Extraction de chroniques discriminantes

International audienceL'extraction de motifs séquentiels vise à extraire des comportements récurrents dans un ensemble de séquences. Lorsque ces séquences sont étiquetées, l'extraction de motifs discriminants engendre des motifs caractéristiques de chaque classe de séquences. Cet article s'intéresse à l'extraction des chroniques discriminantes où une chronique est un type de motif temporel représentant des durées inter-évènements quantitatives. L'article présente l'algorithme DCM dont l'originalité réside dans l'utilisation de méthodes d'apprentissage automatique pour extraire les intervalles temporels. Les performances computationnelles et le pouvoir discriminant des chroniques extraites sont évalués sur des données synthétiques et réelles

Déchiffrer le code histone : épigénétique et toxicologie placentaire

While acting upon chromatin compaction, histone post-translational modifications (PTMs) are involved in modulating gene expression through histone–DNA affinity and protein–protein interactions. These dynamic and environment-sensitive modifications are constitutive of the histone code that reflects the transient transcriptional state of the chromatin. Here we describe a global screening approach for revealing epigenetic disruption at the histone level. This original approach enables fast and reliable relative abundance comparison of histone PTMs and variants in human cells within a single LC-MS experiment. As a proof of concept, we exposed BeWo human choriocarcinoma cells to sodium butyrate (SB), a universal histone deacetylase (HDAC) inhibitor. Histone acide xtracts equally representing 3 distinct classes, Control, 1 mM and 2.5 mM SB, we reanalyzed using ultra-performance liquid chromatography coupled with a hybrid quadrupoletime-of-flight mass spectrometer (UPLC-QTOF-MS). Multivariate statistics allowed us to discriminate control from treated samples based on differences in the acetylation level of several histone forms. We then applied the same procedure to cells treated with 1 μMB[a]P and suceeded in revealing two markers of chromatin remodeling in relation withgenotoxic properties of B[a]P. Indeed, this untargeted histonomic approach could be auseful exploratory tool in many cases of environmental xenobiotic exposure when histone code disruption is suspected.En influençant le degré de compaction de la chromatine ainsi que ses interactions avec différents partenaires protéiques, les modifications post-traductionnelles des histones sont impliquées dans la régulation de l’expression des gènes. Avec les différents variants d’histones incorporés dans la chromatine, ces modifications dynamiques et sensibles à l’environnement sont constitutives du code histone. Ce travail présente une approche globale de criblage baptisée approche histonomique, visant à révéler une perturbation épigénétique à l’échelle des histones. Cette approche originale offre une comparaison rapide et fiable des abondances relatives des variants d’histones et de leurs modifications post-traductionnelles dans des cellules humaines en une seule analyse LC-MS. Comme preuve de concept, des cellules BeWo issues de choriocarcinome humain ont été exposées au butyrate de sodium, un inhibiteur non spécifique d’histones désacétylases. Les histones extraites des échantillons témoins ou traités au butyrate de sodium à 1 ou 2,5 mM ont été analysées par chromatographie liquide ultra performante couplée à un spectromètre de masse de type Q-TOF. Les analyses statistiques multivariées ont permis de discriminer les échantillons témoins des échantillons traités sur la base des différences de degrés d’acétylation observés sur plusieurs formes d’histones. La même approche a ensuite été appliquée à des cellules exposées au B[a]P à 1 μM et a révélé deux principaux marqueurs caractéristiques d’un remodelage de la chromatine induit par les effets génotoxiques duB[a]P. En résumé, cette approche histonomique globale pourrait se révéler être un outil complémentaire très utile pour explorer une potentielle perturbation du code histone lors d’exposition à des xénobiotiques environnementaux

Instrument de mesure des attitudes et des croyances stigmatisantes des professionnels de la santé du Québec envers la clientèle autochtone : une étude de validation

