Large Scale In Silico Screening on Grid Infrastructures

Large-scale grid infrastructures for in silico drug discovery open opportunities of particular interest to neglected and emerging diseases. In 2005 and 2006, we have been able to deploy large scale in silico docking within the framework of the WISDOM initiative against Malaria and Avian Flu requiring about 105 years of CPU on the EGEE, Auvergrid and TWGrid infrastructures. These achievements demonstrated the relevance of large-scale grid infrastructures for the virtual screening by molecular docking. This also allowed evaluating the performances of the grid infrastructures and to identify specific issues raised by large-scale deployment.Comment: 14 pages, 2 figures, 2 tables, The Third International Life Science Grid Workshop, LSGrid 2006, Yokohama, Japan, 13-14 october 2006, to appear in the proceeding

Use of A Network Enabled Server System for a Sparse Linear Algebra Grid Application

Solving systems of linear equations is one of the key operations in linear algebra. Many different algorithms are available in that purpose. These algorithms require a very accurate tuning to minimise runtime and memory consumption. The TLSE project provides, on one hand, a scenario-driven expert site to help users choose the right algorithm according to their problem and tune accurately this algorithm, and, on the other hand, a test-bed for experts in order to compare algorithms and define scenarios for the expert site. Both features require to run the available solvers a large number of times with many different values for the control parameters (and maybe with many different architectures). Currently, only the grid can provide enough computing power for this kind of application. The DIET middleware is the GRID backbone for TLSE. It manages the solver services and their scheduling in a scalable way.La résolution de systèmes linéaires creux est une opération clé en algèbre linéaire. Beaucoup d’algorithmes sont utilisés pour cela, qui dépendent de nombreux paramètres, afin d’offrir une robustesse, une performance et une consommation mémoire optimales. Le projet GRID-TLSE fournit d’une part, un site d’expertise basé sur l’utilisation de scénarios pour aider les utilisateurs à choisir l’algorithme qui convient le mieux à leur problème ainsi que les paramètres associés; et d’autre part, un environnement pour les experts du domaine leur permettant de comparer efficacement des algorithmes et de définir dynamiquement de nouveaux scénarios d’utilisation. Ces fonctionnalités nécessitent de pouvoir exécuter les logiciels de résolution disponibles un grand nombre de fois,avec beaucoup de valeurs différentes des paramètres de contrôle (et éventuellement sur plusieurs architectures de machines). Actuellement, seule la grille peut fournir la puissance de calcul pour ce type d’applications. L’intergiciel DIETest utilisé pour gérer la grille, les différents services, et leur ordonnancement efficace