A Modular and Open-Source Framework for Virtual Reality Visualisation and Interaction in Bioimaging

Life science today involves computational analysis of a large amount and variety of data, such as volumetric data acquired by state-of-the-art microscopes, or mesh data from analysis of such data or simulations. The advent of new imaging technologies, such as lightsheet microscopy, has resulted in the users being confronted with an ever-growing amount of data, with even terabytes of imaging data created within a day. With the possibility of gentler and more high-performance imaging, the spatiotemporal complexity of the model systems or processes of interest is increasing as well. Visualisation is often the first step in making sense of this data, and a crucial part of building and debugging analysis pipelines. It is therefore important that visualisations can be quickly prototyped, as well as developed or embedded into full applications. In order to better judge spatiotemporal relationships, immersive hardware, such as Virtual or Augmented Reality (VR/AR) headsets and associated controllers are becoming invaluable tools. In this work we present scenery, a modular and extensible visualisation framework for the Java VM that can handle mesh and large volumetric data, containing multiple views, timepoints, and color channels. scenery is free and open-source software, works on all major platforms, and uses the Vulkan or OpenGL rendering APIs. We introduce scenery's main features, and discuss its use with VR/AR hardware and in distributed rendering. In addition to the visualisation framework, we present a series of case studies, where scenery can provide tangible benefit in developmental and systems biology: With Bionic Tracking, we demonstrate a new technique for tracking cells in 4D volumetric datasets via tracking eye gaze in a virtual reality headset, with the potential to speed up manual tracking tasks by an order of magnitude. We further introduce ideas to move towards virtual reality-based laser ablation and perform a user study in order to gain insight into performance, acceptance and issues when performing ablation tasks with virtual reality hardware in fast developing specimen. To tame the amount of data originating from state-of-the-art volumetric microscopes, we present ideas how to render the highly-efficient Adaptive Particle Representation, and finally, we present sciview, an ImageJ2/Fiji plugin making the features of scenery available to a wider audience.:Abstract Foreword and Acknowledgements Overview and Contributions Part 1 - Introduction 1 Fluorescence Microscopy 2 Introduction to Visual Processing 3 A Short Introduction to Cross Reality 4 Eye Tracking and Gaze-based Interaction Part 2 - VR and AR for System Biology 5 scenery — VR/AR for Systems Biology 6 Rendering 7 Input Handling and Integration of External Hardware 8 Distributed Rendering 9 Miscellaneous Subsystems 10 Future Development Directions Part III - Case Studies C A S E S T U D I E S 11 Bionic Tracking: Using Eye Tracking for Cell Tracking 12 Towards Interactive Virtual Reality Laser Ablation 13 Rendering the Adaptive Particle Representation 14 sciview — Integrating scenery into ImageJ2 & Fiji Part IV - Conclusion 15 Conclusions and Outlook Backmatter & Appendices A Questionnaire for VR Ablation User Study B Full Correlations in VR Ablation Questionnaire C Questionnaire for Bionic Tracking User Study List of Tables List of Figures Bibliography Selbstständigkeitserklärun

EVO-CBG - an evolutionary system for automatically generating character behaviours for game environments

In this paper we discuss the need to extend the standard types of character behaviours found in game environments if we are to create new and more compelling gaming experiences. We propose using techniques from Evolutionary Algorithms and research from Game Design to create a system that can help game designers extend standard types of behaviours. This system automatically produces behaviours that are designed to optimize predefined parameters in the game environment. We outline experiments conducted using an implementation of this system to produce behaviours for the game Ms. Pac-Man, along with providing an overview of the results obtained. Finally we discuss these results and the potential they show for our system to help game designers not only create character behaviours, but also diagnose the effect that adding or removing certain mechanics will have on the overall gaming experience

Machine learning techniques for android malware detection and classification

Tesis doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Escuela Politécnica Superior, Departamento de Ingeniería Informática. Fecha de Lectura: 15-03-2019la realización de esta tesis no habría sido posible sin la financiación aportada por el proyecto CIBERDINE: Cybersecurity, Data and Risks (S2013/ICE3095) concedido por la Comunidad de Madrid

Book review of " Giuseppina Pellegrino and Alessandro Mongili (eds.) Information Infrastructure(s): Boundaries, Ecologies, Multiplicity, Cam- bridge, Cambridge Scholars Publishing, 2014, pp. 337"