INTRODUCTION. Malgré que les populations autochtones soient minoritaires au Canada, elles sont surreprésentées dans les problématiques de santé. Leurs expériences dans le système de soins de santé sont parfois teintées de stigmatisation, de discrimination et de racisme, ce qui amène les Autochtones à sous-utiliser les services de santé et augmente, par le fait même, les disparités existantes. Or, on constate un décalage important entre la perception des professionnels de santé quant à leur prestation de soins et les expériences de soins de la patientèle autochtone. Cette étude vise à mener les premières étapes d'évaluation des propriétés psychométriques de l'instrument « Stigmatisation envers les Autochtones en milieux de soins ». MÉTHODE. Un devis descriptif transversal réalisé auprès d'un échantillon d'infirmières constitué par choix raisonné (n=149) a été utilisé. L'analyse factorielle exploratoire a permis d'évaluer la validité de construit et d'explorer la structure factorielle de l'instrument de mesure. Des corrélations avec l'Échelle M-Patas ont permis d'évaluer la validité convergente. La validité de critère concomitante a été évaluée par des comparaisons de moyennes pour le score total et chacune des composantes selon deux groupes (discrimination : oui vs. non). L'alpha de Cronbach a permis d'estimer la fiabilité de l'instrument. RÉSULTATS. L'analyse factorielle a révélé une structure à 17 items répartis en 5 facteurs qui expliquent 66.87% de la variance totale. Les corrélations avec l'Échelle M-Patas se sont révélées faibles et ne permettant pas d'établir la validité convergente avec l'instrument en développement. La validité liée au critère « discrimination » est établie uniquement pour un facteur, la composante cognitive envers la personne. L'estimation de la cohérence interne a permis d'établir la fiabilité de l'instrument, les alphas de Cronbach varient de satisfaisant (0,671) à excellent (0,845). L'alpha pour l'instrument total indique un excellent degré d'homogénéité (0,870). CONCLUSION. L'instrument « Stigmatisation envers les Autochtones en milieux de soins » est fiable et la validité de contenu ainsi que de construit a été démontré. Toutefois, d'autres études de validation devront être effectuées afin de raffiner l'instrument.INTRODUCTION. Despite the fact that Indigenous populations are a minority in Canada, they are over-represented in health issues. Their experiences in the health care system are sometimes tinged with stigma, discrimination, and racism, which leads them to underutilize health services and there by increases existing disparities. There is a significant gap between health professionals' perceptions of their services and the care experiences of Indigenous clients. The purpose of this study is to conduct the first steps in evaluating the psychometric properties of the "Stigma towards Aboriginal people in health care settings" instrument. METHODS. A cross-sectional descriptive design was used to assess the psychometric properties of the scale. To assess construct validity, we used a reasoned choice sample (n=149) of nurses. The exploratory factor analysis made it possible to explore the structural factors of the scale of measurement. correlations with a similar scale, the M-Patas Scale, have been used to assess the convergent validity of the scale. The Cronbach alpha was used to estimate the reliability of the scale. RESULTS. Factor analysis revealed a 5-factor structure representing 66.87% of the explained variance. For a final solution of 17 items. The correlations with the M-Patas Scale were weak and did not allow for convergent validity between the two scales. The validity of the "discrimination" criterion has been solely established for the cognitive components towards the person. The internal consistency method has made it possible to establish the reliability of the scale, the Cronbach alpha ranges from satisfactory (0,671) to excellent (0,845). The alpha for the total scale indicates an excellent degree of homogeneity (0.870). CONCLUSION. The "Stigma towards Aboriginal people in health care settings" instrument is reliable and its content and construct validity has been demonstrated. However, further validation studies are required to refine the "Stigma towards Aboriginal people in health care settings" instrument

Dynamique de la pauvreté urbaine au Pérou et à Madagascar 1997-1999 : une analyse sur données de panel

La version anglaise de ce document a été publiée dans International Planning Studies. Voir http://basepub.dauphine.fr/xmlui/handle/123456789/4977Du fait du manque de données de panel, il existe peu d’études sur la dynamique de la pauvreté dans les pays en développement. De plus, il est difficile d’en tirer des conclusions générales en raison des différences méthodologiques entre elles. Notre étude sur la dynamique de la pauvreté urbaine à Madagascar et au Pérou est basée sur un large panel de ménages couvrant la période 1997-1999. En appliquant des méthodes rigoureusement comparables dans les deux pays, nous cherchons à identifier les traits généraux et spécifiques de la pauvreté chronique et transitoire. L’importance des transitions de pauvreté, ainsi que les caractéristiques des ménages pauvres (de manière transitoire ou chronique), sont d’abord étudiées. A l’aide d’un modèle logit multinomial, on mesure ensuite la contribution à la pauvreté chronique et aux transitions de pauvreté (entrées/sorties) de trois groupes de variables : caractéristiques des ménages (démographiques, capital humain et physique) ; chocs subis par les ménages (démographiques et liés au marché du travail) ; variables géographiques liées au voisinage (fourniture de biens publics, niveau de revenu, capital humain et structure de l’emploi, etc.). Nos résultats infirment la thèse selon laquelle les chocs seraient la seule variable explicative des formes transitoires de pauvreté. Le mode d’entrée sur le marché du travail, ainsi que les caractéristiques du voisinage apparaissent également pertinentes pour l’analyse de la dynamique de la pauvreté. Nos résultats suggèrent que la dimension liée à l’inégalité spatiale mériterait d’être analysée dans les analyses sur les dynamiques de pauvreté et de revenus.Because of the lack of panel data there have been few studies on poverty dynamics in developing countries. Furthermore, because of methodological differences, it is difficult to draw general conclusions from them. This paper analyses a large sample of Peruvian and Madagascan urban households (1997-1999), applying the same methodology for both countries. Its objective is to identify the general and specific characteristics of chronic and transient poverty. We measure the importance of poverty transitions, as well as the characteristics of the temporarily and the chronically poor, with respect to those of non-poor households. Using a multinomial logit model, we also highlight the specific contribution to chronic poverty and poverty entries/exits of three main variables: household characteristics (demographics, human and physical capital), and shocks (related to both demographics and job market) experienced by these households; « geographic » variables linked to neighborhoods (provision of public goods, income levels, human capital and employment structure, etc.). Our results do not confirm the idea that only shocks are relevant to explain temporary forms of poverty. The type and quality of entry on the job market, as well as the features of the residence neighborhood, turn out to be equally relevant in the analysis of poverty dynamics. These results suggest that the spatial « inequality » dimension should be added to analyses on income and poverty transition dynamics.ou

