Physically-based in silico light sheet microscopy for visualizing fluorescent brain models

We present a physically-based computational model of the light sheet fluorescence microscope (LSFM). Based on Monte Carlo ray tracing and geometric optics, our method simulates the operational aspects and image formation process of the LSFM. This simulated, in silico LSFM creates synthetic images of digital fluorescent specimens that can resemble those generated by a real LSFM, as opposed to established visualization methods producing visually-plausible images. We also propose an accurate fluorescence rendering model which takes into account the intrinsic characteristics of fluorescent dyes to simulate the light interaction with fluorescent biological specimen

Development of advanced geometric models and acceleration techniques for Monte Carlo simulation in Medical Physics

Els programes de simulació Monte Carlo de caràcter general s'utilitzen actualment en una gran varietat d'aplicacions.Tot i això, els models geomètrics implementats en la majoria de programes imposen certes limitacions a la forma dels objectes que es poden definir. Aquests models no són adequats per descriure les superfícies arbitràries que es troben en estructures anatòmiques o en certs aparells mèdics i, conseqüentment, algunes aplicacions que requereixen l'ús de models geomètrics molt detallats no poden ser acuradament estudiades amb aquests programes.L'objectiu d'aquesta tesi doctoral és el desenvolupament de models geomètrics i computacionals que facilitin la descripció dels objectes complexes que es troben en aplicacions de física mèdica. Concretament, dos nous programes de simulació Monte Carlo basats en PENELOPE han sigut desenvolupats. El primer programa, penEasy, utilitza un algoritme de caràcter general estructurat i inclou diversos models de fonts de radiació i detectors que permeten simular fàcilment un gran nombre d'aplicacions. Les noves rutines geomètriques utilitzades per aquest programa, penVox, extenen el model geomètric estàndard de PENELOPE, basat en superfícices quàdriques, per permetre la utilització d'objectes voxelitzats. Aquests objectes poden ser creats utilitzant la informació anatòmica obtinguda amb una tomografia computeritzada i, per tant, aquest model geomètric és útil per simular aplicacions que requereixen l'ús de l'anatomia de pacients reals (per exemple, la planificació radioterapèutica). El segon programa, penMesh, utilitza malles de triangles per definir la forma dels objectes simulats. Aquesta tècnica, que s'utilitza freqüentment en el camp del disseny per ordinador, permet representar superfícies arbitràries i és útil per simulacions que requereixen un gran detall en la descripció de la geometria, com per exemple l'obtenció d'imatges de raig x del cos humà.Per reduir els inconvenients causats pels llargs temps d'execució, els algoritmes implementats en els nous programes s'han accelerat utilitzant tècniques sofisticades, com per exemple una estructura octree. També s'ha desenvolupat un paquet de programari per a la paral·lelització de simulacions Monte Carlo, anomentat clonEasy, que redueix el temps real de càlcul de forma proporcional al nombre de processadors que s'utilitzen.Els programes de simulació que es presenten en aquesta tesi són gratuïts i de codi lliures. Aquests programes s'han provat en aplicacions realistes de física mèdica i s'han comparat amb altres programes i amb mesures experimentals.Per tant, actualment ja estan llestos per la seva distribució pública i per la seva aplicació a problemes reals.Monte Carlo simulation of radiation transport is currently applied in a large variety of areas. However, the geometric models implemented in most general-purpose codes impose limitations on the shape of the objects that can be defined. These models are not well suited to represent the free-form (i.e., arbitrary) shapes found in anatomic structures or complex medical devices. As a result, some clinical applications that require the use of highly detailed phantoms can not be properly addressed.This thesis is devoted to the development of advanced geometric models and accelration techniques that facilitate the use of state-of-the-art Monte Carlo simulation in medical physics applications involving detailed anatomical phantoms. To this end, two new codes, based on the PENELOPE package, have been developed. The first code, penEasy, implements a modular, general-purpose main program and provides various source models and tallies that can be readily used to simulate a wide spectrum of problems. Its associated geometry routines, penVox, extend the standard PENELOPE geometry, based on quadric surfaces, to allow the definition of voxelised phantoms. This kind of phantoms can be generated using the information provided by a computed tomography and, therefore, penVox is convenient for simulating problems that require the use of the anatomy of real patients (e.g., radiotherapy treatment planning). The second code, penMesh, utilises closed triangle meshes to define the boundary of each simulated object. This approach, which is frequently used in computer graphics and computer-aided design, makes it possible to represent arbitrary surfaces and it is suitable for simulations requiring a high anatomical detail (e.g., medical imaging).A set of software tools for the parallelisation of Monte Carlo simulations, clonEasy, has also been developed. These tools can reduce the simulation time by a factor that is roughly proportional to the number of processors available and, therefore, facilitate the study of complex settings that may require unaffordable execution times in a sequential simulation.The computer codes presented in this thesis have been tested in realistic medical physics applications and compared with other Monte Carlo codes and experimental data. Therefore, these codes are ready to be publicly distributed as free and open software and applied to real-life problems.Postprint (published version

Recent developments in GEANT 4

Fil: Depaola, Gerardo Osvaldo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Matemática, Astronomía, Física y Computación; Argentina.GEANT4 is a software toolkit for the simulation of the passage of particles through matter. It is used by a large number of experiments and projects in a variety of application domains, including high energy physics, astrophysics and space science, medical physics and radiation protection. Over the past several years, major changes have been made to the toolkit in order to accommodate the needs of these user communities, and to efficiently exploit the growth of computing power made available by advances in technology. The adaptation of GEANT4 to multithreading, advances in physics, detector modeling and visualization, extensions to the toolkit, including biasing and reverse Monte Carlo, and tools for physics and release validation are discussed here.info:eu-repo/semantics/publishedVersionFil: Depaola, Gerardo Osvaldo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Matemática, Astronomía, Física y Computación; Argentina.Física de Partículas y Campo