áreas nativas anualmente. Assim como outros grupos animais, os morcegos (Mammalia: Chiroptera) são afetados pela fragmentação de habitat. No entanto, pouco se sabe sobre a resposta desse grupo frente às perturbações antrópicas no Cerrado. Desta forma, este trabalho tem como objetivo investigar a resposta dos morcegos à fragmentação do habitat no Cerrado, no Distrito Federal, Brasil. Avaliei a resposta fisiológica de espécies frugívoras e de assembleias de morcegos em fragmentos do bioma Cerrado com diferentes níveis de perturbação. A partir das medidas de concentração do hormônio cortisol e das reservas energéticas observei que os níveis do cortisol dos morcegos não variaram em função do tipo de habitat. No entanto, o resultado da variação nas reservas energéticas mostrou que os morcegos responderam aos diferentes tipos de habitat e também em função da espécie. Sobre as assembleias, encontrei que não há uma relação direta das variáveis que eu utilizei para caracterizar a vegetação e o uso do solo com a composição de espécies das assembleias. Além disso, a riqueza e equitabilidade das espécies não estão diretamente relacionadas com o nível de perturbação do habitat, uma vez que áreas urbanizadas e rurais apresentaram os maiores valores de riqueza e equitabilidade do que as áreas mais conservadas. Ainda, é importante destacar que este trabalho avaliou um número maior de pontos amostrais do que o habitualmente observado na literatura, o que refletiu em um maior número de registros únicos de espécies pouco comuns.Habitat fragmentation can be a threat to almost all remnants of native vegetation on the planet. It is clear that disturbance events by human action affect the organisms that live in these places. The Cerrado is a Brazilian biome that consists of savanna vegetation, countryside and forest. It occupies an area corresponding to 25% of the Brazilian territory and has lost about 1.4 million hectares of native vegetation annually. As other animal groups, bats (Mammalia: Chiroptera) are affected by habitat fragmentation. However, little is known about the response of the front group to human disturbance in the Cerrado. Thus, this study aims to investigate the response of bats to habitat fragmentation in the Cerrado biome, at Federal District, Brazil. I evaluated the physiological response of frugivorous species of bats and assemblies in Cerrado fragments with different levels of disturbance. From the concentration measurements of the hormone cortisol and energy reserves I noticed that the bats cortisol levels did not vary as a function of habitat type. However, the variation in energy reserves results showed that the bats respond to different types of habitat, and also depending on the species. Considering the assemblies, I found that there is no direct relationship of the variables I used to characterize the vegetation and land use with the assembly species composition. In addition, the richness and evenness of the species are not directly related to habitat disturbance level, since urban and rural areas showed the highest richness and evenness values instead of conserved areas. Moreover, it is important to notice that this study evaluated a greater number of sampling points than those usually observed in the literature, which resulted in a greater number of unique records of uncommon species

O hábito alimentar dos morcegos (Mammalia, Chiroptera) e sua relação com a diversidade viral

