Investigation of virulence genes of escherichia coli isolated from mastitis milk

Ülkemizde ve dünyada mastitise birçok bakterinin neden olduğu yapılan çalışmalarla gösterilmiştir. Bunların başını Staphylococcus ve Streptococcus gibi Gram pozitif bakteriler çekmektedir, bunları Gram negatif bakterilerden Escherichia coli izlemektedir. Bu çalışmada özellikle yetiştiriciliği çok yapılan süt sığırları örnekleme materyali olarak kullanılmıştır. Böylece yetiştiricilere rehber olunması, ayrıca moleküler metotların etkin olarak uygulanması amaçlanmıştır. PZR kullanılarak ineklerin klinik mastitis vakalarından izole edilen E. coli suşlarında bazı virulens faktör genlerinin araştırılması amaçlandı. Aydın ve İzmir çevresindeki bazı süt çiftliklerinden toplanan 100 adet süt numunesinden 12 adet E. coli suşu izole edildi. Bunlardan 1 tanesinde eaeA geni, 2 tanesinde traT geni tespit edilmiştir fakat izolatların hiçbirinde aer genine rastlanamamıştır.In our country and in the world has been shown by studies of mastitis caused by various bacteria. These head Gram positive bacteria like Staphylococcus and Streptococcus draw is followed from these Gram negative bacteria Escherichia coli. Especially dairy cattle breeding too made in this study was used as sample material. Thus, when the guide for growers is also intended to ensure effective enforcement of molecular methods. PCR using clinical mastitis cases in cows isolated E. coli strains have been investigated in some virulence factor genes. Aydin and Izmir milk collected from farms around some 100 milk samples from 12 strains of E. coli were isolated. They are one of them in the eaeA gene, traT gene was detected in 2 of them into aer gene but is not found in any of the isolates

HİNDİ KÖKENLİ ENTEROCOCCUS FAECİUM, BİFİDOBACTERİUM VE LACTOBACİLLUS TÜRLERİNİN PROBİYOTİK ÖZELLİKLERİNİN ARAŞTIRILMASI

Amaç: Bu çalışmada potansiyel probiyotik bakterilerden olan Lactobacillus spp., Enterococcus faecium ve Bifidobacterium spp’nin sağlıklı hindi bağırsaklarından izolasyonu ve izole edilen bakterilerin probiyotik olarak kullanılma potansiyellerinin araştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışmada Aydın ilinden 100 adet hindiye ait bağırsak örneği incelendi. Bağırsak mukozalarından alınan örneklerden Lactobacillus spp., Enterococcus faecium ve Bifidobacterium bakterilerinin izolasyonu amacıyla selektif besi yerlerine ekim yapıldı. Şüpheli kolonilerin identifikasyonu PCR ile yapıldı. İzole edilen bakterilerin % 0,5-1,0 safra konsantrasyonlarına direnci için Safra Tolerans Testi gerçekleştirildi. İzolatların pH 3 ve pH 5’e direnç durumları pH Tolerans Testi ile belirlendi. İzolatların hidrofobisiteleri %0,03 Kongo Kırmızılı agar kullanılarak incelendi. İzolatların antibiyotik dirençlilikleri sekiz farklı antibiyotik diski kullanılarak Kirby Bauer Disk Difüzyon Testi ile belirlendi. İzolatların patojen Escherichia coli izolatına karşı antagonistik etkilerinin araştırılmasında Radyal Difüzyon yöntemi kullanıldı. Bulgular: Örneklerden 14 adet Lactobacillus spp., 5 adet Enterococcus faecium ve 5 adet Enterococcus faecalis izole edildi fakat Bifidobacterium izole edilemedi. İzolatların tümünün %0,5-1,0 safra konsantrasyonlarına, pH 3-5’e dirençli oldukları saptandı. 14 Lactobacillus spp. izolatlarından 5 tanesinin hidrofobisite testi negatif sonuç verirken 9 tanesinin hidrofobik karakterde olduğu, 10 Enterokok izolatının 7 tanesinin hidrofobik karakterde olduğu ve çoğunluğunun E.coli’ye karşı antagonistik etki göstermediği belirlendi. Sonuç: Çalışma sonucunda izolatların çoğunluğunun hidrofobik özellikte olduğu, safra ve düşük pH’ya dirençli olduğu fakat çoğunun E.coli’ye karşı test edilen koşullarda yeterli düzeyde antagonistik etkili olmadığı belirlendi. Laktobasil ve enterokok izolatlarından çoklu antibiyotik direnci gösterenlerin varlığı belirlendi.KABUL VE ONAY i TEŞEKKÜR ii İÇİNDEKİLER iii SİMGELER KISALTMALAR v ŞEKİLLER DİZİNİ vii ÖZET ix ABSTRACT xi 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 6 2.1. Probiyotik Olarak Kullanılabilen Bakteriler 6 2.2. Probiyotik Mikroorganizmalarda Aranan Özellikler 9 2.3. Probiyotiklerin Etki Mekanizmaları 10 2.4. Probiyotiklerin Güvenilirlikleri 11 3. GEREÇ VE YÖNTEM 13 3.1. Gereç 13 3.1.1. İzolasyon Örnekleri 13 3.1.2. Kullanılan Besiyerleri 13 3.2. Yöntem 13 3.2.1. Bakteriyolojik İzolasyon 13 3.2.2. Gram Boyama 14 3.2.3. Katalaz Testi 15 3.2.4 Genotipik İdentifikasyon 16 3.2.5. İzolatların Safra Toleranslarının Belirlenmesi 18 3.5.6. İzolatların pH Toleranslarının Belirlenmesi 19 3.2.7. İzolatların Hidrofobisitelerinin Belirlenmesi 19 3.2.8. İzolatların Antimikrobiyal Duyarlılıklarının Belirlenmesi 20 3.2.9. E.coli’ye Karşı in vitro Antagonistik Etkilerinin Belirlenmesi 20 4. BULGULAR 21 4.1. Bakteriyolojik İzolasyon 21 4.2. Genotipik İdentifikasyon 21 4.3. İzolatların Safra Toleranslarının Belirlenmesi 23 4.4. İzolatların pH Toleranslarının Belirlenmesi 25 4.5. İzolatların Hidrofobisitelerinin Belirlenmesi 27 4.6. İzolatların Antimikrobiyal Duyarlılıklarının tespiti 27 4.7. İzolatların E. coli’ye Karşı in vitro Antagonistik Etkilerinin tespit edilmesi 29 5. TARTIŞMA 31 6. SONUÇ VE ÖNERİLER 37 KAYNAKLAR 39 BİLİMSEL ETİK BEYANI 49 ÖZ GEÇMİŞ 5