1,822 research outputs found
Applications to Biological Networks of Adaptive Hagen-Poiseuille Flow on Graphs
Physarum polycephalum is a single-celled, multi-nucleated slime mold whose
body constitutes a network of veins. As it explores its environment, it adapts
and optimizes its network to external stimuli. It has been shown to exhibit
complex behavior, like solving mazes, finding the shortest path, and creating
cost-efficient and robust networks. Several models have been developed to
attempt to mimic its network's adaptation in order to try to understand the
mechanisms behind its behavior as well as to be able to create efficient
networks. This thesis aims to study a recently developed, physically-consistent
model based on adaptive Hagen-Poiseuille flows on graphs, determining the
properties of the trees it creates and probing them to understand if they are
realistic and consistent with experiment. It also intends to use said model to
produce short and efficient networks, applying it to a real-life transport
network example. We have found that the model is able to create networks that
are consistent with biological networks: they follow Murray's law at steady
state, exhibit structures similar to Physarum's networks, and even present
peristalsis (oscillations of the vein radii) and shuttle streaming (the
back-and-forth movement of cytoplasm inside Physarum's veins) in some parts of
the networks. We have also used the model paired with different stochastic
algorithms to produce efficient, short, and cost-efficient networks; when
compared to a real transport network, mainland Portugal's railway system, all
algorithms proved to be more efficient and some proved to be more
cost-efficient.Comment: 106 pages, 59 figure
Aleitamento materno e peso à nascença – fatores protetores ou de risco para a obesidade infantil? - Estudo COSI Portugal 2010 .
Introdução: A obesidade continua a ser uma doenças mais prevalentes na infância e um sério desafio de saúde pública a nível mundial. Devido ao seu carácter preditivo de obesidade na idade adulta e co-morbilidades, fatores inerentes ao início da vida têm vindo a ser estudados pelo seu potencial papel determinante no risco de desenvolver obesidade na infância.
Objetivos: O presente trabalho pretende estudar o aleitamento materno e o peso à nascença, como possíveis fatores protetores ou de risco para a obesidade infantil.
Métodos: O estudo compreende 3637 crianças dos 6-8 anos avaliadas na 2ª fase do COSI Portugal 2010. Os dados do peso à nascença e da amamentação foram obtidos por um questionário familiar. A prevalência de obesidade e excesso de peso foi determinada aplicando o critério da Organização Mundial de Saúde.
Resultados: Segundo os critérios estabelecidos pela Organização Mundial de Saúde, no ano de 2010 o excesso de peso afetava 39% das crianças portuguesas, das quais 16,4% eram obesas. No que concerne ao peso à nascença, os resultados mostraram que 8,3% das crianças nasceram com baixo peso (4000g) no momento do nascimento. Cerca de 52% das crianças foram amamentadas por um período inferior a 6 meses. Nesta amostra o baixo peso à nascença não constituiu um risco do excesso de peso nas crianças portuguesas (OR = 0,74; IC95% 0,57-0,98) no entanto, as crianças com macrossomia apresentaram uma maior probabilidade de ter excesso de peso (OR = 1,41; IC95% 1,05 1,90) e as crianças com alimentação artificial exclusiva desde o nascimento, maior risco de obesidade (OR = 1,39; IC95% 1,09-1,77).
