Hierarchical image segmentation : part 1 : detection of regular curves in a vector graph

Caption title.Includes bibliographical references (p. 47-49).Supported by US Army. DAAL03-92-G-0115 Supported by the Center for Intelligent Control Systems and US Army. DAAH04-95-1-0494Stefano Casadei, Sanjoy Mitter

Représentations de niveau intermédiaire pour la modélisation d'objets

In this thesis we propose the use of mid-level representations, and in particular i) medial axes, ii) object parts, and iii)convolutional features, for modelling objects.The first part of the thesis deals with detecting medial axes in natural RGB images. We adopt a learning approach, utilizing colour, texture and spectral clustering features, to build a classifier that produces a dense probability map for symmetry. Multiple Instance Learning (MIL) allows us to treat scale and orientation as latent variables during training, while a variation based on random forests offers significant gains in terms of running time.In the second part of the thesis we focus on object part modeling using both hand-crafted and learned feature representations. We develop a coarse-to-fine, hierarchical approach that uses probabilistic bounds for part scores to decrease the computational cost of mixture models with a large number of HOG-based templates. These efficiently computed probabilistic bounds allow us to quickly discard large parts of the image, and evaluate the exact convolution scores only at promising locations. Our approach achieves a "4times-5times" speedup over the naive approach with minimal loss in performance.We also employ convolutional features to improve object detection. We use a popular CNN architecture to extract responses from an intermediate convolutional layer. We integrate these responses in the classic DPM pipeline, replacing hand-crafted HOG features, and observe a significant boost in detection performance (~14.5% increase in mAP).In the last part of the thesis we experiment with fully convolutional neural networks for the segmentation of object parts.We re-purpose a state-of-the-art CNN to perform fine-grained semantic segmentation of object parts and use a fully-connected CRF as a post-processing step to obtain sharp boundaries.We also inject prior shape information in our model through a Restricted Boltzmann Machine, trained on ground-truth segmentations.Finally, we train a new fully-convolutional architecture from a random initialization, to segment different parts of the human brain in magnetic resonance image data.Our methods achieve state-of-the-art results on both types of data.Dans cette thèse, nous proposons l'utilisation de représentations de niveau intermédiaire, et en particulier i) d'axes médians, ii) de parties d'objets, et iii) des caractéristiques convolutionnels, pour modéliser des objets.La première partie de la thèse traite de détecter les axes médians dans des images naturelles en couleur. Nous adoptons une approche d'apprentissage, en utilisant la couleur, la texture et les caractéristiques de regroupement spectral pour construire un classificateur qui produit une carte de probabilité dense pour la symétrie. Le Multiple Instance Learning (MIL) nous permet de traiter l'échelle et l'orientation comme des variables latentes pendant l'entraînement, tandis qu'une variante fondée sur les forêts aléatoires offre des gains significatifs en termes de temps de calcul.Dans la deuxième partie de la thèse, nous traitons de la modélisation des objets, utilisant des modèles de parties déformables (DPM). Nous développons une approche « coarse-to-fine » hiérarchique, qui utilise des bornes probabilistes pour diminuer le coût de calcul dans les modèles à grand nombre de composants basés sur HOGs. Ces bornes probabilistes, calculés de manière efficace, nous permettent d'écarter rapidement de grandes parties de l'image, et d'évaluer précisément les filtres convolutionnels seulement à des endroits prometteurs. Notre approche permet d'obtenir une accélération de 4-5 fois sur l'approche naïve, avec une perte minimale en performance.Nous employons aussi des réseaux de neurones convolutionnels (CNN) pour améliorer la détection d'objets. Nous utilisons une architecture CNN communément utilisée pour extraire les réponses de la dernière couche de convolution. Nous intégrons ces réponses dans l'architecture DPM classique, remplaçant les descripteurs HOG fabriqués à la main, et nous observons une augmentation significative de la performance de détection (~14.5% de mAP).Dans la dernière partie de la thèse nous expérimentons avec des réseaux de neurones entièrement convolutionnels pous la segmentation de parties d'objets.Nous réadaptons un CNN utilisé à l'état de l'art pour effectuer une segmentation sémantique fine de parties d'objets et nous utilisons un CRF entièrement connecté comme étape de post-traitement pour obtenir des bords fins.Nous introduirons aussi un à priori sur les formes à l'aide d'une Restricted Boltzmann Machine (RBM), à partir des segmentations de vérité terrain.Enfin, nous concevons une nouvelle architecture entièrement convolutionnel, et l'entraînons sur des données d'image à résonance magnétique du cerveau, afin de segmenter les différentes parties du cerveau humain.Notre approche permet d'atteindre des résultats à l'état de l'art sur les deux types de données

