31 research outputs found

    Mise en place d'une chaĂźne d'analyse et de traitement de biopuces

    Get PDF
    Le but de ce mĂ©moire Ă©tait d’élaborer des outils informatiques et de les intĂ©grer Ă  une chaĂźne de traitement et d’analyse des donnĂ©es de biopuces. La chaĂźne d’analyse mise en place dans ce projet consiste d’abord en SLIMS, un logiciel conçu en PHP et MySQL utilisant des termes compatibles avec les standards MIAME. Il permet le suivi des expĂ©riences et des Ă©chantillons prĂ©alablement Ă  l’extraction des ARN pour les expĂ©riences de biopuces. Les donnĂ©es sont prises en charge, Ă  l’aide d’une procĂ©dure de transfert, par le logiciel BASE qui gĂšre l’information relative aux biopuces. Finalement, les analyses de donnĂ©es sont rĂ©alisĂ©es avec diffĂ©rents outils disponibles dans Bioconductor et TM4. Un algorithme a Ă©tĂ© dĂ©veloppĂ© pour annoter tous les gĂšnes de la biopuces. L’analyse d’une d’expĂ©rience comparant des Ă©pinettes transgĂ©niques surexprimant le gĂšne LIM2 a Ă©tĂ© faite Ă  l’aide de la chaĂźne de traitement et d’analyse prĂ©sentĂ©e dans ce mĂ©moire.The goal of this dissertation was to design and implement a microarray analysis pipeline. The first tool of the microarray pipeline is a web-based LIMS: SLIMS. It allows the storage of all data related to experiments and samples from harvest to RNA extraction. This tool was designed in PHP and MySQL allowing easy access and manipulation of the data. A tranfer algorithm was designed to allow stored data to be automatically integrated into the BASE software, a tool that allows storage and analysis of microarray data. An annotation algorithm was also designed in order to annotate genes that are on the microarrays. A lignin/cellwall annotation was also included to enable the rapid indentification of all the genes related to the lignin biosynthesis pathway and cell wall assembly. This pipeline was used to analyze transgenic spruce overexpressing the pine LIM2 gene

    Étude des anomalies du dĂ©veloppement humain# un modĂšle d’analyse phĂ©notypique

    Get PDF
    Depuis le dĂ©but des annĂ©es 90, le projet gĂ©nome humain a permis l’émergence de nombreuses techniques globalisantes porteuses du suffixe –omique : gĂ©nomique, transcriptomique, protĂ©omique, Ă©pigĂ©nomique, etc.
 L’étude globale de l’ensemble des phĂ©notypes humains (« phĂ©nome ») est Ă  l’origine de nouvelles technologies constituant la « phĂ©nomique ». L’approche phĂ©nomique permet de dĂ©terminer des liens entre des combinaisons de traits phĂ©nomiques. Nous voulons appliquer cette approche Ă  l’étude des malformations humaines en particulier leurs combinaisons, ne formant des syndromes, des associations ou des sĂ©quences bien caractĂ©risĂ©s que