Caractérisation électromyographique des lombalgies non-spécifiques chroniques de l'enfant et de l'adolescent

The majority of the worldwide population (80%) suffers from low back pain (LBP) over life. LBP becomes chronic (CLBP) in 10 to 15% of (all) adult cases yielding important functional and socio-economic adverse repercussions. The majority of LBP (85%) is classified as “non-specific” (NSCLBP), i.e. with an absence of any identified cause. LBP prevalence on children and adolescents is comparable to adults. Despite the low incidence of serious associated diseases, the fear of missing them increased patient’s exposure to radiation. However, an absence of significant correlation between radiology changes in the lower spine and low back pain was reported for school children. In this context, it is necessary to identify new tools, if possible non-irradiating and inexpensive, to identify specific characteristics of children and adolescents suffering from NSCLBP and thus improve the understanding of this pathology.An interesting tool, highlighted in adult population, is to evaluate surface electromyography (EMG) of low back muscles. Existing EMG phenomena were reported to discriminate adults with and without NSCLBP: reduced trunk muscle endurance, absence of flexion-relaxation phenomenon and guarding hypothesis during gait at different velocities. These EMG characteristics have not yet been confirmed for children and adolescents suffering of NSCLBP.This clinical context justifies the present doctoral work. The aim was to evaluate EMG characteristics in children and adolescents with NSCLBP in comparison with control participants. To achieve these objectives, several complementary studies were successively conducted.Taken together, the results of this doctoral work showed that the EMG characteristics frequently reported for NSCLBP in adults were absent or reduced in children and adolescent suffering from NSCLBP. These findings are inconsistent with the existing literature on adults and might affect the future therapeutic management of children and adolescents with NSCLBP, which is, to date, an imitation of the adult model. It would be interesting to confirm these results on the basis of a larger cohort and to reassess the same children and adolescents in adulthood to identify whether the EMG phenomenon, as known in NSCLBP adults, appears over time.La lombalgie (LBP) touche 80% de la population mondiale adulte et devient chronique dans 10 à 15% des cas. Pour la grande majorité des cas adultes (85%), aucune cause ne peut être clairement identifiée pour expliquer ces douleurs et l’on parle alors de lombalgie chronique « non-spécifique » (NSCLBP). Chez l’enfant et l’adolescent, la prévalence de la NSCLBP est semblable à celle de l’adulte. Malgré la faible incidence de pathologies graves associées, la lombalgie de l’enfant et de l’adolescent implique, souvent dans sa prise en charge diagnostique, une exposition augmentée aux radiations et un stress parental important. Cependant, la présence d’anomalies radiologiques est aussi fréquente dans la population asymptomatique que dans la population avec NSCLBP. Ceci remet en question l’intérêt clinique de la radiologie pour dépister une cause possible de NSCLBP. Dans ce contexte, il est nécessaire d’identifier de nouveaux outils, si possible non-irradiants et peu coûteux, pour identifier des caractéristiques spécifiques aux enfants et adolescents souffrant de NSCLBP et ainsi améliorer la compréhension de cette pathologie.L’analyse électromyographique (EMG) de l’activité des muscles paravertébraux lombaires s’est avérée cliniquement pertinente dans la population adulte pour discriminer les patients souffrant de NSCLBP des participants asymptomatiques. Plusieurs paramètres EMG enregistrés lors de différentes tâches ont été identifiés chez l’adulte pour caractériser les participants NSCLBP. Les paramètres EMG des muscles lombaires les plus couramment rapportés dans la littérature sont : un temps de maintien réduit ainsi qu’une fatigue musculaire accélérée pendant le test d’endurance des muscles extenseurs du tronc, la réduction ou l’absence du phénomène de flexion-relaxation (FRP) pendant la tâche de flexion maximale du tronc ainsi qu’un pattern atypique supportant l’hypothèse de précaution pendant la marche à différentes vitesses. Si ces caractéristiques EMG spécifiques aux patients souffrant de NSCLBP ont été bien établies chez l’adulte, la question est désormais de savoir ce qu’il en est chez l’enfant et l’adolescent souffrant de NSCLBP.Dans ce contexte clinique, l’objectif de ce travail doctoral était d’évaluer les caractéristiques EMG décrites ci-dessus dans une cohorte d’enfants et d’adolescents souffrant de NSCLBP en comparaison à des participants asymptomatiques (CTRL). Pour y répondre, plusieurs études complémentaires ont été effectuées.Dans leur ensemble, les travaux de cette thèse de doctorat ont montré que les phénomènes EMG reportés dans une population adulte avec NSCLBP ne sont pas retrouvés dans une population pédiatrique avec NSCLBP. Ces résultats remettent en question le diagnostic et la prise en charge actuelle des enfants et adolescents souffrant de NSCLBP, qui est, à ce jour, calquée sur le modèle adulte. Des études supplémentaires sont cependant nécessaires pour confirmer ces résultats sur une cohorte plus importante. Il serait aussi intéressant d’évaluer une même cohorte à partir de l’enfance jusqu’à l’âge adulte afin d’évaluer quels facteurs pourraient prédire l’apparition des phénomènes rapportés dans la littérature adulte