Segmentation and Characterization of Small Retinal Vessels in Fundus Images Using the Tensor Voting Approach

RÉSUMÉ La rétine permet de visualiser facilement une partie du réseau vasculaire humain. Elle offre ainsi un aperçu direct sur le développement et le résultat de certaines maladies liées au réseau vasculaire dans son entier. Chaque complication visible sur la rétine peut avoir un impact sur la capacité visuelle du patient. Les plus petits vaisseaux sanguins sont parmi les premières structures anatomiques affectées par la progression d’une maladie, être capable de les analyser est donc crucial. Les changements dans l’état, l’aspect, la morphologie, la fonctionnalité, ou même la croissance des petits vaisseaux indiquent la gravité des maladies. Le diabète est une maladie métabolique qui affecte des millions de personnes autour du monde. Cette maladie affecte le taux de glucose dans le sang et cause des changements pathologiques dans différents organes du corps humain. La rétinopathie diabétique décrit l’en- semble des conditions et conséquences du diabète au niveau de la rétine. Les petits vaisseaux jouent un rôle dans le déclenchement, le développement et les conséquences de la rétinopa- thie. Dans les dernières étapes de cette maladie, la croissance des nouveaux petits vaisseaux, appelée néovascularisation, présente un risque important de provoquer la cécité. Il est donc crucial de détecter tous les changements qui ont lieu dans les petits vaisseaux de la rétine dans le but de caractériser les vaisseaux sains et les vaisseaux anormaux. La caractérisation en elle-même peut faciliter la détection locale d’une rétinopathie spécifique. La segmentation automatique des structures anatomiques comme le réseau vasculaire est une étape cruciale. Ces informations peuvent être fournies à un médecin pour qu’elles soient considérées lors de son diagnostic. Dans les systèmes automatiques d’aide au diagnostic, le rôle des petits vaisseaux est significatif. Ne pas réussir à les détecter automatiquement peut conduire à une sur-segmentation du taux de faux positifs des lésions rouges dans les étapes ultérieures. Les efforts de recherche se sont concentrés jusqu’à présent sur la localisation précise des vaisseaux de taille moyenne. Les modèles existants ont beaucoup plus de difficultés à extraire les petits vaisseaux sanguins. Les modèles existants ne sont pas robustes à la grande variance d’apparence des vaisseaux ainsi qu’à l’interférence avec l’arrière-plan. Les modèles de la littérature existante supposent une forme générale qui n’est pas suffisante pour s’adapter à la largeur étroite et la courbure qui caractérisent les petits vaisseaux sanguins. De plus, le contraste avec l’arrière-plan dans les régions des petits vaisseaux est très faible. Les méthodes de segmentation ou de suivi produisent des résultats fragmentés ou discontinus. Par ailleurs, la segmentation des petits vaisseaux est généralement faite aux dépends de l’amplification du bruit. Les modèles déformables sont inadéquats pour segmenter les petits vaisseaux. Les forces utilisées ne sont pas assez flexibles pour compenser le faible contraste, la largeur, et vii la variance des vaisseaux. Enfin, les approches de type apprentissage machine nécessitent un entraînement avec une base de données étiquetée. Il est très difficile d’obtenir ces bases de données dans le cas des petits vaisseaux. Cette thèse étend les travaux de recherche antérieurs en fournissant une nouvelle mé- thode de segmentation des petits vaisseaux rétiniens. La détection de ligne à échelles multiples (MSLD) est une méthode récente qui démontre une bonne performance de segmentation dans les images de la rétine, tandis que le vote tensoriel est une méthode proposée pour reconnecter les pixels. Une approche combinant un algorithme de détection de ligne et de vote tensoriel est proposée. L’application des détecteurs de lignes a prouvé son efficacité à segmenter les vais- seaux de tailles moyennes. De plus, les approches d’organisation perceptuelle comme le vote tensoriel ont démontré une meilleure robustesse en combinant les informations voisines d’une manière hiérarchique. La méthode de vote tensoriel est plus proche de la perception humain que d’autres modèles standards. Comme démontré dans ce manuscrit, c’est un outil pour segmenter les petits vaisseaux plus puissant que les méthodes existantes. Cette combinaison spécifique nous permet de surmonter les défis de fragmentation éprouvés par les méthodes de type modèle déformable au niveau des petits vaisseaux. Nous proposons également d’utiliser un seuil adaptatif sur la réponse de l’algorithme de détection de ligne pour être plus robuste aux images non-uniformes. Nous illustrons également comment une combinaison des deux méthodes individuelles, à plusieurs échelles, est capable de reconnecter les vaisseaux sur des distances variables. Un algorithme de reconstruction des vaisseaux est également proposé. Cette dernière étape est nécessaire car l’information géométrique complète est requise pour pouvoir utiliser la segmentation dans un système d’aide au diagnostic. La segmentation a été validée sur une base de données d’images de fond d’oeil à haute résolution. Cette base contient des images manifestant une rétinopathie