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Zoologia, 2016.Os morcegos são reconhecidos como hospedeiros de uma grande variedade de vírus. No entanto, a relação entre a presença dos vírus e o hábito de vida dos morcegos quase não é explorada. O presente trabalho teve como objetivo entender um pouco melhor esta relação. Para tanto foi realizado um levantamento bibliográfico, apresentado no primeiro capítulo, sobre em quais morcegos já foram identificados vírus e quais são esses vírus, em um panorama global. Foi possível constatar que existe um maior número de estudos nos continentes do Velho Mundo e que a maioria dos trabalhos sobre vírus em morcegos nas Américas e no Brasil é sobre o vírus da raiva. Vírus pertencentes a 16 famílias já haviam sido identificados em morcegos no continente americano, sendo que destas famílias, apenas oito haviam sido identificadas no Brasil. Foi possível constatar que a família de morcegos Phyllostomidae é a que possui mais dados sobre vírus tanto no Brasil como nas Américas, seguida da família Molossidae, no Brasil. Sabendo que a ordem Chiroptera possui uma das dietas mais diversificadas entre todos os mamíferos, elaborei um estudo no capítulo 2 a fim de verificar a hipótese de que o hábito alimentar de quatro espécies de morcegos exerce influencia sobre a sua diversidade viral, bem como a hipótese de que quanto mais especializada a dieta dos morcegos, menor será a diversidade de vírus presentes em seus intestinos. Para tanto foram capturados 15 indivíduos de cada uma das seguintes espécies: Artibeus lituratus (Phyllostomidae) - frugívoro, Glossophaga soricina (Phyllostomidae) - nectarívoro, Desmodus rotundus (Phyllostomidae) – hematófago e, Nyctinomops laticaudatus (Molossidae) – insetívoro, em pontos aleatórios do Distrito Federal, no domínio Cerrado do Planalto Central, nos anos de 2014 e 2015. Os animais foram eutanasiados e tiveram seus intestinos armazenados a -80 ˚C para posterior análise. As amostras passaram por um processo de enriquecimento viral e os ácidos nucleicos foram extraídos utilizando-se o Kit de extração Zymo ZR Virus DNA/RNA. O DNA foi a seguir amplificado com polimerase phi29 e sequenciado usando o Kit de preparação Nextera DNA Library na plataforma Illumina MiSeq. As sequencias obtidas (reads) foram processadas e montadas usando CLC Genomics Workbench v.6.0.3. Os contigs resultantes foram comparados com o banco de dados Viral RefSeq, utilizando o programa BLASTX. A hipótese de que a diversidade viral varia de acordo com o hábito alimentar dos morcegos foi confirmad, porém a hipótese de que quanto mais especializada a dieta, dos morcegos, menor a diversidade viral encontrada no intestino, foi refutada. A espécie N. laticaudatus apresentou a maior diversidade viral, provavelmente porque os vírus encontrados no intestino dos espécimes, derivam da maior diversidade de insetos predados. As espécies G. soricina e A. lituratus apresentaram a mesma diversidade, o que pode ser explicado pelo fato de as duas espécies eventualmente utilizarem como alimentos plantas e esporadicamente insetos. D. rotundus foi a espécie com a menor diversidade viral, devido a dieta ser bastante restrita, apenas sangue. Porém, nesta espécie foi encontrado o vírus da Anemia Infecciosa das Galinhas – CAV, aqui encontrado pela primeira vez em D. rotundus, indicando que a espécie está predando além de mamíferos, aves. No todo 54 novos vírus foram detectados nas quatro espécies de morcegos, reforçando que pouco se conhece sobre os vírus presentes em morcegos.Bats have been identified as a reservoir host of many viruses. However, the relationship between the presence of virus and bats trophic guild has been underexplored. The present study aimed to know this relationship better. To do this, I did a literature compilation in Chapter 1, showing which bats have already been identified as hosts of viruses and which viruses are these at a global scale. I found that most studies have been made in the Old World countries and that most of the studies on viruses in bats in the Americas and Brazil are about rabies virus. Viruses belonging to 16 families have already been identified in bats on the American continent, but only eight of these have been identified in Brazil. The bat family Phyllostomidae is the one with most data about viruses, followed by the Molossidae family, in Brazil. Knowing that the Chiroptera order has one of the most diversified diets of all mammals, I proposed a study, presented in Chapter 2, to verify the hypothesis that viral diversity is guided by the feeding habits of four bat species and the hypothesis that the more specialized the diet of the bats, the lower the viral diversity presente in their intestines. I captured 15 individuals of each of the following species: Artibeus lituratus (Phyllostomidae) - frugivorous, Glossophaga soricina (Phyllostomidae) - nectarivorous, Desmodus rotundus (Phyllostomidae) – sanguivorous e, Nyctinomops laticaudatus (Molossidae) – insectivorous, during the years of 2014 and 2015, in the Brazilian Cerrado (a savanna-like vegetation) areas in the Federal District. The captured bats were euthanized, and their intestines were stored at -80 ˚C until processing. After viral enrichment, nucleic acids were extracted using the Zymo ZR Virus DNA/RNA Extraction kit. The resulting DNA was amplified with a phi29 polymerase and sequenced using Nextera DNA Library Preparation Kit and Illumina MiSeq platform. The paired-ends readings (881,946) were quality-filtered, re-assembled using CLC Genomics Workbench v.6.0.3, and the resulting contigs were compared to the Viral RefSeq database using BLASTX. The hypothesis that viral diversity varies according to the eating habits of the bats was confirmed, but the hypothesis that the more specialized the diet of the bats, the lower the viral diversity present in their intestines, was disproved. N. laticaudatus species had the highest viral diversity, probably because the viruses found in the intestines of specimens reflect the diversity of insects predated by them. The species G. soricina and A. lituratus showed the same viral diversity, which can be explained by the fact that this two species feed on plants and sporadically in insects. D. rotundus was the species with the lowest viral diversity due to its restricted blood feeding habits. However, Chicken Anemia Virus – CAV was reported for the first time in D. rotundus, indicating that D. rotundus bats are preying on avian hosts, despite preying on mammals too. Finally, altogether, 54 new viruses have been detected in the four bat species on this study, stressing that little is known about viruses in bats

A Fauna de Morcegos Fósseis como Ferramenta na Caracterização de Paleoambientes Quaternários.

This study proposes to reconstruct the paleoenvironment from Quaternary sites of the caves in the sertão baiano and Lagoa Santa region during the Pleistocene. The paleofauna of bats from these sites were compared to the extant fauna of 25 localities, representing most important Neotropical biome. This study was possible because all bat fossil species from both sites were elements of the extant Neotropical fauna, excepting Desmodus draculae. Because bats are considered goodenvironmental definers, the association of extant and fossil fauna permits the recognition of similar environments. The similarity between faunas was analyzed by Jaccard index with a posterior grouping analysis by UPGMA. The paleofauna of Lagoa Santa matched to Caatinga fauna, suggesting a dry and open environment adjacent to the Lagoa Santa cavesduring the Pleistocene. The paleofauna of sertão baiano caves matched to neither of the analyzed faunas. Most authorssuggest that fossil record of the sertão baiano caves represents a faunal mixture. The dissimilarity between the paleofaunaof bats from the sertão baiano caves and the other analyzed faunas resulted of this study is in agreement to the argumentof a faunal mixture represented by the former