Resuscitation-promoting factors possess a lysozyme-like domain

The novel bacterial cytokine family – resuscitation-promoting factors (Rpfs) – share a conserved domain of uncharacterized function. Predicting the structure of this domain suggests that Rpfs possess a lysozyme-like domain. The model highlights the good conservation of residues involved in catalysis and substrate binding. A lysozyme-like function makes sense for this domain in the light of experimental characterization of the biological function of Rpfs

The 5S rRNA maturase, ribonuclease M5, is a Toprim domain family member

The maturation of 5S ribosomal RNA in low G+C Gram-positive bacteria is catalyzed by a highly conserved, ∼190 residue, enzyme, called ribonuclease M5 (RNase M5). Sequence alignment had predicted that the N-terminal half of RNase M5 would consist of a Toprim domain, a protein fold found in type IA and type II topoisomerases, DnaG-like primases, OLD family nucleases and RecR proteins [L. Aravind, D. D. Leipe and E. V. Koonin (1998) Nucleic Acids Res., 26, 4205–4213]. Here, we present structural modelling data and a mutational analysis of RNase M5 that confirms this hypothesis. The N-terminal half of RNase M5 can be fitted to the Toprim domain of the DnaG catalytic core. Mutation of amino acid residues highly conserved among RNase M5 enzymes and members of the Toprim domain family showed that alteration of residues critical for topoisomerase and primase activity also had a dramatic effect on the cleavage of 5S rRNA precursor by RNase M5 both in vivo and in vitro. This suggests that the mechanisms of double-stranded RNA cleavage by RNase M5 and double-stranded DNA cleavage by members of the topoisomerase family are related

Functional and structural characterization of a novel isoamylase from ostreococcus tauri and role of the n-terminal domain

Background: The debranching starch enzymes, isoamylase 1 and 2 are well-conserved enzymes present in almost all the photosynthetic organisms. These enzymes are involved in the crystallization process of starch and are key components which remove misplaced α-1,6 ramifications on the final molecule. Aim: In this work, we performed a functional and structural study of a novel isoamylase from Ostreococcus tauri. Methods: We identified conserved amino acid residues possibly involved in catalysis. We also identified a region at the N-terminal end that resembles a Carbohydrate Binding Domain (CBM), which is more related to the family CBM48, but has no spatial conservation of the residues involved in carbohydrate binding. Results: The cloning, expression and biochemical characterization of this N-terminal region confirmed that it binds to polysaccharides, showing greater capacity for binding to amylopectin rather than total starch or amylose. Conclusion: This module could be a variant of the CBM48 family or it could be classified within a new CBM family.Fil: Hedin, Nicolas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos; ArgentinaFil: Barchiesi, Julieta. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos; ArgentinaFil: Gomez Casati, Diego Fabian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos; ArgentinaFil: Busi, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos; Argentin

Caracterización de los aspectos evolutivos, bioquímicos y regulatorios del metabolismo del almidón