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Interacção 2010: actas da 4ª Conferência Nacional em Interacção Humano-Computador

Prefácio: Encontramo-nos perante mais uma edição do congresso nacional sobre Interacção, o “Interacção 2010”, um evento científico cuja regularidade tem permitido consolidar a sua natureza profundamente transdisciplinar. A referência do congresso continua a ser a área científica internacional de “Human-Computer Interaction”, uma área que tem ganhado relevância e valor no progresso sócio-económico desta última década, onde o ser humano e a coisa social assumem a prioridade que lhes é devida. O “Interacção” tem assumido sempre a condição da debater um vasto leque de temas, mas sempre em contextos de mediação tecnológica e onde o objectivo final é servir a condição humana. Esta edição continua a confirmar esta atitude que se reflecte nas grandes áreas temáticas que anunciou para submissão de trabalhos: Concepção, Desenvolvimento e Estudo da Interacção, Tecnologias e Aplicações de Suporte à Interacção, Aspectos Humanos, Sociais e Organizacionais, e Contextos de Interacção diversos. A resposta da comunidade científica nacional ao apelo de participação foi de extrema eficiência e riqueza. Foram submetidos um total de 64 artigos longos, artigos curtos e posters e/ou demos. O resultado da avaliação (“double-blind”) pelos revisores, e as conversões de formato sugeridas a alguns autores, conduziram a que o leitor venha a encontrar nestas actas 21 artigos longos, 20 artigos curtos e 15 posters. Por insuficiência de propostas de demos esta possibilidade de exposição não foi considerada. Esta quantidade crescente de trabalho em relação a edições anteriores do “Interacção”, e os três oradores convidados (2 internacionais e 1 nacional), originaram um programa de trabalho que incontornavelmente se estendeu a três dias de trabalho contrariando os tradicionais dois dias de congresso. O programa decorreu de 13 a 15 de Outubro de 2010 na Universidade de Aveiro e as 8 sessões que o caracterizaram foram organizadas respeitando os temas: i) Interfaces Multi-toque; ii) Interacção com Dispositivos Móveis; iii) Concepção e Desenvolvimento da Interacção; iv) Realidade Virtual e Aumentada; v) Visualização de Informação; vi) Videojogos e Interacção; vii) Acessibilidade e viii) Interacção em Contextos Diversos. Por fim, e porque um evento desta natureza não se consegue organizar sem a mobilização, o trabalho de grande qualidade e a dedicação de várias pessoas, importa agradecer a todos os elementos da Comissão Organizadora, e aos estudantes voluntários que ajudaram em toda a logística, bem como a todos os elementos da Comissão de Programa e aos revisores externos que também aceitaram analisar trabalhos submetidos. Aos nossos convidados, Francisco Providência, Jennifer Preece e Shahram Izadi, pela disponibilidade de estarem e partilharem connosco o seu conhecimento e experiência na área, o nosso sincero obrigado. Pelo papel fundamental de um secretariado profissional e eficiente fica ainda o nosso agradecimento à Anabela Viegas. Terminamos com o especial agradecimento a todos os autores e conferencistas que acreditaram na competência e rigor de toda esta equipa para acolher o seu trabalho e expô-lo publicamente. Despedimo-nos acreditando que o "Interacção" continuará por terras lusas, quiçá numa toada cada vez mais internacionalizada, e deixando votos para que a edição de 2012 seja pautada por igual sucesso e entusiasmo; a área da Interacção assim o exige e merece. Bem hajam. Aveiro, Outubro de 2010. Óscar Mealha, Daniel Tércio, Beatriz Sousa Santos, Joaquim Madeira.publishe

Third International Symposium on Space Mission Operations and Ground Data Systems, part 1

Under the theme of 'Opportunities in Ground Data Systems for High Efficiency Operations of Space Missions,' the SpaceOps '94 symposium included presentations of more than 150 technical papers spanning five topic areas: Mission Management, Operations, Data Management, System Development, and Systems Engineering. The papers focus on improvements in the efficiency, effectiveness, productivity, and quality of data acquisition, ground systems, and mission operations. New technology, techniques, methods, and human systems are discussed. Accomplishments are also reported in the application of information systems to improve data retrieval, reporting, and archiving; the management of human factors; the use of telescience and teleoperations; and the design and implementation of logistics support for mission operations