dans un petit nombre de cas. Afin d’évaluer la faisabilitĂ© de cette approche, pour une Ă©tude pilote nous avons dĂ©cidĂ© d’établir une base de donnĂ©es pour la description phĂ©notypique des anomalies foetales. Nous avons effectuĂ© ces Ă©tapes : o RĂ©alisation d’une Ă©tude rĂ©trospective d’une sĂ©rie d’autopsies de foetus au CHU Sainte- Justine (MontrĂ©al, QC, Canada) entre 2001-2006 o Élaboration de trois thĂ©saurus et d’une ontologie des anomalies dĂ©veloppementales humaines o Construction une base de donnĂ©es en langage MySQL Cette base de donnĂ©es multicentrique accessible sur (http://www.malformations.org), nous permet de rechercher trĂšs facilement les donnĂ©es phĂ©notypiques des 543 cas observĂ©s porteurs d’une anomalie donnĂ©e, de leur donner une description statistique et de gĂ©nĂ©rer les diffĂ©rents types d’hypothĂšses. Elle nous a Ă©galement permis de sĂ©lectionner 153 cas de foetus malformĂ©s qui font l’objet d’une Ă©tude de micropuce d’hybridation gĂ©nomique comparative (aCGH) Ă  la recherche d’une anomalie gĂ©nomique.Since the early 90s, the Human Genome Project (HGP) has allowed the development of numerous worldwide techniques which carried the suffix “omic”: genomic, transcriptomic, proteomic, epigenomic, etc
. The global investigation of the sets of human phenotypes (phenome) is called phenomic. With phenomic studies we should be able to determine the links among similar phenotypic groups. We wish to apply this approach to human dysmorphology, particularly malformation combinations, which form characteristic malformation associations, malformation sequences, malformation syndromes or malformation disorders only in a minority of cases. As a graduate student research project, we decided to perform a retrospective study of the sets of pathology reports including 543 fetuses autopsied in the Department of Pathology of CHU Sainte-Justine (Montreal, QC, Canada) between 2001 and 2006. We have established an open Malformation Database (MDB) which can be accessed at http://www.malformations.org. To achieve this, we conducted the following steps: o Realization of a retrospective study of fetopathology reports for fetal malformations. o Development of an ontology along with three thesauruses of human developmental anomalies. o Implementation of these thesauruses and ontology in the MySQL system. This hypothesis-generating database allows us to easily retrieve the fetal cases (phenotypic data) with anomalies, calculate the frequencies of these anomalies, and evaluate the feasibility of the phenomic approach to human dysmorphogenesis. We were able as well to select 153 cases of malformed fetuses which will be the subject of aCGH array study for genomic research of human anomalies