El almidón es la principal forma de reserva de carbono en plantas superiores y constituye el polisacárido de mayor importancia en la dieta humana. Este polímero está formado por dos componentes mayoritarios: amilosa, que está compuesta predominantemente por cadenas lineales de glucosa con uniones α-1,4; y amilopectina, un α-1,4 glucano con ramificaciones en α-1,6. A través de la formación de los gránulos insolubles semicristalinos de almidón, las células logran mantener al mínimo el efecto osmótico que causaría esta gran cantidad de residuos de glucosa por separado. El complejo ordenamiento a nivel molecular de estas estructuras involucra a una gran cantidad de enzimas asociadas a la síntesis del almidón. Entre ellas encontramos las almidón sintasas (SS, EC 2.4.1.21) tanto solubles como unidas a gránulo, las enzimas ramificantes (BE, EC 2.4.1.18) involucradas en la generación de los enlaces α-1,6, y las enzimas deramificantes (DBE, EC 3.2.1.68) responsable de la escisión de ramificaciones ubicadas en posiciones no compatibles con la estructura altamente ordenada del gránulo. Si bien los mecanismos exactos de inicio de síntesis del gránulo no fueron dilucidados hasta el momento, se ha visto que la gran mayoría de plantas sintetizan más de un gránulo excepto el organismo eucariota fotosintético más pequeño conocido hasta la fecha, Ostreococcus tauri. Este alga unicelular posee un único gránulo de almidón situado en el único cloroplasto presente en la célula que, al momento de la división celular, se particiona de tal manera que dota de un gránulo a cada uno de sus descendientes. En esta tesis intentamos ampliar los conocimientos sobre los mecanismos moleculares que gobiernan el metabolismo del almidón en Ostreococcus tauri basándonos fundamentalmente en los procesos de síntesis y haciendo principal énfasis en sus aspectos bioquímicos, evolutivos y regulatorios.En una primera sección se presenta la completa caracterización de la enzima ramificante OsstaSBE. Los parámetros que caracterizan la cinética enzimática de OsttaSBE se encuentran dentro de lo esperado para ortólogos de plantas superiores. El modelo molecular propuesto a partir del modelado por homología no solo resulta de buena calidad de acuerdo a criterios aceptados por la comunidad científica, sino que también permitieron la exitosa identificación de los residuos más importantes para la catálisis. Posteriormente se logró corroborar esta información mediante la generación de proteínas recombinantes mutantes para cada uno de estos aminoácidos, las cuales, al no presentar actividad enzimática, demostraron la importancia de los mismos a nivel catalítico. Se detalla también el comportamiento de sus dos módulos de unión a carbohidratos presentes en la estructura de la proteína, frente a la presencia de distintos polisacáridos. Se determinó, mediante la generación de proteínas truncadas, la necesidad absoluta de la presencia de uno de estos módulos, siendo a su vez el primer reporte de un módulo de esta familia en una enzima ramificante.En una segunda sección se detalla la generación de líneas transgénicas de Arabidopsis thaliana sobreexpresando OsttaSBE. Estas líneas presentan una clara disminución en el tamaño de sus gránulos de almidón, demostrando la gran importancia de la enzima ramificante en su morfología. El aumento de los niveles de transcriptos de OsttaSBE trae aparejado un concomitante aumento de aquellos transcriptos que codifican para la almidón sintasa III endógena, en sintonía con la formación de complejos macromoleculares previamente reportados. Si bien nuestros ensayos de interacción no pudieron demostrar la interacción con la isoforma B de la almidón sintasa III de Ostreococcus, entendemos que en el alga esta asociación puede estar dándose tanto con la isoforma A como con la C, las cuales no hemos podido expresar en su forma entera hasta la fecha. Sumado al gránulo de menores proporciones se detectó un aumento generalizado de la degradación del almidón, consecuencia de un mecanismo de constante reestructuración de los gránulos que no llegan a desarrollar los tamaños observados en las líneas salvajes.En la última sección se presenta la caracterización de un polipéptido (OsttaAMILASA) cuya estructura modular presenta un dominio de unión a carbohidratos de la familia 20 y un dominio de hélice superenrollada que suele estar ligado a la interacción proteína-proteína. Los CBM20 están asociados a proteínas de degradación como por ejemplo amilasas, glucoamilasas y la proteína Laforina presente en Homo sapiens cuya función es similar a las fosfoglucano fosfatasas de plantas. Si bien no se pudo contar con la información proveniente de ortólogos en otros organismos, ya que los alineamientos de la secuencia completa de OsttaAMILASA no arrojaron resultados satisfactorios, sí se pudo hacer un análisis de los perfiles de expresión en el ritmo circadiano. Esta proteína no presenta perfiles de expresión típicos de enzimas degradativas como pudimos ver gracias al análisis de datos de RNA-Seq que se obtuvieron de mediciones llevadas a cabo a lo largo de día. OsttaAMILASA presenta una elevada afinidad por el almidón a través de su CBM, y también forma complejos macromoleculares con la almidón sintasa III B de Ostreococcus. Estos datos sugieren un mecanismo de asociación de las almidón sintasas al gránulo durante la síntesis, llevado a cabo por OsttaAMILASA.Fil: Hedin, Nicolas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos; Argentin

8th. International congress on archaeology computer graphica. Cultural heritage and innovation

El lema del Congreso es: 'Documentación 3D avanzada, modelado y reconstrucción de objetos patrimoniales, monumentos y sitios.Invitamos a investigadores, profesores, arqueólogos, arquitectos, ingenieros, historiadores de arte... que se ocupan del patrimonio cultural desde la arqueología, la informática gráfica y la geomática, a compartir conocimientos y experiencias en el campo de la Arqueología Virtual. La participación de investigadores y empresas de prestigio será muy apreciada. Se ha preparado un atractivo e interesante programa para participantes y visitantes.Lerma García, JL. (2016). 8th. International congress on archaeology computer graphica. Cultural heritage and innovation. Editorial Universitat Politècnica de València. http://hdl.handle.net/10251/73708EDITORIA