Conclusões: Maior peso à nascença e a ausência de amamentação revelaram ser factores de risco para a prevalência de excesso de peso e de obesidade infantil
O uso sistêmico de antibióticos no tratamento da doença periodontal
TCC (graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências da Saúde. Odontologia.A boca humana, em condições fisiológias, contém um grande número de bacterias patológicas e não patológicas. Quando há um desequilíbrio entre a microbiota e as defesas do hospedeiro podem ocorrer diversas doenças, entre elas a doença periodontal; uma enfermidade extremamente comum na população mundial. Também conhecida como periodontite, ela representa um grupo de doenças inflamatórias de origem infecciosa e multifatorial que destrói os tecidos de suporte do dente. A prevenção e o tratamento dessa enfermidade são objetos de muitos estudos devido a sua extrema importância na Saúde Pública. Seu tratamento baseia-se em raspagem e alisamento radicular a campo aberto ou fechado associado à constante instrução de higiene oral e motivação do paciente. Esta é a terapia periodontal convencional, que na maioria dos casos possui êxito, entretanto nos casos em que a doença periodontal não regride, outras estratégias de tratamento são adotadas, entre elas o uso adjuvante de antibióticos. Este trabalho teve como objetivo revisar a literatura relacionada ao uso sistêmico de antibióticos no tratamento da doença periodontal. O estudo buscou analisar o uso de tetraciclina, amoxicilina e metronidazol, azitromicina, eritromicina e clindamicina sistêmicos como uso adjuvante do tratamento da doença periodontal. Apesar de ainda não haver um consenso quanto à dosagem, o intervalo entre as administrações e principalmente quanto ao tempo total do tratamento com antiinfecciosos sabe-se que estes são uma boa opção nos casos em que o tratamento periodontal convencional não consegue controlar a doença. Sendo apontado na literatura a associação de amoxicilina com metronidazol, e a tetraciclina como as melhores opções nesses casos. Palavras chave: doença periodontal; antibióticos; tratamento.The human mouth in physiology conditions, contains a large number of pathological and non-pathological bacteria. When there is an imbalance between the microbiota and host defenses can occur several diseases, including periodontal disease; an extremely common disease in the world population. Also known as periodontitis, it represents a group of inflammatory diseases of infectious and multifactorial origin which destroys tooth supporting tissues. The prevention and treatment of this disease are the subject of many studies because of its extreme importance in Public Health. Your treatment is based on scaling and root planing to open or closed field associated with the constant education of oral hygiene and patient motivation. This is the conventional periodontal therapy, which in most cases has successfully, however where periodontal disease does not regress, other treatment strategies are adopted, including adjunctive antibiotics. This study aimed to review the literature related to the systemic use of antibiotics in the treatment of periodontal disease. The study investigates the use of tetracycline, metronidazole and amoxicillin, azithromycin, erythromycin, and clindamycin as systemic adjunctive treatment of periodontal disease. Although there is still no consensus as to dosage, dosing interval and particularly for the total treatment time with anti-infective know that these are a good choice where conventional periodontal treatment can not control the disease. As pointed out in the literature the combination of amoxicillin and metronidazole, and tetracycline as the best options in such cases. Keywords: periodontal disease, antibiotic, treatment
Business plan for a cultural platform
The business plan to be presented intends to support the development of a cultural platform
that is built under three pivotal features: a broad cultural program, an accessible education
component and a social dimension that strives for supporting immigrant communities.
This project aspires to be a means of promotion of cultural diversity and cultural dialogue and
to ultimately contribute to a better integration of immigrant communities within the
Portuguese society.
By developing this proposal, the author intends to present a business model that is sustainable
and to subsequently eradicate the widespread notion that a cultural project never represents
any return on investment.
The underlying methodology comprehends the development of a theoretical context through a
literature review, which was proceeded by a PESTEL and Porter analysis. An overview on the
sector was performed, as well a review on the project’s competitive context. Additionally, the
proposal involved the assessment of intrinsic opportunities and threats and the development of
a survey that supported the STP and marketing mix strategies. After developing a systemic
SWOT, a financial evaluation was conducted.
This theoretical structure provided the conditions to conclude that there is an overall favorable
environment that will most certainly allow the implementation of a project with the profile
that was previously mentioned. Subsequently, this project is expected to generate an NPV of
1,1 million Euros and an IRR of 27%. The investment is predicted to be recovered in less than
nine years and the project’s profitability index will represent 2,01 € per capital unit.O business plan desenvolvido tem como objetivo sustentar a criação de uma plataforma
cultural, assente em três elementos principais: uma agenda cultural diversificada, uma
componente educativa acessível e uma vertente social de apoio às comunidades imigrantes.