    La nanosanté : perspective et enjeux sociologiques de l'application des nanotechnologies à la médecine

    Get PDF
    ConsidĂ©rĂ©e comme le futur de la pratique mĂ©dicale, la nanomĂ©decine est l’application des nanotechnologies aux soins de santĂ©. Plus qu’un nouveau domaine d’application technologique, la nanomĂ©decine est porteuse d’un nouveau paradigme biomĂ©dical qui promeut une conception technoscientifique de la santĂ©. Ce nouveau paradigme regroupe sous le prĂ©fixe nano l’ensemble des grandes tendances actuelles de la recherche en santĂ© : la mĂ©decine prĂ©dictive, la mĂ©decine personnalisĂ©e et la mĂ©decine rĂ©gĂ©nĂ©ratrice. CentrĂ© sur le dĂ©veloppement d’innovations visant au contrĂŽle technique des Ă©lĂ©ments et des processus biologiques fondamentaux, ce nouveau paradigme se dĂ©veloppe largement grĂące au soutien des gouvernements et aux promesses Ă©conomiques qu’il soulĂšve. Il se construit Ă  la croisĂ©e du scientifique, du politique et de l’économique. Interroger la nanomĂ©decine revient alors Ă  examiner plus largement la forme et les conditions du sens des innovations biomĂ©dicales et Ă  soulever les implications de la « technoscientifisation » des soins de santĂ©. L’objectif de cette thĂšse est de rendre compte de la spĂ©cificitĂ© et des enjeux sociaux, culturels et politico-Ă©conomiques caractĂ©ristiques du modĂšle biomĂ©dical technoscientifique portĂ© par la nanomĂ©decine Ă  partir de sa conceptualisation sous la forme d’un idĂ©altype : la nanosantĂ©. Si la nanomĂ©decine renvoie de maniĂšre gĂ©nĂ©rale aux applications techniques de la nanotechnologie au domaine biomĂ©dical, la nanosantĂ© renvoie aux diverses dimensions sociologiques constitutives de ces technologies et Ă  leurs effets sur la santĂ© et la sociĂ©tĂ©. Notre modĂšle de la nanosantĂ© s’organise autour de trois dimensions : la transversalitĂ©, l’amĂ©lioration et la globalisation. Compte tenu de sa nature synthĂ©tique, ce modĂšle tridimensionnel permet iii d’aborder de front plusieurs questionnements cruciaux soulevĂ©s par le dĂ©veloppement de la nanomĂ©decine. Il permet d’éclairer le rapport contemporain Ă  la santĂ© et ses implications sur l’identitĂ© ; de mettre en lumiĂšre la centralitĂ© des technosciences dans la conception du progrĂšs mĂ©dical et social ; de mieux saisir les nouvelles formes globales de pouvoir sur la vie et les nouvelles formes d’inĂ©galitĂ© et d’exploitation caractĂ©ristiques d’une sociĂ©tĂ© qui accorde une valeur grandissante Ă  l’adaptabilitĂ© technique de l’humain et Ă  l’économisation de la santĂ© et du corps ; mais aussi de mieux comprendre le sens et les rĂ©percussions de l’engagement scientifique, politique et Ă©conomique dans les innovations molĂ©culaires et cellulaires.Nanomedicine – the application of nanotechnology to medical practice – is seen as the medicine of the future. Thus, nanomedicine is not just a new biomedical field. It carries a new biomedical paradigm promoting a technoscientific conception of healthcare. This new paradigm grows from and brings together the three current tendencies of healthcare research: predictive medicine, personalized medicine and regenerative medicine. Its focus is on the technical control of the molecular mechanisms underlying the biological development of the body. The growing of this new biomedical paradigm is largely the result of government supports and economic potential. It is both a scientific and a politico-economic construction. In that sense, analysing nanomedicine means analysing the form and the conditions of the current biomedical progress. In other words, nanomedicine helps us to grasp and understand the issues and implications of the ‘‘technoscientifization’’ of healthcare. This thesis aims to highlight the socio-cultural nature of the technoscientific model of healthcare promoted by nanomedicine. To do so, I propose the construction of an ideal-type of this technoscientific model, which I call nanohealth. If nanomedicine refers to the different technological applications of nanotechnology to medicine, nanohealth refers to the different sociological dimensions and impacts of nanotechnological applications on health and society. The nanohealth ideal-type is constructed around three dimensions: transversality, enhancement and globalization. The synthetic nature of this tridimensional ideal-type helps us to tackle the crucial issues surrounding the development of the nanomedicine. It helps us to understand the meaning and impacts of the scientific, political and economic engagement in nanomedicine; to highlight the centrality of technoscience in the cultural conception of medical and social progress; to grasp the new forms of power upon life and identity, and the new forms of inequality and exploitation, which are characteristics of a society focusing on the technical adaptability of human being and the economization of health and body

    L’encadrement juridique des biobanques populationnelles et leurs obligations au QuĂ©bec