Diagnostic de systèmes complexes par comparaison de listes d’alarmes : application aux systèmes de contrôle du LHC

In the context of the CERN Large Hadron Collider (LHC), a large number of control systems have been built based on industrial control and SCADA solutions. Beyond the complexity of these systems, a large number of sensors and actuators are controlled which make the monitoring and diagnostic of these equipment a continuous and real challenge for human operators. Even with the existing SCADA monitoring tools, critical situations prompt alarms avalanches in the supervision that makes diagnostic more difficult. This thesis proposes a decision support methodology based on the use of historical data. Past faults signatures represented by alarm lists are compared with the alarm list of the fault to diagnose using pattern matching methods. Two approaches are considered. In the first one, the order of appearance is not taken into account, the alarm lists are then represented by a binary vector and compared to each other thanks to an original weighted distance. Every alarm is weighted according to its ability to represent correctly every past faults. The second approach takes into account the alarms order and uses a symbolic sequence to represent the faults. The comparison between the sequences is then made by an adapted version of the Needleman and Wunsch algorithm widely used in Bio-Informatic. The two methods are tested on artificial data and on simulated data extracted from a very realistic simulator of one of the CERN system. Both methods show good results.Au CERN (Organisation européenne pour la recherche nucléaire), le contrôle et la supervision du plus grand accélérateur du monde, le LHC (Large Hadron Collider), sont basés sur des solutions industrielles (SCADA). Le LHC est composé de sous-systèmes disposant d’un grand nombre de capteurs et d’actionneurs qui rendent la surveillance de ces équipements un véritable défi pour les opérateurs. Même avec les solutions SCADA actuelles, l’occurrence d’un défaut déclenche de véritables avalanches d’alarmes, rendant le diagnostic de ces systèmes très difficile. Cette thèse propose une méthodologie d’aide au diagnostic à partir de données historiques du système. Les signatures des défauts déjà rencontrés et représentés par les listes d’alarmes qu’ils ont déclenchés sont comparées à la liste d’alarmes du défaut à diagnostiquer. Deux approches sont considérées. Dans la première, l’ordre d’apparition des alarmes n’est pas pris en compte et les listes d’alarmes sont représentées par un vecteur binaire. La comparaison se fait à l’aide d’une distance pondérée. Le poids de chaque alarme est évalué en fonction de son aptitude à caractériser chaque défaut. La seconde approche prend en compte l’ordre d’apparition des alarmes, les listes d’alarmes sont alors représentées sous forme de séquences symboliques. La comparaison entre ces deux séquences se fait à l’aide d’un algorithme dérivé de l’algorithme de Needleman et Wunsch utilisé dans le domaine de la Bio-Informatique. Les deux approches sont testées sur des données artificielles ainsi que sur des données extraites d’un simulateur très réaliste d’un des systèmes du LHC et montrent de bons résultats