Pretende-se que este projeto seja uma via promotora da diversidade e do diálogo cultural,
contribuindo para a uma maior integração da comunidade imigrante na sociedade portuguesa.
A concretização desta proposta reflete igualmente a intenção de apresentar um modelo de
negócio sustentável, erradicando a noção generalizada de que um projeto cultural nunca
poderá ter retorno sobre o investimento.
A metodologia subjacente ao projeto compreende o desenvolvimento de uma
contextualização teórica através de uma revisão de literatura, procedida de uma análise
PESTEL e Porter. Seguidamente destacam-se a realização de uma avaliação ao setor cultural
e recreativo e uma análise à concorrência. Adicionalmente, o desenvolvimento da proposta
envolveu uma aferição das oportunidades e ameaças intrínsecas ao projeto e a elaboração de
um questionário que sustenta a estratégia de STP e marketing mix. Após a execução de uma
SWOT sistémica, procedeu-se ao desenvolvimento de uma avaliação financeira do projeto.
Esta sistematização teórica permitiu concluir a existência de um ambiente favorável à
implementação de um projeto nos moldes apresentados e a possibilidade do mesmo ter a
capacidade de gerar um VAL correspondente a 1,1 milhões de euros e uma TIR de 27%. A
recuperação do investimento será realizada em menos de nove anos e o índice de
rendibilidade do projeto corresponderá a 2,01 € por unidade de capital investid
Dissecting deregulated cell-to-cell communication in in vitro Alzheimer’s disease models
The interplay between neurons and glia cells has recently gained new interest in Alzheimer’s disease (AD) pathogenesis. Neuroinflammation is a well-known hallmark, where microglia and astrocytes play a major role. Extracellular vesicles, such as exosomes, are crucial in the interplay between neurons and glial cells, and in AD spreading. However, exosomes may have both beneficial and harmful effects in AD process, thus requiring further clarification. Our first goal was to assess microglia response to exosomes derived from an AD in vitro neuronal cell model, using respectively human CHME3 microglia and SH-SY5Y neurons expressing APP Swedish mutation (SH-SY5Y APPSwe). Exosomes were collected by differential centrifugation and incubated with microglia for 24 h to assess microglia direct response. Microglia was then left for an additional 24 h period to evaluate microglia recovery ability. SH-SY5Y APPSwe cells displayed increased levels of miR-155 and miR-21, which were recapitulated in their exosomes. They also showed upregulated levels of alarmins and cytokines, from which two of them (HMGB1 and TNF-α) were not part of exosomal cargo. Exosome-treated microglia revealed an increase in miR-155 and miR-21, as well as in S100B and TNF-α gene expression, together with miR-124 decrease. In addition, uptake of exosomes by microglia led to lysosomal impairment and to a sustained elevation of miR-155 over the 24 h recovery period. Induced pluripotent stem cells (iPSCs) are indicated as a gold model to investigate AD pathology. Such feature, led us to the second goal of evaluating the phenotype of iPSCs-derived astrocytes from AD patients with the PSEN1ΔE9 mutation. AD-astrocytes evidenced a depressed RAGE/miR-155 axis, not recapitulated in their exosomal cargo with decreased levels of HMGB1, TNF-α and S100B genes. In sum, AD-neurons determine microglia activation and dysfunction through their exosomes, and AD-astrocytes display a less reactive phenotype, while releasing exosomes depleted in inflammatory machinery
Cognitive impairment in amyotrophic lateral sclerosis : exploring its relationship with functional incapacity
Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS), traditionally associated with motor dysfunction, also presents cognitive impairments in approximately half of the patients. Significant cognitive and behavioural deficits in ALS affects executive functioning and could have critical implications for prognosis and disease management. Assessing these changes in ALS patients is challenging because their motor disabilities can mask the real extent of their ability to perform daily activities. This study aimed to explore the cognitive impairment in ALS and their relationship with functional incapacity in Activities of Daily Living (ADLs). In a comparative cross-sectional analysis, twenty-two ALS patients were divided into Low Severity and High Severity groups (n=11 each) based on their ALSFRS-R (Amyotrophic Lateral Sclerosis Functional Rating Scale Revised) scores and compared with twenty-two Healthy Controls. Cognitive, behavioural, emotional, and functional performance were