    Full text link
    La mise en banque d’échantillons humains et de donnĂ©es connexes n’est pas une pratique rĂ©cente. Toutefois, dans les derniĂšres dĂ©cennies, ce phĂ©nomĂšne a pris une ampleur sans prĂ©cĂ©dent avec la crĂ©ation des biobanques populationnelles. DĂ©fini comme Ă©tant des infrastructures de recherche conçues pour durer plusieurs dĂ©cennies, ce type de biobanques invite des milliers et, dans certains cas, des centaines de milliers de personnes Ă  y participer en fournissant des Ă©chantillons, en se soumettant Ă  des tests physiques et biochimiques, et en rĂ©pondant Ă  diverses questions sur leur santĂ© et leur environnement sociodĂ©mographique. Mais quelles sont les obligations des biobanques et de leurs chercheurs face aux participants? ConsidĂ©rant leur longue durĂ©e, quel est l’encadrement juridique de ces biobanques populationnelles au QuĂ©bec? Ce sont les deux questions que pose ce mĂ©moire. Quant Ă  l’encadrement, nous utilisons trois axes d’analyse : i) les lois, les rĂšglements, la dĂ©ontologie professionnelle et les normes applicables; ii) la qualification juridique de l’acte de mise en banque d’échantillons et de donnĂ©es; et iii) les obligations dĂ©coulant de la nature mĂȘme de l’objet de la relation juridique. Notre analyse rĂ©vĂšle que cet encadrement est une mosaĂŻque lĂ©gislative, contractuelle, dĂ©ontologique et normative qui, malgrĂ© ses complexitĂ©s et ses dĂ©fis d’accessibilitĂ© pour les participants, assure une certaine protection pour ces derniers. Quant aux obligations incombant Ă  la biobanque et Ă  ses chercheurs, elles sont pour la majoritĂ© teintĂ©es par des caractĂ©ristiques particuliĂšres aux biobanques populationnelles. Ainsi, il existe des dĂ©fis particuliers en ce qui concerne notamment le consentement, le devoir d’information, le retour de rĂ©sultats et la sĂ©curitĂ© des Ă©chantillons et des donnĂ©es. Étant donnĂ© la nature Ă©volutive de ces obligations, nous proposons une approche basĂ©e sur le meilleur intĂ©rĂȘt du participant pour dĂ©terminer la nature et l’intensitĂ© des obligations incombant Ă  une biobanque et Ă  ses chercheurs.The collection of human samples and related data is not a recent practice. However, in the last few decades, such practices have taken much importance mainly due to the creation of population type biobanks. Defined as research infrastructures, they are conceived to last several decades. They invite thousands and, in some cases, hundreds of thousands of participants to contribute their samples, undergo physical and biochemical tests and answer various questions regarding their health and socio-demographic environment. In this context, what are the obligations of these initiatives and the researchers involved therein towards the participants? Considering their duration, what is the legal setting surrounding such biobanks in QuĂ©bec? These are the two questions addressed by this study. With respect to the legal setting, we propose an analysis based on three axes: i) laws, rules, professional deontology and norms; ii) the legal qualification of the act of banking samples and data; and iii) obligations resulting from the nature of the object of the legal relation. Our analysis reveals that the legal setting surrounding biobanks is a mosaic composed of legislative, contractual, deontological and normative obligations that, despite its complexities and challenges of accessibility for the participant, ensure a certain level of protection for the latter. Regarding the obligations of the biobank and its researchers, they are, for the majority, affected by particularities of population type biobanks. Indeed, specific challenges exist with respect to consent, the obligation to inform, the return of results and the security of samples and data. Given the evolving nature of the theses obligations, we propose to consider an approach based on the best interests of the participants when determining the nature and the intensity of the different obligations applicable to the biobank and its researchers

    Développement des marqueurs moléculaires spécifiques pour l'identification et la quantification de deux espÚces de champignons mycorhiziens arbusculaires en utilisant la PCR en temps réel