diabétique. La seg- mentation emploie des mesures de désaccord standards et aussi des mesures basées sur la perception. En considérant juste les petits vaisseaux dans les images de la base de données, l’amélioration dans le taux de sensibilité que notre méthode apporte par rapport à la méthode standard de détection multi-niveaux de lignes est de 6.47%. En utilisant les mesures basées sur la perception, l’amélioration est de 7.8%. Dans une seconde partie du manuscrit, nous proposons également une méthode pour caractériser les rétines saines ou anormales. Certaines images contiennent de la néovascula- risation. La caractérisation des vaisseaux en bonne santé ou anormale constitue une étape essentielle pour le développement d’un système d’aide au diagnostic. En plus des défis que posent les petits vaisseaux sains, les néovaisseaux démontrent eux un degré de complexité encore plus élevé. Ceux-ci forment en effet des réseaux de vaisseaux à la morphologie com- plexe et inhabituelle, souvent minces et à fortes courbures. Les travaux existants se limitent viii à l’utilisation de caractéristiques de premier ordre extraites des petits vaisseaux segmentés. Notre contribution est d’utiliser le vote tensoriel pour isoler les jonctions vasculaires et d’uti- liser ces jonctions comme points d’intérêts. Nous utilisons ensuite une statistique spatiale de second ordre calculée sur les jonctions pour caractériser les vaisseaux comme étant sains ou pathologiques. Notre méthode améliore la sensibilité de la caractérisation de 9.09% par rapport à une méthode de l’état de l’art. La méthode développée s’est révélée efficace pour la segmentation des vaisseaux réti- niens. Des tenseurs d’ordre supérieur ainsi que la mise en œuvre d’un vote par tenseur via un filtrage orientable pourraient être étudiés pour réduire davantage le temps d’exécution et résoudre les défis encore présents au niveau des jonctions vasculaires. De plus, la caractéri- sation pourrait être améliorée pour la détection de la rétinopathie proliférative en utilisant un apprentissage supervisé incluant des cas de rétinopathie diabétique non proliférative ou d’autres pathologies. Finalement, l’incorporation des méthodes proposées dans des systèmes d’aide au diagnostic pourrait favoriser le dépistage régulier pour une détection précoce des rétinopathies et d’autres pathologies oculaires dans le but de réduire la cessité au sein de la population.----------ABSTRACT As an easily accessible site for the direct observation of the circulation system, human retina can offer a unique insight into diseases development or outcome. Retinal vessels are repre- sentative of the general condition of the whole systematic circulation, and thus can act as a "window" to the status of the vascular network in the whole body. Each complication on the retina can have an adverse impact on the patient’s sight. In this direction, small vessels’ relevance is very high as they are among the first anatomical structures that get affected as diseases progress. Moreover, changes in the small vessels’ state, appearance, morphology, functionality, or even growth indicate the severity of the diseases. This thesis will focus on the retinal lesions due to diabetes, a serious metabolic disease affecting millions of people around the world. This disorder disturbs the natural blood glucose levels causing various pathophysiological changes in different systems across the human body. Diabetic retinopathy is the medical term that describes the condition when the fundus and the retinal vessels are affected by diabetes. As in other diseases, small vessels play a crucial role in the onset, the development, and the outcome of the retinopathy. More importantly, at the latest stage, new small vessels, or neovascularizations, growth constitutes a factor of significant risk for blindness. Therefore, there is a need to detect all the changes that occur in the small retinal vessels with the aim of characterizing the vessels to healthy or abnormal. The characterization, in turn, can facilitate the detection of a specific retinopathy locally, like the sight-threatening proliferative diabetic retinopathy. Segmentation techniques can automatically isolate important anatomical structures like the vessels, and provide this information to the physician to assist him in the final decision. In comprehensive systems for the automatization of DR detection, small vessels role is significant as missing them early in a CAD pipeline might lead to an increase in the false positive rate of red lesions in subsequent steps. So far, the efforts have been concentrated mostly on the accurate localization of the medium range vessels. In contrast, the existing models are weak in case of the small vessels. The required generalization to adapt an existing model does not allow the approaches to be flexible, yet robust to compensate for the increased variability in the appearance as well as the interference with the background. So far, the current template models (matched filtering, line detection, and morphological processing) assume a general shape for the vessels that is not enough to approximate the narrow, curved, characteristics of the small vessels. Additionally, due to the weak contrast in the small vessel regions, the current