Combinaisons d'automates et de boules de mots pour la classification de séquences

National audienceIn this paper, we present a general framework for supervised classification. This framework only needs the definition of a generalisation operator and provides ensemble methods. For sequence classification tasks, we show that grammatical inference has already defined such learners for automata classes like reversible automata or k-TSS automata. Then we propose a generalisation operator for the class of balls of words. Finally, we show through experiments that our method efficiently resolves sequence classification tasks.Dans cet article, nous présentons un cadre d'apprentissage général pour la classification supervisée. Ce cadre ne nécessite que la définition d'un opérateur de généralisation et fournit en particulier des méthodes d'ensemble. Pour les tâches de classification de séquences, nous montrons que l'inférence grammaticale, avec des objectifs différents, a déjà défini de tels apprenants pour certaines familles d'automates comme les réversibles ou les k-TSS. Nous proposons ensuite un opérateur de généralisation original pour la famille des boules de mots. Enfin, nous montrons au travers de différentes expérimentations que notre approche permet effectivement de résoudre des tâches de classification de séquences

Génération automatique de cas de test pour les systèmes modélisés par des machines à états finis communicantes

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal

Réseaux de régulation chez Escherichia coli

L'adaptation d'une bactérie aux changements de son environnement est contrôlée par un réseau de régulation large et complexe, faisant intervenir de nombreux acteurs et modules différents. Dans ce travail, nous avons étudiés un module de régulation spécifique, contrôlant l'adaptation de la bactérie Escherichia coli à un changement de sources de carbone. Dans un milieu contenant du glucose et de l'acétate, la croissance est divisée en deux phases : les bactéries utilisent préférentiellement le glucose et commencent à métaboliser l'acétate qu'après l'épuisement du glucose. En effet, la présence du glucose réprime la transcription d'un gène nécessaire à la croissance sur acétate, le gène acs (codant pour l'acétyl-CoA synthétase). Le mécanisme régulateur fait intervenir le facteur de transcription Crp-AMPc et le système de transfert de phosphate (PTS), qui permet l'import du glucose. Plusieurs modèles décrivent en détail la cascade de réactions moléculaires à l'origine de cette répression catabolique . Cependant, certaines de nos observations expérimentales ne sont pas correctement prédites par les modèles actuels. Ces modèles doivent être révisés ou complétés. L'outil majeur que nous employons pour les expériences est la fusion transcriptionnelle : une région promotrice fusionnée en amont d'un gène rapporteur (GFP, luciferase). Avec ces constructions, nous mesurons la dynamique de l'expression génique dans différentes souches (mutants) et différentes conditions environnementales. Les observations à l'échelle de la population sont corroborées par des mesures similaires à l'échelle de la cellule unique. Nous utilisons cette même technologie pour construire de petits systèmes synthétiques qui sondent davantage le phénomène de répression catabolique. Nous avons ainsi créé un interrupteur génétique dont le fonctionnement est contrôlé par le flux glycolytique et nous avons construit un petit système de communication intercellulaire basé sur la molécule AMPc. Enfin, nous proposons une manière originale de mesurer l'état métabolique des cellules en utilisant la dépendance énergétique de la luciferase.The adaptation of bacteria to changes in their environment is controlled by a large and complex regulatory network involving many different actors and modules. In this work, we have studied a specific module controlling the adaptation of Escherichia coli to a change in carbon sources. In a medium containing glucose and acetate, growth is divided into two phases : the bacteria preferentially use glucose and start to metabolize acetate only after glucose exhaustion. Indeed, the presence of glucose represses the transcription of a gene needed for growth on acetate : the acs gene (coding for acetyl-CoA synthetase). The regulatory mechanism involves the Crp-cAMP regulator and the phosphate transfer system (PTS), which is responsible for glucose import. Several models describe the cascade of molecular reactions responsible for this catabolite repression . However, our work shows that many of our experimental observations are incorrectly predicted by current models. These models have to be amended.We use transcriptional fusion, i.e., the fusion of a promoter region upstream of a reporter gene (GFP, luciferase), to measure the dynamics of gene expression in different genetic backgrounds and environmental conditions. Observations at the population level are corroborated by similar measurements at the single cell level. We use this same technology to construct small synthetic systems that probe further aspects of the phenomenon of catabolite repression. We have thus created a genetic toggle switch controlled by the glycolytic flux and we have built an inter-cellular communication system mediated by cAMP. Finally, we propose a novel way to measure the metabolic state of cells by using the energy dependence of the luciferase enzyme.SAVOIE-SCD - Bib.électronique (730659901) / SudocGRENOBLE1/INP-Bib.électronique (384210012) / SudocGRENOBLE2/3-Bib.électronique (384219901) / SudocSudocFranceF

