Evolution von ontologiebasierten Mappings in den Lebenswissenschaften

Im Bereich der Lebenswissenschaften steht eine große und wachsende Menge heterogener Datenquellen zur Verfügung, welche häufig in quellübergreifenden Analysen und Auswertungen miteinander kombiniert werden. Um eine einheitliche und strukturierte Erfassung von Wissen sowie einen formalen Austausch zwischen verschiedenen Applikationen zu erleichtern, kommen Ontologien und andere strukturierte Vokabulare zum Einsatz. Sie finden Anwendung in verschiedenen Domänen wie der Molekularbiologie oder Chemie und dienen zumeist der Annotation realer Objekte wie z.B. Gene oder Literaturquellen. Unterschiedliche Ontologien enthalten jedoch teilweise überlappendes Wissen, so dass die Bestimmung einer Abbildung (Ontologiemapping) zwischen ihnen notwendig ist. Oft ist eine manuelle Mappingerstellung zwischen großen Ontologien kaum möglich, weshalb typischerweise automatische Verfahren zu deren Abgleich (Matching) eingesetzt werden. Aufgrund neuer Forschungserkenntnisse und Nutzeranforderungen verändern sich die Ontologien kontinuierlich weiter. Die Evolution der Ontologien hat wiederum Auswirkungen auf abhängige Daten wie beispielsweise Annotations- und Ontologiemappings, welche entsprechend aktualisiert werden müssen. Im Rahmen dieser Arbeit werden neue Methoden und Algorithmen zum Umgang mit der Evolution ontologie-basierter Mappings entwickelt. Dabei wird die generische Infrastruktur GOMMA zur Verwaltung und Analyse der Evolution von Ontologien und Mappings genutzt und erweitert. Zunächst wurde eine vergleichende Analyse der Evolution von Ontologiemappings für drei Subdomänen der Lebenswissenschaften durchgeführt. Ontologien sowie Mappings unterliegen teilweise starken Änderungen, wobei die Evolutionsintensität von der untersuchten Domäne abhängt. Insgesamt zeigt sich ein deutlicher Einfluss von Ontologieänderungen auf Ontologiemappings. Dementsprechend können bestehende Mappings infolge der Weiterentwicklung von Ontologien ungültig werden, so dass sie auf aktuelle Ontologieversionen migriert werden müssen. Dabei sollte eine aufwendige Neubestimmung der Mappings vermieden werden. In dieser Arbeit werden zwei generische Algorithmen zur (semi-) automatischen Adaptierung von Ontologiemappings eingeführt. Ein Ansatz basiert auf der Komposition von Ontologiemappings, wohingegen der andere Ansatz eine individuelle Behandlung von Ontologieänderungen zur Adaptierung der Mappings erlaubt. Beide Verfahren ermöglichen die Wiederverwendung unbeeinflusster, bereits bestätigter Mappingteile und adaptieren nur die von Änderungen betroffenen Bereiche der Mappings. Eine Evaluierung für sehr große, biomedizinische Ontologien und Mappings zeigt, dass beide Verfahren qualitativ hochwertige Ergebnisse produzieren. Ähnlich zu Ontologiemappings werden auch ontologiebasierte Annotationsmappings durch Ontologieänderungen beeinflusst. Die Arbeit stellt einen generischen Ansatz zur Bewertung der Qualität von Annotationsmappings auf Basis ihrer Evolution vor. Verschiedene Qualitätsmaße erlauben die Identifikation glaubwürdiger Annotationen beispielsweise anhand ihrer Stabilität oder Herkunftsinformationen. Eine umfassende Analyse großer Annotationsdatenquellen zeigt zahlreiche Instabilitäten z.B. aufgrund temporärer Annotationslöschungen. Dementsprechend stellt sich die Frage, inwieweit die Datenevolution zu einer Veränderung von abhängigen Analyseergebnissen führen kann. Dazu werden die Auswirkungen der Ontologie- und Annotationsevolution auf sogenannte funktionale Analysen großer biologischer Datensätze untersucht. Eine Evaluierung anhand verschiedener Stabilitätsmaße erlaubt die Bewertung der Änderungsintensität der Ergebnisse und gibt Aufschluss, inwieweit Nutzer mit einer signifikanten Veränderung ihrer Ergebnisse rechnen müssen. Darüber hinaus wird GOMMA um effiziente Verfahren für das Matching sehr großer Ontologien erweitert. Diese werden u.a. für den Abgleich neuer Konzepte während der Adaptierung von Ontologiemappings benötigt. Viele der existierenden Match-Systeme skalieren nicht für das Matching besonders großer Ontologien wie sie im Bereich der Lebenswissenschaften auftreten. Ein effizienter, kompositionsbasierter Ansatz gleicht Ontologien indirekt ab, indem existierende Mappings zu Mediatorontologien wiederverwendet und miteinander kombiniert werden. Mediatorontologien enthalten wertvolles Hintergrundwissen, so dass sich die Mappingqualität im Vergleich zu einem direkten Matching verbessern kann. Zudem werden generelle Strategien für das parallele Ontologie-Matching unter Verwendung mehrerer Rechenknoten vorgestellt. Eine größenbasierte Partitionierung der Eingabeontologien verspricht eine gute Lastbalancierung und Skalierbarkeit, da