segmentation and the tracking methods produce fragmented or discontinued results. Alternatively, the small vessel segmentation can be accomplished at the expense of x background noise magnification, in the case of using thresholding or the image derivatives methods. Furthermore, the proposed deformable models are not able to propagate a contour to the full extent of the vasculature in order to enclose all the small vessels. The deformable model external forces are ineffective to compensate for the low contrast, the low width, the high variability in the small vessel appearance, as well as the discontinuities. Internal forces, also, are not able to impose a global shape constraint to the contour that could be able to approximate the variability in the appearance of the vasculature in different categories of vessels. Finally, machine learning approaches require the training of a classifier on a labelled set. Those sets are difficult to be obtained, especially in the case of the smallest vessels. In the case of the unsupervised methods, the user has to predefine the number of clusters and perform an effective initialization of the cluster centers in order to converge to the global minimum. This dissertation expanded the previous research work and provides a new segmentation method for the smallest retinal vessels. Multi-scale line detection (MSLD) is a recent method that demonstrates good segmentation performance in the retinal images, while tensor voting is a method first proposed for reconnecting pixels. For the first time, we combined the line detection with the tensor voting framework. The application of the line detectors has been proved an effective way to segment medium-sized vessels. Additionally, perceptual organization approaches like tensor voting, demonstrate increased robustness by combining information coming from the neighborhood in a hierarchical way. Tensor voting is closer than standard models to the way human perception functions. As we show, it is a more powerful tool to segment small vessels than the existing methods. This specific combination allows us to overcome the apparent fragmentation challenge of the template methods at the smallest vessels. Moreover, we thresholded the line detection response adaptively to compensate for non-uniform images. We also combined the two individual methods in a multi-scale scheme in order to reconnect vessels at variable distances. Finally, we reconstructed the vessels from their extracted centerlines based on pixel painting as complete geometric information is required to be able to utilize the segmentation in a CAD system. The segmentation was validated on a high-resolution fundus image database that in- cludes diabetic retinopathy images of varying stages, using standard discrepancy as well as perceptual-based measures. When only the smallest vessels are considered, the improve- ments in the sensitivity rate for the database against the standard multi-scale line detection method is 6.47%. For the perceptual-based measure, the improvement is 7.8% against the basic method. The second objective of the thesis was to implement a method for the characterization of isolated retinal areas into healthy or abnormal cases. Some of the original images, from which xi these patches are extracted, contain neovascularizations. Investigation of image features for the vessels characterization to healthy or abnormal constitutes an essential step in the direction of developing CAD system for the automatization of DR screening. Given that the amount of data will significantly increase under CAD systems, the focus on this category of vessels can facilitate the referral of sight-threatening cases to early treatment. In addition to the challenges that small healthy vessels pose, neovessels demonstrate an even higher degree of complexity as they form networks of convolved, twisted, looped thin vessels. The existing work is limited to the use of first-order characteristics extracted from the small segmented vessels that limits the study of patterns. Our contribution is in using the tensor voting framework to isolate the retinal vascular junctions and in turn using those junctions as points of interests. Second, we exploited second-order statistics computed on the junction spatial distribution to characterize the vessels as healthy or neovascularizations. In fact, the second-order spatial statistics extracted from the junction distribution are combined with widely used features to improve the characterization sensitivity by 9.09% over the state of art. The developed method proved effective for the segmentation of the retinal vessels. Higher order tensors along with the implementation of tensor voting via steerable filtering could be employed to further reduce the execution time, and resolve the challenges at vascular junctions. Moreover, the characterization could be advanced to the detection of prolifera- tive retinopathy by extending the supervised learning to include non-proliferative diabetic retinopathy cases or other pathologies. Ultimately, the incorporation of the methods into CAD systems could facilitate screening for the effective reduction of the vision-threatening diabetic retinopathy rates, or the early detection of other than ocular pathologies