    Get PDF
    Les champignons mycorhizien Ă  arbuscules (CMA) sont des organismes pouvant Ă©tablir des symbioses avec 80% des plantes terrestres. Les avantages d'une telle symbiose sont de plus en plus caractĂ©risĂ©s et exploitĂ©s en agriculture. Par contre, jusqu'Ă  maintenant, il n'existe aucun outil permettant Ă  la fois l'identification et la quantification de ces champignons dans le sol de façon fiable et rapide. Un tel outil permettrait, entre autres, de mieux comprendre les dynamiques des populations des endomycorhizes dans le sol. Pour les producteurs d'inoculum mycorhiziens, cela permettrait Ă©galement d'Ă©tablir un suivi de leurs produits en champs et d'avoir un contrĂŽle de qualitĂ© de plus sur leurs inoculants. C'est ce que nous avons tentĂ© de dĂ©velopper au sein du laboratoire du Dr. Hijri. Depuis environ une trentaine d'annĂ©es, des outils d'identification et/ou de quantification ont Ă©tĂ© dĂ©veloppĂ©s en utilisant les profiles d'acides gras, les isozymes, les anticorps et finalement l'ADN nuclĂ©aire. À ce jour, ces mĂ©thodes d’identification et de quantification sont soit coĂ»teuses, soit imprĂ©cises. Qui plus est, aucune mĂ©thode ne permet Ă  la fois la quantification et l’identification de souches particuliĂšres de CMA. L’ADN mitochondrial ne prĂ©sente pas le mĂȘme polymorphisme de sĂ©quence que celui qui rend l’ADN nuclĂ©aire impropre Ă  la quantification. C'est pourquoi nous avons analysĂ© les sĂ©quences d’ADN mitochondrial et sĂ©lectionnĂ© les rĂ©gions caractĂ©ristiques de deux espĂšces de champignons mycorhiziens arbusculaires (CMA). C’est Ă  partir de ces rĂ©gions que nous avons dĂ©veloppĂ© des marqueurs molĂ©culaires sous forme de sondes et d’amorces TaqMan permettant de quantifier le nombre de mitochondries de chacune de ces espĂšces dans un Ă©chantillon d’ADN. Nous avons ensuite tentĂ© de dĂ©terminer une unitĂ© de quantification des CMA, soit un nombre de mitochondries par spore. C’est alors que nous avons rĂ©alisĂ© que la mĂ©thode de prĂ©paration des Ă©chantillons de spores ainsi que la mĂ©thode d’extraction d’ADN avaient des effets significatifs sur l’unitĂ© de quantification de base. Nous avons donc optimisĂ© ces protocoles, avant d’en e tester l’application sur des Ă©chantillons de sol et de racines ayant Ă©tĂ© inoculĂ©s avec chacune des deux espĂšces cibles. À ce stade, cet outil est toujours semi-quantificatif, mais il permet 9 l’identification prĂ©cise de deux espĂšces de CMA compĂ©tentes dans des milieux saturĂ©s en phosphore inorganique. Ces rĂ©sultats , en plus d’ĂȘtre prometteurs, ont permis d’augmenter les connaissances mĂ©thodologiques reliĂ©es Ă  la quantification des CMA dans le sol, et suggĂšrent qu’à cause de leurs morphologies diffĂ©rentes, l’élaboration d’un protocole de quantification standardisĂ© pour toutes les espĂšces de CMA demeure un objectif complexe, qui demande de nouvelles Ă©tudes in vivo.Arbuscular Mycorrhizal Fungi (AMF) are able to form symbiosis with approximately 80% of plant species, including most important corps. This symbiosis is known as Arbuscular Mycorrhiza which has been largely used in agriculture to promote plant growth by enhancing minerals uptake and protecting plants against biotic and abiotic stresses. Despite the ecological and economical importance of this symbiosis, specific markers for spore quantification of commercial AMF strains by quantitative real-time PCR (qPCR) are extremely limited and none has been rigorously validated for quality control of manufactured products such as biofertilizers. Most of the existing AMF markers developed either for AMF identification or for AMF quantification purposes are based on either morphological characters, on Fatty Acids Methyl Esters (FAME) profiles, on specific isozymes or antibodies, or on nuclear DNA. It has been shown that mitochondrial (mt) genomes are conserved among AMF species. This allowed us to use mt genomes in order to develop efficient isolate-specfic markers. Using the alignments of 11 complete AMF mt genomes, a qPCR assay using a hydrolysis probes designed in the single copy cox3-rnl intergenic region was tested and validated to specifically and accurately quantify the spores of the model R. irregularis isolate DAOM197198 and another probe was designed in nad1-cox2 intergene specific to Glomus cerebriforme. The specificity tests performed, using standard PCR and qPCR, clearly showed that the primers specifically amplified the isolate DAOM-197198 or Glomus cerebriforme DAOM220722. Quantification assays were successfully undertaken on unknown samples in liquid suspensions, commercial solid formulations and soil samples to show the accuracy and reproducibility of the assays. This study provides a powerful molecular toolkit specifically designed to quantify spores of the model AMF isolate Glomus cerebriforme DAOM220722. The latter could be applied to other AMF taxa and will be useful to research institutions and governmental and industrial laboratories running routine quality control of AMF-based products