kleinere Teilaufgaben des Matchings parallel verarbeitet werden können. Die Evaluierung im Rahmen der Ontology Alignment Evaluation Initiative (OAEI) vergleicht GOMMA und andere Systeme für das Matching von Ontologien in verschiedenen Domänen. GOMMA kann u.a. durch Anwendung des parallelen und kompositionsbasierten Matchings sehr gute Ergebnisse bezüglich der Effektivität und Effizienz des Matchings, insbesondere für Ontologien aus dem Bereich der Lebenswissenschaften, erreichen.In the life sciences, there is an increasing number of heterogeneous data sources that need to be integrated and combined in comprehensive analysis tasks. Often ontologies and other structured vocabularies are used to provide a formal representation of knowledge and to facilitate data exchange between different applications. Ontologies are used in different domains like molecular biology or chemistry. One of their most important applications is the annotation of real-world objects like genes or publications. Since different ontologies can contain overlapping knowledge it is necessary to determine mappings between them (ontology mappings). A manual mapping creation can be very time-consuming or even infeasible such that (semi-) automatic ontology matching methods are typically applied. Ontologies are not static but underlie continuous modifications due to new research insights and changing user requirements. The evolution of ontologies can have impact on dependent data like annotation or ontology mappings. This thesis presents novel methods and algorithms to deal with the evolution of ontology-based mappings. Thereby the generic infrastructure GOMMA is used and extended to manage and analyze the evolution of ontologies and mappings. First, a comparative evolution analysis for ontologies and mappings from three life science domains shows heavy changes in ontologies and mappings as well as an impact of ontology changes on the mappings. Hence, existing ontology mappings can become invalid and need to be migrated to current ontology versions. Thereby an expensive redetermination of the mappings should be avoided. This thesis introduces two generic algorithms to (semi-) automatically adapt ontology mappings: (1) a composition-based adaptation relies on the principle of mapping composition, and (2) a diff-based adaptation algorithm allows for individually handling change operations to update mappings. Both approaches reuse unaffected mapping parts, and adapt only affected parts of the mappings. An evaluation for very large biomedical ontologies and mappings shows that both approaches produce ontology mappings of high quality. Similarly, ontology changes may also affect ontology-based annotation mappings. The thesis introduces a generic evaluation approach to assess the quality of annotation mappings based on their evolution. Different quality measures allow for the identification of reliable annotations, e.g., based on their stability or provenance information. A comprehensive analysis of large annotation data sources shows numerous instabilities, e.g., due to the temporary absence of annotations. Such modifications may influence results of dependent applications such as functional enrichment analyses that describe experimental data in terms of ontological groupings. The question arises to what degree ontology and annotation changes may affect such analyses. Based on different stability measures the evaluation assesses change intensities of application results and gives insights whether users need to expect significant changes of their analysis results. Moreover, GOMMA is extended by large-scale ontology matching techniques. Such techniques are useful, a.o., to match new concepts during ontology mapping adaptation. Many existing match systems do not scale for aligning very large ontologies, e.g., from the life science domain. One efficient composition-based approach indirectly computes ontology mappings by reusing and combining existing mappings to intermediate ontologies. Intermediate ontologies can contain useful background knowledge such that the mapping quality can be improved compared to a direct match approach. Moreover, the thesis introduces general strategies for matching ontologies in parallel using several computing nodes. A size-based partitioning of the input ontologies enables good load balancing and scalability since smaller match tasks can be processed in parallel. The evaluation of the Ontology Alignment Evaluation Initiative (OAEI) compares GOMMA and other systems in terms of matching ontologies from different domains. Using the parallel and composition-based matching, GOMMA can achieve very good results w.r.t. efficiency and effectiveness, especially for ontologies from the life science domain

