Biopen : ferramenta computacional para coleta e análise de dados laboratoriais de enteropatógenos

Orientador : Prof. Dr. Leonardo Magalhães CruzCo-Orientador: Prof. Dr. Luiz Antônio Pereira NevesDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa: Curitiba, 28/02/2011Bibliografia: fls. 95-103Resumo: A presente pesquisa propõe o desenvolvimento da ferramenta computacional chamada BIOPEN, na área biológica para coletar, armazenar e gerar informações sobre características de Enteropatógenos bacterianos obtidas de dados primários de análises laboratoriais no ambiente web. A relevância desta ferramenta está na facilidade de criar estudos prospectivos e a geração de relatórios e gráficos estatísticos a partir da análise dos dados do protocolo eletrônico. A concepção do BIOPEN, que significa „BIOLOGICAL PROTOCOL ELETRONIC FOR ENTEROPATHOGENS. foi desenvolvida junto com o Laboratório de Bacteriologia Clínica da Universidade Federal do Paraná do Setor de Ciências da Saúde e Departamento de Patologia Médica, usando o conhecimento e experiência de profissionais da área de exames laboratoriais com especificidade em métodos de identificação molecular. A justificativa deste trabalho está na dificuldade de coleta de dados para pesquisas na área de caracterização de Enteropatógenos com ênfase em epidemiologia e falta de padronização dos mesmos. O sistema foi projetado e construído, usando a linguagem de programação PHP e banco de dados POSTGRE. A sua validação foi feita por meio de testes de verificação e validação. Nos testes de verificação, os resultados mostram que o sistema processou sua lógica de acordo com os requisitos iniciais dos usuários. Nos testes de validação, através de questionários aos usuários, os resultados de aceitação foram: 81,19% como ótimos, 16,14% bom e 2,05% regular. E na análise de desempenho, os resultados de resposta do sistema proposto, usando o teste de volume de carga de 1.000, 10.000, 100.000 registros, são rápidos, pois o tempo médio obtido foi de 1.805,00 ms. Portanto, a viabilidade do sistema BIOPEN foi confirmada através dos testes de avaliação, mostrando que as suas funcionalidades são adequadas para coletar e armazenar os dados de análises laboratoriais de uma forma ágil e objetiva. Além disso, BIOPEN é uma alternativa interessante de uma ferramenta computacional para as pesquisas e estudos científicos dos Enteropatógenos.Abstract: The current research proposes a computational instrument development called BIOPEN, in Biological field, to collect, store and generate information about Enteropathogens bacterial obtained from laboratory analysis primary data in web environment. The relevance of this tool is to facilitate prospective studies creation, reports and grafics statistics generation from electronic protocol data analysis. The BIOPEN conception which means ¡°BIOLOGICAL PROTOCOL ELETRONIC FOR ENTEROPATHOGENS¡± was developed with Parana.s Federal University Bacteriological Clinical Laboratory from Health Science sector and Medical Pathology Department, using knowledge and experience from laboratorial exam professional with specific methods of molecular identification. This work justification consists in data collet difficulty to researches of Enteropathogens characterization with emphasis in Epidemiological and lack of their standards. The system was projected and built using PHP language and PostgreSQL data base programme. Its validity was made by verification and validates tests. In verification tests, results show that the system processed its logic according to user.s initials requests. In validation tests, through questionnaires to users, the acceptance results were: 81,19% excellent, 16,14% good and 2,05% regular. In performance analysis, the response results of proposal system, using load capacity test of 1.000, 10.000, 100.000 records, are fast, since the average time obtained was 1.805,00 ms. Thus, the BIOPEN viability was confirmated through valuation tests, showing that their availabilities are suitable to collect and store laboratory analysis data objectively and nimble. Besides, BIOPEN is an interesting alternative computational instrument to research and Enteropathogens scientific studies

A systematic approach for detecting faults in agent designs

This thesis proposes a mechanism, including automated tool support, for early-phase defect detection by comparing the plan structures of a belief-desire-intention (BDI) agent design against the following: (1) requirement models, specified in terms of scenarios and goals; and (2) agent communication models. The intuition of our approach is to extract sets of possible behaviour runs from the agent-behaviour models and to verify whether these runs conform to the specifications of the system-to-be. The proposed approach in this thesis is applicable at design time and does not require source code. Our approach is based on the Prometheus agent-design methodology but is applicable to other methodologies that support the same notions. We evaluate the proposed verification framework on designs, ranging from student projects to case studies of industry-level projects. Our evaluation demonstrates that even a simple specification developed by relatively experienced developers is prone to defects, and our approach is successful in uncovering most of these defects. In addition, we conduct a scalability analysis of our methods, and the outcomes reveal that our approach can scale when designs grow in size