A perceptual organization approach to contour estimation via composition, compression and pruning

Title from caption. "April 1, 1998."Includes bibliographical references (p. 36-39).Supported in part by MURI. DAAH04-96-1-0445 Supported in part the Foundations of Performance Metrics for Object Recognition.Stefano Casadei, Sanjoy Mitter

Reading Between The Lines: A Text Analytics Exploration Of Social Emotional Learning

Research has shown that social emotional learning (SEL) is being increasingly valued by schools due to its associations with academic achievement and student engagement. Unfortunately, the current state of SEL, with its lack of time or resources allocated by practitioners and prevalence of self-report assessment, restricts scalability and does not meet the forecasted demand. Additionally, difficulties in measuring SEL persist. This paper will present that SEL assessment needs to be innovated to help address the limitations of self-report measurements and necessity for a scalable solution. Text analytics and natural language processing (NLP) serve as a flexible, low-lift assessment method that can analyze contextual differences addressing these limitations of existing SEL assessment. Therefore, this study presents a text analytics and NLP evaluation of a proposed text-based SEL assessment of growth mindset assessing if analysis of text message conversations between agents and students can be used to assess a student’s level of SEL. Conducting a review of the relevant literature, to the best of our knowledge this is the first study to assess a text-based SEL assessment using a text analytics and NLP approach. Ultimately, this study created five prediction models for growth mindset scales with predictive validities between .37 and .43

Aspects of emergent cyclicity in language and computation

This thesis has four parts, which correspond to the presentation and development of a theoretical framework for the study of cognitive capacities qua physical phenomena, and a case study of locality conditions over natural languages. Part I deals with computational considerations, setting the tone of the rest of the thesis, and introducing and defining critical concepts like ‘grammar’, ‘automaton’, and the relations between them . Fundamental questions concerning the place of formal language theory in linguistic inquiry, as well as the expressibility of linguistic and computational concepts in common terms, are raised in this part. Part II further explores the issues addressed in Part I with particular emphasis on how grammars are implemented by means of automata, and the properties of the formal languages that these automata generate. We will argue against the equation between effective computation and function-based computation, and introduce examples of computable procedures which are nevertheless impossible to capture using traditional function-based theories. The connection with cognition will be made in the light of dynamical frustrations: the irreconciliable tension between mutually incompatible tendencies that hold for a given dynamical system. We will provide arguments in favour of analyzing natural language as emerging from a tension between different systems (essentially, semantics and morpho-phonology) which impose orthogonal requirements over admissible outputs. The concept of level of organization or scale comes to the foreground here; and apparent contradictions and incommensurabilities between concepts and theories are revisited in a new light: that of dynamical nonlinear systems which are fundamentally frustrated. We will also characterize the computational system that emerges from such an architecture: the goal is to get a syntactic component which assigns the simplest possible structural description to sub-strings, in terms of its computational complexity. A system which can oscillate back and forth in the hierarchy of formal languages in assigning structural representations to local domains will be referred to as a computationally mixed system. Part III is where the really fun stuff starts. Field theory is introduced, and its applicability to neurocognitive phenomena is made explicit, with all due scale considerations. Physical and mathematical concepts are permanently interacting as we analyze phrase structure in terms of pseudo-fractals (in Mandelbrot’s sense) and define syntax as a (possibly unary) set of topological operations over completely Hausdorff (CH) ultrametric spaces. These operations, which makes field perturbations interfere, transform that initial completely Hausdorff ultrametric space into a metric, Hausdorff space with a weaker separation axiom. Syntax, in this proposal, is not ‘generative’ in any traditional sense –except the ‘fully explicit theory’ one-: rather, it partitions (technically, ‘parametrizes’) a topological space. Syntactic dependencies are defined as interferences between perturbations over a field, which reduce the total entropy of the system per cycles, at the cost of introducing further dimensions where attractors corresponding to interpretations for a phrase marker can be found. Part IV is a sample of what we can gain by further pursuing the physics of language approach, both in terms of empirical adequacy and theoretical elegance, not to mention the unlimited possibilities of interdisciplinary collaboration. In this section we set our focus on island phenomena as defined by Ross (1967), critically revisiting the most relevant literature on this topic, and establishing a typology of constructions that are strong islands, which cannot be violated. These constructions are particularly interesting because they limit the phase space of what is expressible via natural language, and thus reveal crucial aspects of its underlying dynamics. We will argue that a dynamically frustrated system which is characterized by displaying mixed computational dependencies can provide straightforward characterizations of cyclicity in terms of changes in dependencies in local domains