Integration von bestehendem Sicherheitswissen in einen Software-Entwicklungsprozess

Die Komplexität der Sicherheitsdomäne schränkt die Wiederverwendung von existierenden Sicherheitswissen bei der Entwicklung von Software ein. In dieser Arbeit wird ein Modell für Sicherheitswissen und ein Prozess aufgezeigt, um das bereits vorhandene Sicherheitswissen effektiv in einen Software-Entwicklungsprozess einzubetten, um zielgerichtet Sicherheitsmaßnahmen für ein Software-System zu implementieren

nestor Handbuch : eine kleine Enzyklopädie der digitalen Langzeitarchivierung

Die Überlieferung des kulturellen Erbes, traditionell eine der Aufgaben von Bibliotheken, Archiven und Museen, ist durch die Einführung digitaler Medien und innovativer Informationstechnologien deutlich anspruchsvoller geworden. In der heutigen Zeit werden zunehmend mehr Informationen (nur) digital erstellt und veröffentlicht. Diese digitalen Informationen, die Güter des Informations- und Wissenszeitalters, sind einerseits wertvolle kulturelle und wissenschaftliche Ressourcen, andererseits sind sie z.B. durch die Kurzlebigkeit vieler Formate sehr vergänglich. Die Datenträger sind ebenso der Alterung unterworfen wie die Datenformate oder die zur Darstellung notwendige Hard- und Software. Um langfristig die Nutzbarkeit der digitalen Güter sicherzustellen, muss schon frühzeitig Vorsorge getroffen werden. Es müssen Strategien zur digitalen Langzeitarchivierung entwickelt und umgesetzt werden. ..

