A novel method of generating tunable underlying network topologies for social simulation

We propose a method of generating different scale-free networks, which has several input parameters in order to adjust the structure, so that they can serve as a basis for computer simulation of real-world phenomena. The topological structure of these networks was studied to determine what kind of networks can be produced and how can we give the appropriate values of parameters to get a desired structure.Comment: Originally presented at the 2013 IEEE 4th International Conference on Cognitive Infocommunications (CogInfoCom

New mathematical foundations for AI and Alife: Are the necessary conditions for animal consciousness sufficient for the design of intelligent machines?

Rodney Brooks' call for 'new mathematics' to revitalize the disciplines of artificial intelligence and artificial life can be answered by adaptation of what Adams has called 'the informational turn in philosophy' and by the novel perspectives that program gives into empirical studies of animal cognition and consciousness. Going backward from the necessary conditions communication theory imposes on cognition and consciousness to sufficient conditions for machine design is, however, an extraordinarily difficult engineering task. The most likely use of the first generations of conscious machines will be to model the various forms of psychopathology, since we have little or no understanding of how consciousness is stabilized in humans or other animals

Darwin's Rainbow: Evolutionary radiation and the spectrum of consciousness

Evolution is littered with paraphyletic convergences: many roads lead to functional Romes. We propose here another example - an equivalence class structure factoring the broad realm of possible realizations of the Baars Global Workspace consciousness model. The construction suggests many different physiological systems can support rapidly shifting, sometimes highly tunable, temporary assemblages of interacting unconscious cognitive modules. The discovery implies various animal taxa exhibiting behaviors we broadly recognize as conscious are, in fact, simply expressing different forms of the same underlying phenomenon. Mathematically, we find much slower, and even multiple simultaneous, versions of the basic structure can operate over very long timescales, a kind of paraconsciousness often ascribed to group phenomena. The variety of possibilities, a veritable rainbow, suggests minds today may be only a small surviving fraction of ancient evolutionary radiations - bush phylogenies of consciousness and paraconsciousness. Under this scenario, the resulting diversity was subsequently pruned by selection and chance extinction. Though few traces of the radiation may be found in the direct fossil record, exaptations and vestiges are scattered across the living mind. Humans, for instance, display an uncommonly profound synergism between individual consciousness and their embedding cultural heritages, enabling efficient Lamarkian adaptation

A quantitative evaluation of topological motifs and their coupling in gene circuit state distributions.

One of the major challenges in biology is to understand how gene interactions collaborate to determine overall functions of biological systems. Here, we present a new computational framework that enables systematic, high-throughput, and quantitative evaluation of how small transcriptional regulatory circuit motifs, and their coupling, contribute to functions of a dynamical biological system. We illustrate how this approach can be applied to identify four-node gene circuits, circuit motifs, and motif coupling responsible for various gene expression state distributions, including those derived from single-cell RNA sequencing data. We also identify seven major classes of four-node circuits from clustering analysis of state distributions. The method is applied to establish phenomenological models of gene circuits driving human neuron differentiation, revealing important biologically relevant regulatory interactions. Our study will shed light on a better understanding of gene regulatory mechanisms in creating and maintaining cellular states

Architectures and protocols for sub-wavelength optical networks: contributions to connectionless and connection-oriented data transport