Exploration textuelle du discours d'un quotidien régional au carrefour du XIX^e et du XX^e siècles : <i>Le Petit Comtois</i> (1883-1903)

In contrast to topical trends of mediatic discourse analysis (predominantly focused on newspapers from the 21st century), this thesis aims at analyzing the discourse of a French newspaper called Le Petit Comtois (1883-1944). Rooted in various fields of research, namely corpus linguistics, “discourse analysis from a historical viewpoint” (Robin, Maldidier, Guilhaumou), “textual analysis of discourse“ (Adam, Heidmann) and lexical statistics (Lebart, Salem), this thesis questions the contributions of a new numerical philology (Rastier; Viprey).This work is based on two complementary axes of research: on the one hand, we worked on the constitution of a textual database with the aim of accurately editing, controlling and normalizing it in order to allow for a revival of interdisciplinary studies led on regional 19th century newspapers. Therefore, our point is to propose some methodological approaches in order to overcome technical obstacles which occur during the acquisition and the sharing of large volume of textual data. The construction and the normalization of the database condition the heuristic confrontation of points of views and the choice of textual sciences methods for the analysis.On the other hand, our objectives are to highlight the specificities of Le Petit Comtois discourse during the period 1883-1903. Exploring a 5.5 million-word corpus, we mainly use the textual statistical methods to produce the emergence of the linguistic, textual and discursive reliefs of the text itself in order to use them as clues for the continuation of the analysis, with the aim to overtake the traditional entrance of the vocabulary used in lexicometry and its ways to approach textuality.À la différence des tendances actuelles de l’analyse du discours médiatique, majoritairement tournée vers la presse nationale contemporaine, notre thèse vise un titre régional du XIXe siècle : Le Petit Comtois (1883-1944). Plongeant ses racines dans différents terreaux de recherche, à savoir la linguistique de corpus, l’analyse du discours du côté de l’histoire (Guilhaumou, Robin), la statistique textuelle (Lebart, Salem) et l’analyse textuelle du discours (Adam, Heidmann), cette thèse interroge les apports d’une nouvelle philologie numérique (Rastier; Viprey, Mayaffre) se fixant pour programme de renforcer l’accès aux matérialités discursives.Cette thèse articule ainsi deux axes de recherche complémentaires : d’une part, les conditions de la constitution d’une base de données textuelles finement établies, contrôlées et normalisées selon les recommandations XML-TEI, visant à favoriser le renouveau des lectures interdisciplinaires de la presse régionale de la Troisième République (chapitre II).Il s’agit, ce faisant, de proposer des pistes méthodologiques en vue de la levée des obstacles techniques pesant sur l’acquisition et le partage de grands volumes de données textuelles, dont dépendent les avancées des sciences du texte. Partant, on replacera ces pistes dans la perspective des débats théoriques contemporains en linguistique textuelle et linguistique de corpus.D’autre part, notre objectif est d’apporter un éclairage sur le discours du Petit Comtois sur la période 1883-1903 à partir d’un corpus de 5,5 millions de mots en articulant diverses méthodologies et niveaux d’analyse, de sorte à appréhender dans toute son hétérogénéité et sa complexité l’objet texte. Si notre recherche s’appuie principalement sur les outils de la statistique textuelle qui permettent de faire monter du corpus lui-même ses reliefs linguistiques, textuels, discursifs, envisagés comme des vecteurs d’exploration, elle vise à dépasser la traditionnelle entrée du vocabulaire sur laquelle se fonde la lexicométrie, et ses modes d’approche traditionnels sur cette entrée même.Parce qu’un texte est tout d’abord inscrit sur un support matériel signifiant, notre premier temps d’analyse textuelle du discours du Petit Comtois (chapitre III) est ainsi consacré à l’analyse de la mise en forme de l’information, telle qu’elle se donne à lire à travers l’organisation matérielle de l’aire scripturale (Peytard) et les niveaux d’organisation que sont le rubriquage et le système de titres du quotidien.Plus qu’un simple « chemin de fer » ayant pour fonction de catégoriser l’information, le rubriquage constitue un des ressorts principaux de la rédaction pour hiérarchiser l’information. Parce qu’il rend compte des catégories par lesquelles le quotidien découpe le monde, ce