assessed. The results revealed significant cognitive deficits in ALS patients, particularly with High Severity disease. The Edinburgh Cognitive and Behavioural ALS Screen (ECAS), a multidomain evaluation specifically developed for ALS/Motor Neuron Disease, showed pronounced deficits including language, verbal fluency, executive function, and visuospatial abilities. The Mini Mental State Examination (MMSE) was more discriminative between levels of ALS severity, while the Frontal Assessment Battery (FAB) proved beneficial for comparisons with healthy individuals. Correlation analysis indicated a significant negative association between Executive Function and Advanced Instrumental Daily Living tasks. The results corroborate previous research and emphasize the importance of regular cognitive assessments in ALS patients, and also add value by assessing functional incapacity. Beyond the diagnostic cost, they pave the way for cognitive stimulation programs,, especially those targeting executive functions, which may delay cognitive decline and support complex daily living activities, essential for decision-making and developing coping strategies for the disease. Furthermore, the cognitive decline in a higher level of severity disease accentuates the need for early and comprehensive healthcare planning involving ALS patients and their families.A Esclerose Lateral Amiotrófica (ELA), tradicionalmente associada a disfunções motoras, também apresenta comprometimento a nível cognitivo em aproximadamente metade dos doentes. Os défices cognitivos e comportamentais na ELA afetam o funcionamento executivo e podem ter implicações críticas para o prognóstico e na gestão da doença. A sua avaliação é desafiadora, uma vez que os doentes apresentam limitações motoras que podem mascarar a verdadeira extensão da capacidade de realizar as atividades de vida diárias. Este estudo pretende explorar o comprometimento cognitivo na ELA e a sua relação com a incapacidade funcional nas Atividades da Vida Diária (AVDs). Numa análise transversal comparativa, vinte e dois pacientes com ELA foram divididos em grupos de Baixa Severidade e Alta Severidade (n=11 em cada) com base nos resultados na ALSFRS-R (Amyotrophic Lateral Sclerosis Functional Rating Scale Revised) e foram comparados com vinte e dois controlos saudáveis. O desempenho cognitivo, comportamental, emocional e funcional foram avaliados. Verificaram-se défices cognitivos significativos nos doentes com ELA, em particular de Alta Severidade. O ECAS (Edinburgh Cognitive and Behavioral ALS Screen), um instrumento de avaliação multidomínio desenvolvido para doentes com ELA/Doença do Neurónio Motor, revelou défices acentuados na linguagem, fluência verbal, função executiva e capacidade visuoespacial. O Exame Breve do Estado Mental (MMSE) foi mais discriminativo entre os níveis de severidade da ELA, enquanto que a Bateria de Avaliação Frontal (FAB) para comparações com indivíduos saudáveis. A análise de correlação indicou uma associação negativa significativa entre a Função Executiva e as Atividades Instrumentais Avançadas de Vida Diária. Os resultados corroboram pesquisas anteriores e enfatizam a importância de avaliações cognitivas regulares em doentes com ELA, acrescentando valor ao avaliar a incapacidade funcional. Para além do custo diagnóstico, abrem portas para programas de estimulação cognitiva, especialmente focados nas funções executivas, para retardar o declínio cognitivo e apoiar atividades diárias complexas, essenciais na tomada de decisões e desenvolvimento de estratégias de coping relativas à doença. Além disso, o declínio cognitivo no nível Alto de Severidade da doença acentua a necessidade de um precoce planeamento de cuidados de saúde envolvendo pacientes com ELA e suas famílias
Predicting muscle fibre type composition through joint mechanics
Tese de mestrado integrado em Engenharia Biomédica e Biofísica (Engenharia Clínica e Instrumentação) , apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2012Ageing, neurological diseases or certain conditions can result in changes in muscle properties, such as fibre type composition, which may influence muscle performance. Short-range stiffness (SRS) is a mechanical property of muscles which reflects mainly the stiffness of the attached cross-bridges. Different fibre types are believed to have different SRS and thus SRS might be important in characterizing muscle fibre type composition. Recently, a model-based estimation method was developed to estimate wrist muscles SRS in vivo. In this study, the same method was used to estimate leg muscles SRS using an ankle manipulator. Subjects (n=10) were