Une nouvelle approche d'aide à la conception par ordinateur en architecture basée sur la modélisation d'opérateurs sémantiques et la création de maquettes procédurales

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal

The City as Labyrinth: How a Myth Was Rewritten between 1950 and 1980

Entre les années 1950 et 1980, émerge une nouvelle forme de labyrinthe chez des romanciers européens comme Michel Butor, Alain Robbe-Grillet, Italo Calvino, Patrick Modiano et Alasdair Gray : un labyrinthe insaisissable et non cartographiable. Pour en rendre compte nous avons recours au modèle du rhizome, issu de la philosophie de Gilles Deleuze et de Félix Guattari, aussi bien qu'au concept d'hétérotopie de Michel Foucault. La spatialité de nos romans nous pousse à prendre en compte également les réécritures ironiques du mythe de Thésée, Ariane, le Minotaure, Dédale. Les citations et les allusions au mythe nous font remarquer la distance d'avec le modèle traditionnel et les effets de ce qu'on peut considérer comme un « bricolage mythique », dans le cadre d'un regard ironique, parodique ou satirique. La représentation romanesque du labyrinthe accentue d'un côté l'absence d'un centre, et de l'autre côté l'ouverture extrême de cet espace qu'est la ville contemporaine. En même temps, la présence de nombreux « espaces autres », les hétérotopies de Foucault, définit l'égarement des protagonistes des romans. Au fur et à mesure que les écrivains acquièrent conscience des caractéristiques « labyrinthiques » de ces espaces, celles-ci commencent à informer l'œuvre romanesque, créant ainsi un espace métafictionnel. Entre les années Cinquante et le début des années Soixante-dix, les Nouveaux romanciers français accentuent ainsi l'idée de pouvoir jouer avec les instruments de la fiction, pour exaspérer l'absence d'un sens dans la ville comme dans la pratique de l'écriture. Calvino reformule cette conception du roman, remarquant l'importance d'un sens, même s'il est caché et difficile à saisir. Pour cette raison, à la fin de l'époque que nous analysons, des auteurs comme Modiano et Gray absorbent les techniques d'écriture de ces prédécesseurs, en les faisant jouer avec la responsabilité éthique de l'auteur.Between 1950 and 1980, a new form of labyrinth took shape, in novels by European authors such as Michel Butor, Alain Robbe-Grillet, Italo Calvino, Patrick Modiano and Alasdair Gray. This labyrinth is elusive and can't be mapped. In order to describe it, we must take into account both the model of the rhizome, from the philosophy of Gilles Deleuze and Félix Guattari, and Michel Foucault's concept of heterotopias. The spatiality of these novels also leads us to consider the rewriting of the labyrinth myth along with the characters Theseus, Ariadne, the Minotaur, and Dedalus. The resulting adaptations use irony as well as parody and satire, inviting us to consider their distance from the traditional model and the effects of what can be called « bricolage mythique ». The novelistic representation of the labyrinth stresses the absence of the centre on the one hand, and, on the other, points to the extreme openness of the contemporary city. As the authors get fuller awareness of the labyrinthine aspects of urban spaces, their texts themselves gradually start to take on a maze-like form: therefore, the space of fiction becomes metafictional space. Between the Fifties and the early Seventies, the Néoromanciers emphasized the idea of a possible play-like attitude through the instruments of fiction, in order to heighten the absence of meaning in city life as well as in the practice of writing itself. Calvino innovates this concept of fiction, emphasizing the importance of a meaning, however hidden it might be. For this reason, at the end of the period that we are investigating, other authors, such as Modiano and Gray, inherit their forerunners' paradigm of the labyrinth, but in order to adapt it to their own ethic responsibility