niveau constitue un lieu d’accès privilégié à l’identité du quotidien. Une analyse quantitative du rubriquage, mesurant la surface, l’emplacement topographique de chaque rubrique, sa fréquence moyenne, nous a permis d’observer, outre les thématiques principales du quotidien, les stratégies par lesquelles celui-ci hiérarchisait l’information. Ce volet d’analyse nous a permis d’observer que Le Petit Comtois, à l’instar de la presse quotidienne régionale de la Troisième République, fait la part belle aux événements de portée nationale et internationale, ainsi qu’à la vie politique de la Troisième République. Un examen linguistique des intitulés de rubrique du journal a pour sa part démontré la forte mise en valeur de la coïncidence de la temporalité de l’imprimé quotidien avec celle du monde, ainsi qu’une forte persistance des liens avec la matrice littéraire (Thérenty), perceptible notamment à travers la prédominance des intitulés de rubrique référant à l’écriture épistolaire.Notre intérêt s’est ensuite porté sur les titres du Petit Comtois, dont nous avons interrogé les caractéristiques linguistiques et fonctionnelles, les variations et les régularités en diachronie. Celles-ci ont été analysées à partir de l’étude d’un sous-corpus substantiel de 6910 titres, extrait d’une des rares rubriques comportant des titres de façon permanente de 1883 à 1903 : les « dépêches de nuit ». En premier lieu, au terme de l’analyse, a été dégagée la fonction de classification de l’information dans un horizon thématique, géographique ou historique assurée par les titres, au détriment d’une fonction d’annonce et de condensation de l’information principale de la dépêche. En second lieu, dans cette rubrique emblématique du journalisme d’information inscrite dans un quotidien revendiquant sa fonction d’organe porte-parole d’une sensibilité politique, les titres sont le lieu d’une coloration de l’information livrée par la voix du correspondant ou de l’agence Havas et donc des indices précieux de l’ethos discursif (Amossy) du quotidien : tout en exprimant sa lecture de l’actualité, Le Petit Comtois recourt à une parole railleuse et ludique, un certain franc-parler, visant à entretenir la connivence et la proximité avec son lecteur.Dans un second mouvement (chapitre IV), nous avons entrepris une série d’explorations dans le vocabulaire du Petit Comtois, entendues comme le socle d’un parcours objectivé du discours du journal. Une série de prise de vue sur le vocabulaire du Petit Comtois ont ainsi été constituées.L’index hiérarchique du corpus, analyse fort classique en lexicométrie, a livré une première indication sur la consistance lexico-thématique du corpus, en confirmant notamment l’ouverture du quotidien sur un horizon politique dont Paris est le cœur géographique et l’importance de la temporalité dans Le Petit Comtois.Une seconde analyse, tout aussi classique en lexicométrie, a consisté à examiner la ventilation du vocabulaire en diachronie (ou niveau macro-distributionnel) grâce aux méthodologies de l’AFC : celle-ci a pointé pour sa part une très nette division du corpus en deux séquences chronologiques distinctes : 1884-1896 d’une part, et 1897-1903 d’autre part. L’analyse des profils macro-distributionnels des items, associée à un mouvement de retour au texte, nous ont permis d’interpréter ce clivage comme l’opposition entre une première séquence marquée par un contexte colonialiste et revanchard ainsi que par les fameuses « affaires » politico-financières, et une séquence chronologique témoignant pour sa part d’un tournant radical et de l’intensification des débats autour de la question sociale.Nous nous sommes ensuite tournée vers l’analyse de la configuration fine du vocabulaire (niveau micro-distributionnel - Harris), mode d’accès privilégié à la textualité-texture, à ses dimensions non linéaires (tabulaires, réticulaires), encore insuffisamment exploitées et conceptualisées. L’analyse micro-distributionnelle du vocabulaire du Petit Comtois a ainsi suggéré que la configuration fine du vocabulaire s’organisait autour de quatre pôles isotropiques (Viprey), à consistance lexico-thématique voire rhétorico-stylistique, évoquant respectivement (1) les faits divers et leur passage en justice, (2) la vie législative, (3) les réseaux locaux de sociabilités, et enfin, (4) le vocabulaire du politique, voire de l’idée républicaine.Nous avons voulu observer l’évolution diachronique de cette configuration fine en diachronie. De façon très stimulante, si l’on tient compte des résultats livrés par l’examen du niveau macro-distributionnel et de la nature du