measured with the leg extended and flexed at 90º at five torque levels, ranging from 0 to 20 Nm. It was expected that with the knee extended the recruitment of type II fibres would be greater at higher torques and thus, the estimated SRS would be lower. Two subjects were measured on different days for repeatability analysis. Furthermore, a geometrical model was developed to predict the contribution of tendon stiffness and muscle pennation angle to SRS. From the simulation results, the SRS model developed for the wrist seems adequate to estimate leg muscles SRS. However, some of the model parameters presented high standard error mean (SEM) values as well as high inter-trial standard deviations (ITSTD). Improvements in the equipment and in the attachment between the foot and the footplate might be necessary to confirm the goodness of the model fit. Regarding the estimated SRS at different knee angles, no significant differences were found. From the sensitivity analysis of the geometrical model, tendon stiffness seems to have a large influence on muscle stiffness and thus its inclusion in the SRS model should be considered
Mobile learning for corporate training in Portugal: current challenges and future directions
Currently, the workforce is becoming more and more global and diversified, raising new challenges to the corporate training area. Technological progress has created new opportunities to tackle these challenges, one of them, the diffusion of mobile-learning. However, academic research has been focused on studying this type of learning only for educational purposes. This dissertation approaches how Portuguese managers perceive mobile-learning for corporate training and identifies best practices to maximize the effectiveness of these initiatives.
This study applies the qualitative method, with a content analysis to seven interviews to managers of diversified activity sectors. Conclusions are presented under four main categories: General perceptions on mobile-learning; Current practices; Advantages; Limitations; Opportunities.
Results show that mobile-learning is perceived as an extension of e-learning, with clear divergencies from managers on the underlined learning theories and the role of the trainee in this learning context. Nevertheless, some companies are investing in selecting adjusted technological platforms, integration new functionalities, adapting content, and processes for this specific learning context. Managers recognize the existence of several benefits and limitations associated with mobile-learning. Lastly, managers perceive possible improvements with a focus on reinforcing relationships between trainees and the creation of customized content. Additionally, they foresee the integration of new technological advancements, like augmented reality.
The conclusions of the performed analysis set guidelines that describe pedagogical improvements and reinforce the need to suppress social necessities of trainees to maximize the effectiveness of existing and future mobile-learning initiatives.Atualmente, a força de trabalho é cada vez mais global e diversificada, criando desafios para área de formação empresarial. O progresso tecnológico fomentou novas oportunidades para ultrapassar estes desafios, entre elas, a disseminação de mobile-learning. Contudo, a literatura científica foca esta forma de aprendizagem para fins educacionais. Esta dissertação aborda a forma como gestores portugueses percecionam mobile-learning na formação empresarial e identifica boas práticas para maximizar a eficácia destas iniciativas.
Este estudo aplica o método qualitativo, com uma análise de conteúdo a sete entrevistas a gestores de sectores de atividade diversificados. Nesse sentido, as conclusões são apresentadas sob quatro categorias principais: Perceções gerais sobre mobile-learning; Práticas atuais; Vantagens; Limitações; e Oportunidades.
Os resultados indicam que mobile-learning é percecionado como uma extensão do e-learning, com divergências sobre as correntes de aprendizagem associadas ao conceito e o papel do formando nesse contexto. Todavia, algumas empresas estão a investir na seleção de plataformas tecnológicas ajustadas, integração de novas funcionalidades, adaptação dos conteúdos, e processos para este contexto de aprendizagem. Os gestores reconhecem a existência de benefícios associados a mobile-learning, assim como realçam as suas limitações. Por fim, os gestores enunciaram possíveis melhorias com foco em fomentar relação entre os formandos e na criação de conteúdo. Adicionalmente, anteveem a integração de novos avanços tecnológicos, como a realidade aumentada.