Landes- und Regionalgeschichte digital: Angebote - Bedarfe - Perspektiven

Wie andere wissenschaftliche Disziplinen ist auch die landes- und regionalhistorische Forschung stark vom digitalen Wandel betroffen. Neuen Recherche- und Zugangsmöglichkeiten stehen veränderte Herausforderungen in der Ordnung und Systematisierung des Wissens gegenüber. Gewandelte Formen der Präsentation und der Verbreitung von Forschungsergebnissen, des kollaborativen Arbeitens und der Auswertung von Quellen beeinflussen den wissenschaftlichen Prozess. Der Sammelband bietet verschiedene Blickwinkel auf das Thema: die Angebotsseite von Kultur- und Gedächtniseinrichtungen wie Archiven, Bibliotheken und Museen sowie der außeruniversitären Forschungsinstitute, besonders am Beispiel der Regionalportale, die Bedarfsseite von professioneller und ehrenamtlicher Forschung und schließlich die Perspektiven, Herausforderungen und Grenzen der individuellen wie institutionellen Zusammenarbeit dieser Akteure. Der räumliche Fokus der Beiträge liegt auf Sachsen, ergänzend werden Fallbeispiele aus anderen Bundesländern herangezogen. Autor*innen und Herausgeber wollen damit Bausteine liefern für die intensiver werdende Diskussion zur Rolle von Digitalität in der Landes- und Regionalgeschichte, auch in ihren Bezügen zu den „Digital Humanities” und zur „Public History”.:I. Martin Munke Digitalität in der Landes- und Regionalgeschichte: Informations-, Kommunikations- und Forschungsräume. Eine Einführung 8 Andreas Rutz Regionalportale in der landesgeschichtlichen Forschung und fachinternen Kommunikation 28 II. Martin Munke Regionalportal Saxorum. Genese – Stand – Perspektiven 41 Jens Bemme Linked Open Storytelling – digitale Wissenschaftskommunikation mit offenen Kulturdaten der Landeskunde 58 Konstantin Hermann Die Digitalen Sammlungen der SLUB und die sächsische Landesgeschichte 80 Dominik Stoltz Kartenforum und Virtuelles Kartenforum – ein Werkstattbericht zum Refactoring 95 III. Jonas Bruschke, Cindy Kröber und Florian Niebling Ein 4D-Browser für historische Fotografien – Forschungspotenziale für die Kunstgeschichte. Das Projekt HistStadt4D 106 Christoph Hanzig und Michael Thoß Nationalsozialistische Presse als digitale Quelle für die Geschichtswissenschaft 115 Matthias Erfurth, René Haupt, Iris Schilke, Christian Strübing, Tanja Tröger »Wissen vermehrt sich, indem man es teilt« – das Stadtwiki Dresden 132 IV. Jens Klingner und Henrik Schwanitz Die digitalen Portale des Instituts für Sächsische Geschichte und Volkskunde 140 Dörthe Schimke Mehr als Twitter. Werkstattbericht zur Wissenschaftskommunikation am Institut für Sächsische Geschichte und Volkskunde 165 Michael Klein Digitalisierung von Archivgut im Sächsischen Staatsarchiv 180 Grit Richter-Laugwitz Archivverbund Bautzen 2.0. Möglichkeiten und Wege digitaler Präsentation am Beispiel eines sächsischen Kommunalarchivs 187 Angela Kugler-Kießling Digitalisierung an der Universitätsbibliothek Freiberg – Linked Open Data und Mobile Computing für historische Bestände 202 V. Daniel Fähle und Andreas Neuburger Quo Vadis LEO-BW? Auf dem Weg zum partizipativen Regionalportal 219 Stefan Aumann und Lutz Vogel Relaunching LAGIS: Motivation, Strategie, Prozess 231 Veronika Eder und Florian Sepp Migration eines Regionalportals. Erfahrungen mit dem Umzug der Bayerischen Landesbibliothek Online nach bavarikon 244 Michael Lörzer, André Karliczek, Carsten Resch und Andreas Christoph Kulthura – das Thüringer Kultur- und Wissensportal. Vom analogen Objekt zur digitalen Präsentation: Strukturen einer digitalen Transformation im Kulturbereich 260 VI. Ralf Lusiardi Regionalgeschichtsportale und Archive: Stand und Perspektiven 274 Christina Ludwig Museen und Regionalportale: Über Quellenbegegnungen, digitale Schaudepots und Denkräume 29

“The Bard meets the Doctor” – Computergestützte Identifikation intertextueller Shakespearebezüge in der Science Fiction-Serie Dr. Who.

A single abstract from the DHd-2019 Book of Abstracts.Sofern eine editorische Arbeit an dieser Publikation stattgefunden hat, dann bestand diese aus der Eliminierung von Bindestrichen in Überschriften, die aufgrund fehlerhafter Silbentrennung entstanden sind, der Vereinheitlichung von Namen der Autor*innen in das Schema "Nachname, Vorname" und/oder der Trennung von Überschrift und Unterüberschrift durch die Setzung eines Punktes, sofern notwendig