discours étudié, la structure fine du vocabulaire se révèle extrêmement stable en diachronie. De rares items témoignent d’une évolution significative de leur co(n)texte d’une diachronie à une autre. Il est intéressant de remarquer que ceux-ci sont particulièrement emblématiques des évolutions socio-politiques dont prend acte la fin d’un très long XIXe siècle. C’est notamment le cas de la forme ouvriers, dont l’évolution très nette du profil collocatif marque celle de son sens. Dans un dernier temps, nous avons examiné les facteurs responsables de la stabilité du rubriquage observée : l’analyse des spécificités des rubriques a ainsi révélé une forte corrélation entre le niveau du rubriquage et celle de la structure fine du vocabulaire. L’invariance des « motifs » lexicaux et stylistiques du quotidien nous suggère donc que l’actualité et son essence présupposée « fluctuante », restent contrôlées et organisées par les pratiques routinières journalistiques, renvoyant tant à la sélection de l’information qu’à sa mise en scène comme événement. Enfin, un dernier temps de cette recherche (chapitre V) est dédié à la consolidation d’une méthode de typologie en corpus, appliquée au classement des rubriques, basée sur le niveau morphosyntaxique. À la recherche d’une typologie discursive des rubriques du Petit Comtois, ce volet d’analyse examine les vertus et les insuffisances d’un étiquetage automatique et explore les perspectives offertes par l’AFC en vue d’un dialogue continué avec les données. Devant être envisagé comme le préalable à une analyse linguistique des genres journalistiques qui croiserait le niveau du vocabulaire et le niveau de la morphosyntaxe tout en tenant compte du plan compositionnel du texte (Bakhtine) grâce à un encodage xml-tei, cet empan de nos recherches constitue une investigation méthodologique visant à se doter d’un protocole robuste et transparent d’analyse.À la suite des travaux pionniers de Douglas Biber, de nombreuses études de typologie textuelle convoquent aujourd’hui le niveau morphosyntaxique. La logométrie, telle que définie par D. Mayaffre, perçoit d’ailleurs dans les progrès de l’étiquetage automatique un renouvellement décisif de l’analyse des données textuelles. Cette position implique de s’accommoder du taux d’erreur intrinsèque aux données issues d’un étiquetage automatique, dont l’influence est supposée modérée par la méthodologie statistique utilisée. Une analyse du discours soucieuse de la matérialité du texte ne peut néanmoins se satisfaire de ce taux d’erreur : entendant l’annotation morphosyntaxique comme un véritable état du texte, elle implique au contraire un étiquetage fin du niveau morphosyntaxique. Or, l’expérience menée dans le cadre d’une entreprise typologique des rubriques du Petit Comtois montre que l’étiquetage automatique réalisé par Cordial est loin d’être suffisant pour répondre à cette prétention : l’étiquetage opéré reste un étiquetage « en langue », aux insuffisances duquel s’ajoutent les limites du lexique interne de Cordial. On regrettera par ailleurs la pertinence discutable des catégories statiques de la grammaire traditionnelle convoquée par ce logiciel.En raison de ces insuffisances et en attendant de mener une contre-expérimentation basée sur un étiquetage fin et contrôlé de nos données, il nous semble ainsi devoir prendre quelques précautions avec les résultats obtenus de notre analyse, fort stimulants au demeurant. En effet, notre analyse des variables morphosyntaxiques dans les rubriques du Petit Comtois met au jour des facteurs très discriminants, parmi lesquels, d’une part, des variables assez inattendues (à l’instar des déterminants définis) et d’autre part, des facteurs faisant écho aux critères génériques journalistiques. On peut interpréter la configuration typologique des rubriques obtenue comme étant notamment fortement structurée par l’opposition entre les productions discursives à énonciation impliquée et les productions caractérisées par un effacement énonciatif, configuration affinée par le degré de complexité des phrases et leur longueur. Le genre semble donc un « facteur » structurant de cette typologie, ce qui nous semble devoir être mis en lien avec la taille colossale du corpus étudié et la méthodologie statistique utilisé, puisque l’AFC donne une représentation synthétique des tendances lourdes voire structurelles d’un ensemble de données. En l’occurrence, le genre est cette tendance, qui, dans la lignée des postulats de l’analyse du discours, s’avère déterminant dans la typologisation des productions discursives journalistique du Petit Comtois