    Des modÚles biologiques à l'amélioration des plantes

    Get PDF

    Évaluation de l’imputation des donnĂ©es gĂ©nĂ©tiques Canadiennes-Françaises

    Full text link
    L'imputation est dĂ©sormais un outil essentiel dans l'analyse des Ă©tudes d'association Ă  l'Ă©chelle du gĂ©nome, permettant l'estimation de gĂ©notypes Ă  des positions variables du gĂ©nome non gĂ©notypĂ©es, via des infĂ©rences statistiques Ă  partir d'haplotypes contenus dans un panel de rĂ©fĂ©rence utilisĂ© pour l'imputation, soit une bibliothĂšque d’haplotype sĂ©quencĂ©s phasĂ©s en haplotypes. Les donnĂ©es gĂ©nĂ©tiques imputĂ©s servent aux Ă©tudes d’associations sur les traits et maladies complexes. La population fondatrice canadienne-française est une population trĂšs utile dans les Ă©tudes d'association gĂ©nĂ©tique en raison de sa diversitĂ© unique d'haplotypes et de l'excĂšs de variantes rares. Ici, nous dĂ©crivons les dĂ©fis qui accompagnent l'imputation de cette population fondatrice, qui n'est pas reprĂ©sentĂ©e dans les panels de rĂ©fĂ©rence disponibles, ainsi que la stratĂ©gie optimale pour imputer des ensembles de donnĂ©es gĂ©notypĂ©s hĂ©tĂ©rogĂšnes, provenant de plusieurs plateformes de gĂ©notypage. Nous avons caractĂ©risĂ© l'imputation de 29,356 individus gĂ©notypĂ©s sur plusieurs puces de gĂ©notypage de la province du QuĂ©bec constituant la cohorte CARTaGENE (CaG). Nous avons Ă©tabli que le panel de rĂ©fĂ©rence le plus rĂ©cent et le plus diversifiĂ© Trans-Omics for Precision Medecine (TOPMed) a surpassĂ© le panel de rĂ©fĂ©rence Haplotype Reference Consortium (HRC) dans l'ensemble de donnĂ©es canadienne-française de CaG. Nous avons Ă©valuĂ© la prĂ©cision de l'imputation avec le un score de qualitĂ© (R2) frĂ©quemment utilisĂ©, ainsi que l’exactitude calculĂ©e en fonction des gĂ©notypes aux variants observĂ©s par sĂ©quençage, disponibles dans CARTaGENE pour un sous-groupe d’individus. Nous avons dĂ©terminĂ© que la stratĂ©gie optimale pour augmenter la qualitĂ© d'imputation sur des ensembles de donnĂ©es hĂ©tĂ©rogĂšnes a Ă©tĂ© atteinte en fusionnant chaque sous-ensemble de donnĂ©es aprĂšs les avoir imputĂ©s individuellement. Ce rĂ©sultat ouvre la voie Ă  l’intĂ©gration de cohortes gĂ©notypĂ©es hĂ©tĂ©rogĂšnes dans les Ă©tudes d’associations. Nos rĂ©sultats soulignent Ă©galement les dĂ©fis que reprĂ©sente une population fondatrice pour l'imputation, en comparant la qualitĂ© de l'imputation de CaG avec d'autres sous-cohortes canadiennes du projet CanPath, soit l’Ontario, l’Alberta, la Colombie-Britannique et les provinces atlantiques. Ces rĂ©sultats mettent en Ă©vidence l'impact de l’absence de diversitĂ© haplotypique spĂ©cifique dans les panels de rĂ©fĂ©rence sur l'imputation d'une population europĂ©enne fondatrice rĂ©cente, dĂ©montrant l'importance de la reprĂ©sentativitĂ© de la population Ă©tudiĂ©e dans ces panels.Imputation is now an essential tool in the analysis of genome-wide association studies, allowing the estimation of genotypes at variable positions of the ungenotyped genome, via statistical inferences from haplotypes contained in a reference panel used for imputation, (a library of sequenced genotypes phased into haplotype). Imputed genetic data is used for association studies of complex traits and diseases. The French-Canadian founder population is a very useful population in genetic association studies due to its unique haplotype’s diversity and excess of rare variants. Here, we describe the challenges that come with imputing this founder population, which is not represented in available reference panels, as well as the optimal strategy for imputing heterogeneous genotyped datasets, from multiple genotyping platforms. We characterized the imputation of 29,356 individuals genotyped on multiple genotyping arrays from the province of Quebec constituting the CARTaGENE (CaG) cohort. We established that the newer and more diverse Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed) reference panel outperformed the Haplotype Reference Consortium (HRC) reference panel in the CaG French-Canadian dataset. We evaluated the precision of the imputation with the frequently used quality score (R2), as well as the accuracy calculated according to the genotypes observed by sequencing, available in CARTaGENE for a subgroup of individuals. We determined that the optimal strategy for increasing imputation quality on heterogeneous datasets was achieved by merging each subset of data after imputing them individually. This result opens the way to the integration of heterogeneous genotyped cohorts in association studies. Our results also highlight the challenges of a founder population for imputation, comparing the quality of CaG imputation with other Canadian sub-cohorts of the CanPath project, namely Ontario, Alberta, British-Columbia, and the Atlantic provinces. These results highlight the impact of the absence of specific haplotypic diversity in the reference panels on the imputation of a recent European founder population, demonstrating the importance of the representativeness of the population studied in these panels