La ràpida evolució d’Internet i l’àmplia gamma de noves aplicacions (per exemple, multimèdia, videoconferència, jocs en línia, etc.) ha fomentat canvis revolucionaris en la manera com ens comuniquem. A més, algunes d’aquestes aplicacions demanden grans quantitats de recursos d’ample de banda amb diversos requeriments de qualitat de servei (QoS). El desenvolupament de la multiplexació per divisió de longitud d’ona (WDM) en els anys noranta va fer molt rendible la disponibilitat d’ample de banda. Avui dia, les tecnologies de commutació òptica de circuits són predominants en el nucli de la xarxa, les quals permeten la configuració de canals (lightpaths) a través de la xarxa. No obstant això, la granularitat d’aquests canals ocupa tota la longitud d’ona, el que fa que siguin ineficients per a proveir canals de menor ample de banda (sub-longitud d’ona). Segons la comunitat científica, és necessari augmentar la transparència dels protocols, així com millorar l’aprovisionament d’ample de banda de forma dinàmica. Per tal de fer això realitat, és necessari desenvolupar noves arquitectures. La commutació òptica de ràfegues i de paquets (OBS/OPS), són dues de les tecnologies proposades. Aquesta tesi contribueix amb tres arquitectures de xarxa destinades a millorar el transport de dades sub-longitud d’ona. En primer lloc, aprofundim en la naturalesa sense connexió en OBS. En aquest cas, la xarxa incrementa el seu dinamisme a causa de les transmissions a ràfega. A més, les col·lisions entre ràfegues degraden el rendiment de la xarxa fins i tot a càrregues molt baixes. Per fer front a aquestes col·lisions, es proposa un esquema de resolució de col·lisions pro actiu basat en un algorisme d’encaminament i assignació de longitud d’ona (RWA) que balanceja de forma automàtica i distribuïda la càrrega en la xarxa. En aquest protocol, el RWA i la transmissió de ràfegues es basen en l’explotació i exploració de regles de commutació que incorporen informació sobre contencions i encaminament. Per donar suport a aquesta arquitectura, s’utilitzen dos tipus de paquets de control per a l’encaminament de les ràfegues i l’actualització de les regles de commutació, respectivament. Per analitzar els beneficis del nou algorisme, s’utilitzen quatre topologies de xarxa diferents. Els resultats indiquen que el mètode proposat millora en diferents marges la resta d’algorismes RWA en funció de la topologia i sense penalitzar altres paràmetres com el retard extrem a extrem. La segona contribució proposa una arquitectura híbrida sense i orientada a connexió sobre la base d’un protocol de control d’accés al medi (MAC) per a xarxes OBS (DAOBS). El MAC ofereix dos mètodes d’accés: arbitratge de cua (QA) per a la transmissió de ràfegues sense connexió, i pre-arbitratge (PA) per serveis TDM orientats a connexió. Aquesta arquitectura permet una àmplia gamma d’aplicacions sensibles al retard i al bloqueig. Els resultats avaluats a través de simulacions mostren que en l’accés QA, les ràfegues de més alta prioritat tenen garantides zero pèrdues i latències d’accés molt baixes. Pel que fa a l’accés PA, es reporta que la duplicació de la càrrega TDM augmenta en més d’un ordre la probabilitat de bloqueig, però sense afectar en la mateixa mesura les ràfegues sense connexió. En aquest capítol també es tracten dos dels problemes relacionats amb l’arquitectura DAOBS i el seu funcionament. En primer lloc, es proposa un model matemàtic per aproximar el retard d’accés inferior i superior com a conseqüència de l’accés QA. En segon lloc, es formula matemàticament la generació i optimització de les topologies virtuals que suporten el protocol per a l’escenari amb tràfic estàtic. Finalment, l’última contribució explora els beneficis d’una arquitectura de xarxa òptica per temps compartit (TSON) basada en elements de càlcul de camins (PCE) centralitzats per tal d’evitar col·lisions en la xarxa. Aquesta arquitectura permet garantir l’aprovisionament orientat a connexió de canals sub-longitud d’ona. En aquest capítol proposem i simulem tres arquitectures GMPLS/PCE/TSON. A causa del enfocament centralitzat, el rendiment de la xarxa depèn en gran mesura de l’assignació i aprovisionament de les connexions. Amb aquesta finalitat, es proposen diferents algorismes d’assignació de ranures temporals i es comparen amb les corresponents formulacions de programació lineal (ILP) per al cas estàtic. Per al cas de tràfic dinàmic, proposem i avaluem mitjançant simulació diferents heurístiques. Els resultats mostren els beneficis de proporcionar flexibilitat en els dominis temporal i freqüencial a l’hora d’assignar les ranures temporals.The rapid evolving Internet and the broad range of new data applications (e.g., multimedia, video-conference, online gaming, etc.) is fostering revolutionary changes in the way we communicate. In addition, some of these applications demand for unprecedented amounts of bandwidth resources with diverse quality of service (QoS). The development of wavelength division multiplexing (WDM) in the 90's made very cost-effective the availability of bandwidth. Nowadays, optical circuit switching technologies are predominant in the core enabling the set up of lightpaths across the network. However, full-wavelength lightpath granularity is too coarse, which results to be inefficient for provisioning sub-wavelength channels. As remarked by the research community, an open issue in optical networking is increasing the protocol transparency as well as provisioning true dynamic bandwidth allocation at the network level. To this end, new architectures are required. Optical burst/packet switching (OBS/OPS) are two such proposed technologies under investigation. This thesis contributes with three network architectures which aim at improving the sub-wavelength data transport from different perspectives. First, we gain insight into the connectionless nature of OBS. Here, the network dynamics are increased due to the short-lived burst transmissions. Moreover, burst contentions degrade the performance even at very low loads. To cope with them, we propose a proactive resolution scheme by means of a distributed auto load-balancing routing and wavelength assignment (RWA) algorithm for wavelength-continuity constraint networks. In this protocol, the RWA and burst forwarding is based on the exploitation and exploration of switching rule concentration values that incorporate contention and forwarding desirability information. To support such architecture, forward and backward control packets are used in the burst forwarding and updating rules, respectively. In order to analyze the benefits of the new algorithm, four different network topologies are used. Results indicate that the proposed method outperforms the rest of tested RWA algorithms at various margins depending on the topology without penalizing other parameters such as end-to-end delay. The second contribution proposes a hybrid connectionless and connection-oriented architecture based on a medium access control (MAC) protocol for OBS networks (DAOBS). The MAC provides two main access mechanisms: queue arbitrated (QA) for connectionless bursts and pre-arbitrated (PA) for TDM connection-oriented services. Such an architecture allows for a broad range of delay-sensitive applications or guaranteed services. Results evaluated through simulations show that in the QA access mode highest priority bursts are guaranteed zero losses and very low access latencies. Regarding the PA mode, we report that doubling the offered TDM traffic load increases in more than one order their connection blocking, slightly affecting the blocking of other connectionless bursts. In this chapter, we also tackle two of the issues related with the DAOBS architecture and its operation. Firstly, we model mathematically the lower and upper approximations of the access delay as a consequence of the connectionless queue arbitrated access. Secondly, we formulate the generation of the virtual light-tree overlay topology for the static traffic case.Postprint (published version

Social Network Limits Language Complexity

Natural languages vary widely in the degree to which they make use of nested compositional structure in their grammars. It has long been noted by linguists that the languages historically spoken in small communities develop much deeper levels of compositional embedding than those spoken by larger groups. Recently, this observation has been confirmed by a robust statistical analysis of the World Atlas of Language Structures. In order to examine this connection mechanistically, we propose an agent\u2010based model that accounts for key cultural evolutionary features of language transfer and language change. We identify transitivity as a physical parameter of social networks critical for the evolution of compositional structure and the hierarchical patterning of scale\u2010free distributions as inhibitory