Classification de sujets asymptomatiques et gonarthrosiques en fonction des données cinématiques comparaison de l'approche globale et de l'approche locale

La présente étude a pour but de développer une méthode de classification automatique des sujets asymptomatiques (AS) et des sujets gonarthrosiques (OA) en se basant sur leurs données cinématique globales et locales lors d’un cycle de marche normale. Quatorze participants asymptomatiques et 30 patients gonarthrosiques (regroupés en deux groupes de sévérité de la gonarthrose selon l’échelle de Kellgren & Lawrence (KL), 16 avec un degré de sévérité dite légère et 14 avec un niveau de sévérité certain ou évolué) ont participé à cette étude. Le système de classification développé se décompose en trois modules: 1- Module d’acquisition des données cinématiques (adduction-abduction, flexionextension et rotation interne-externe) à l’aide d’un exosquelette placé sur l’articulation du genou ; 2- Module d’extraction des caractéristiques selon deux approches, globale et locale. L’approche globale consiste à caractériser les données cinématiques en leur totalité tout en cherchant le sous-cycle du signal cinématique le plus discriminant tandis que l’approche locale caractérise les données cinématique par des points d’intérêts. 3- Module classification se fait par deux niveaux d’ordre hiérarchiques, une première classification pour discriminer les sujets AS des OA, et une autre classification pour ressortir les grades de sévérité des sujets OA selon deux groupe (OAKL1,2 et OAKL3,4). Le système de classification utilisé se base sur la méthode des sous-espaces en utilisant la décomposition en valeur singulière (SVD). Les résultats de classification obtenus montrent que le signal cinématique d’adductionabduction est le plus discriminant pour les deux approches globales et locales. Le taux de classification des représentations globales des sujets AS et OA est de 93,18%, et de 93,33% entre OAKL1,2 et OAKL3,4. Alors que le taux de classification des représentations locales entre les sujets AS et OA est de 77,27% et de 83,33% entre les sujets OAKL1,2 et OAKL3,4. Pour conclure, les données cinématiques globales d’adduction-abduction permettent une meilleure classification hiérarchique entre les sujets AS et OA en premier lieu et entre les grades des sujets OA (OAKL1,2 et OAKL3,4) en deuxième lieu

Campylobacter chez les porcs biologiques et conventionnels: prévalence et antibiorésistance

Cette étude a pour objectif d’obtenir et comparer des données de prévalence et de résistance aux antibiotiques de Campylobacter isolés de porcs issus de la production biologique porcine et de la production conventionnelle. Des prélèvements de contenus de colon et des chiffonnettes de carcasses ont été réalisés en 2012, dans un abattoir, sur 31 lots de porcs biologiques et 31 lots de porcs conventionnels (1 ou 2 porcs par lot). La détection de Campylobacter a été réalisée par isolement direct sur gélose Karmali. Le genre Campylobacter et l’espèce des isolats collectés ont été confirmés par PCR. La résistance aux antibiotiques des isolats a été recherchée pour 5 familles d’antibiotiques (Gentamicine et streptomycine, Ciprofloxacine et Acide Nalidixique, Tétracycline (TET), Erythromycine (ERY) et chloramphénicol) par détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI) et interprétation selon les cut-offs épidémiologiques EUCAST. 114 contenus fécaux (56 biologiques et 58 conventionnels) et 120 chiffonnettes de carcasses (60 biologiques et 60 conventionnels) ont été analysés. Les Campylobacter isolés sont de l’espèce C. coli. La prévalence dans les contenus de colon n’est pas significativement différente entre les porcs biologiques (76,8%) et conventionnels (74,0%). C. coli n’a été détecté que sur 1 carcasse de porc conventionnel. Parmi les 264 isolats de C. coli isolés de contenus du colon (140 de porcs biologiques et 124 de porcs conventionnels), seuls 10 isolats sont sensibles aux 5 familles d’antibiotiques. 147 isolats sont résistants à 1 ou 2 familles d’antibiotiques et 107 sont multirésistants (≥ à 3 familles d’antibiotiques). Le profil de résistance majoritaire est la résistance couplée STR-TET, observée pour respectivement 21,8% et 32,9% des isolats issus de porcs conventionnels et biologiques. Entre les deux productions, une différence est observée pour TET et ERY. Les isolats provenant de porcs conventionnels sont significativement (p<0,01) plus souvent résistants à ces 2 antibiotiques, souvent en association avec d’autres résistances: 54,8% des isolats de porcs conventionnels sont multirésistants contre 27,9% des isolats de porcs biologiques (p<0,01). Cette étude montre que le portage de Campylobacter par les porcs est identique quel que soit le type de production. Le niveau plus faible de taux de résistance aux antibiotiques pour les Campylobacters issus de porcs biologiques pourrait être lié à l’usage restreint d’antibiotiques en production biologique et/ou à la colonisation des porcs biologiques par des souches sauvages sensibles