    Evaluation du potentiel clinique de l'expression ectopique de gÚnes dans les Leucémies Lymphoblastiques Aigues

    Get PDF
    Epigenetic mechanisms such as methylation and histone modifications are involved in large-scale control of the expression of the genome and contribute to the development of specific gene expression profiles of tissues and cell types. In cells, during and after differentiation, these mechanisms are also involved in the establishment and maintenance of the repression of many genes. Oncogenic transformation is almost always associated with abnormalities of cellular epigenetic signalling, some of which, such as aberrant methylation of tumour suppressor genes, are considered as oncogenic events. One much less studied aspect epigenetic deregulations, is the aberrant activation of tissue-specific genes in pre-cancerous and transformed cells. Many studies have reported the “out of context” activation of specific testicular genes in several somatic cancers. These genes are described as the "cancer / testis" genes or C/T. It has been suggested that these illegitimate expressions could be good indicators of cancer and provide new targets for cancer immunotherapy. In this thesis, based on the concept of ectopic activation of genes, we have identified genes aberrantly expressed in lymphoblasts of patients with acute lymphoblastic leukemia (ALL). We have then assessed their potential for a use as markers for prognosis and prediction of treatment response. We have identified a signature of eight genes specific of germline/embryonic stem cells, aberrantly expressed in adult and paediatric ALL. The ectopic activation of four genes was predictive of poor prognosis and the expression of four other genes was associated with a favourable outcome. We have subsequently shown that the combination of the expression of these eight genes can identify aggressive forms of ALL in children and adults. A prospective clinical study showed that a test based on the detection of these 8 genes, by RT- qPCR could help predicting an early response to treatment (induction) in a group of 31 newly recruited ALL adult patients. Finally, using our classification method, we discovered common biological traits between aggressive forms of ALL in children and adults. Our data show that the most aggressive forms of ALL have characteristics of dormant hematopoietic stem cells. This information could be used to refine therapeutic approaches. Finally, in addition to improving the detection and monitoring of ALL patients, this work has great potentials in the definition of new therapeutic strategies as well as in the choice of the most appropriate therapeutic approaches for patients with aggressive forms of ALL.Les mĂ©canismes Ă©pigĂ©nĂ©tiques, tels que la mĂ©thylation et les modifications d'histones, sont impliquĂ©s dans le contrĂŽle Ă  grande Ă©chelle de l'expression du gĂ©nĂŽme et contribuent Ă  la mise en place des profils d'expression des gĂšnes spĂ©cifiques de tissus et de types cellulaires. Dans les cellules en cours ou en fin de diffĂ©renciation, ces mĂ©canismes sont aussi impliquĂ©s dans la mise en place et le maintien de la repression d'un grand nombre de gĂšnes. La transformation oncogĂ©nique est presque toujours associĂ©e Ă  des anomalies de la signalisation Ă©pigĂ©nĂ©tique cellulaire, dont certaines, comme les mĂ©thylations aberrantes de gĂšnes suppresseurs de tumeur, sont considĂ©rĂ©es comme des Ă©vĂ©nements oncogĂšnes. Un aspect beaucoup moins Ă©tudiĂ© de ces dĂ©rĂ©gulations Ă©pigĂ©nĂ©tiques est l'activation aberrante de gĂšnes tissu-spĂ©cifiques dans des cellules prĂ©-cancĂ©reuses et transformĂ©es. De nombreuses Ă©tudes rapportent l'activation « hors contexte » de gĂšnes spĂ©cifiques du testicule dans plusieurs cancers somatiques. Ces gĂšnes sont dĂ©crits sous le nom de gĂšnes « cancer testis » ou C/T. Il a Ă©tĂ© suggĂ©rĂ© que ces expressions illĂ©gitimes pourraient ĂȘtre de bons indicateurs des cancers, et fournir de nouvelles cibles pour une immunothĂ©rapie anticancĂ©reuse. Au cours de cette thĂšse, nous avons dĂ©veloppĂ© une approche basĂ©e sur ce concept d'activation ectopique de gĂšnes pour identifier les gĂšnes exprimĂ©s de maniĂšre aberrante dans les lymphoblastes des patients atteints de leucĂ©mies lymphoblastiques aigues (LAL). Nous avons ensuite Ă©valuĂ© leur intĂ©rĂȘt pour une utilisation comme marqueurs pronostics et de prĂ©diction de la rĂ©ponse au traitement. Nous avons ainsi identifiĂ© une signature de huit gĂšnes spĂ©cifiques de la lignĂ©e germinale / cellules souches embryonnaires, exprimĂ©s de maniĂšre aberrante dans les LAL pĂ©diatriques et adultes : 4 gĂšnes prĂ©dictifs de mauvais pronostic et 4 gĂšnes associĂ©s Ă  une issue favorable. Nous avons par la suite montrĂ© qu'une combinaison de l'expression de ces 8 gĂšnes peut identifier les formes agressives de LAL chez les enfants ainsi que chez les adultes. Une Ă©tude prospective clinique a mis en Ă©vidence que notre systĂšme de dĂ©tection des 8 gĂšnes, basĂ© sur un test RT- qPCR, pourrait aider Ă  prĂ©dire la rĂ©ponse prĂ©coce Ă  un traitement (induction) dans un groupe de 31 patients adultes nouvellement recrutĂ©s, atteints de LAL. Enfin, en exploitant notre mĂ©thode de classification, nous avons dĂ©couvert des traits biologiques communs entre les formes agressives de LAL chez les enfants et chez les adultes. Nos donnĂ©es montrent que les formes les plus agressives de LAL prĂ©sentent les caractĂ©ristiques de cellules souches hĂ©matopoĂŻĂ©tiques au repos. Cette information pourrait ĂȘtre utilisĂ©e pour adapter les approches thĂ©rapeutiques. Enfin, en plus de l'amĂ©lioration de la dĂ©tection et du suivi des patients LAL, ce travail a un fort potentiel dans la dĂ©finition de nouvelles stratĂ©gies thĂ©rapeutiques ainsi que d'ors et dĂ©jĂ  dans les choix thĂ©rapeutiques les plus appropriĂ©s pour les patients porteurs des formes les plus agressives

    Localisation et caractÚre monogénique de cinq loci de traits quantitatifs de l'hypertension artérielle sur le chromosome 10 du rat Dahl salt-sensitive

    Full text link
    Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal
    corecore