As conclusões da análise realizada estabelecem linhas orientadoras ao descrever melhorias pedagógicas e reforçar a necessidade de suprimir as necessidades sociais dos formandos para maximizar eficácia de iniciativas de mobile-learning existentes e futuras nas organizações
Formulation of sustainable concentrated rinse-off products
Trabalho Final de Mestrado Integrado, Ciências Farmacêuticas, 2020, Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia.Contexto: Nos últimos trinta anos, os produtos de higiene concentrados têm sido alvo de especial atenção, como alternativa mais ecológica aos produtos de higiene tradicionais. Tal deve-se às inúmeras vantagens que a versão concentrada apresenta, já que a redução da quantidade de água do produto permite uma redução do conteúdo nominal, o que leva ao menor uso de material de acondicionamento primário, bem como à possibilidade de transporte de mais unidades de produto numa só viagem, e portanto menos viagens e uma redução da carga transportada, com menores consumos de combustível e consequentemente a uma diminuição da pegada ambiental. Contudo, a investigação e desenvolvimento de produtos de higiene sustentáveis é um trabalho extenso que requer conhecimentos sobre a totalidade do ciclo de vida do produto e em especial uma profunda compreensão da teoria dos comportamentos de tensioativos e de como formular para se atingirem os atributos desejados do produto.
O objetivo deste estudo foi adquirir conhecimentos sobre a microestrutura de misturas simples de tensioativos a várias concentrações, visando manter as características de desemprenho e de eficácia a que os consumidores estão habituados.
Materiais e Métodos: Quatro tensioativos diferentes foram utilizados sendo dois tensioativos aniónicos, um tensioativo anfotérico e outro não-iónico replicando as misturas mais básicas presentes no mercado. Prepararam-se 60 formulações com concentrações e rácios diferentes de tensioativos. Posteriormente, procedeu-se à avaliação das suas características macroscópicas e da sua microestrutura, através da observação ao microscópio ótico com luz polarizada. Os valores de viscosidade e pH foram também determinados.
Resultados: A aparência macroscópica dos sistemas de tensioativos variou de uma solução aquosa transparente até um gel de alta viscosidade opaco. Nas concentrações mais baixas de tensioativo total (10-20%) obtiveram-se soluções isotrópicas, de fluxo Newtoniano e baixa viscosidade. Com um aumento da concentração total de tensioativo verificou-se um aumento da viscosidade e um comportamento pseudoplástico do gel com aparecimento de propriedades de birrefringência e anisotropia e anisotropia ao microscópio ótico de luz polarizada, o que indica a presença de cristais líquidos nas misturas.
Conclusão: Foi alcançado o objetivo de formular produtos de higiene com uma concentração significativamente reduzida em comparação com as opções tradicionais. Obtiveram-se soluções de cristais-líquidos de tensioativos. Não obstante, tratam-se de resultados preliminares que necessitam de mais estudos para alcançar os resultados desejados.Purpose: Concentrated rinse-off products have, for the past three decades, been receiving more attention as a means of providing a more ecological alternative to traditional wash-off products, because of their advantages when it comes to sustainability. Reducing the amount of water transported allows the reduction of the products volume, leading to more product unities being distributed in one trip and therefore less trips, and weight, leading to lower fuel consumptions and thus a decrease on the carbon footprint, as well as reduction of packaging material.
However, research and development of sustainable rinse-off products is a strenuous job that requires knowledge of the entire life cycle of the product and in particular a understanding of surfactant science, and how to manipulate formulations to attain the desired product attributes.
The purpose of this study was to acquire knowledge about the microstructure and rheological behaviour of simple surfactant mixture and various concentrations, their microstrutures and rheology, while aiming to maintain the performance characteristics desired by consumers, in terms of product use, mildness and foaming.
Materials and Methods: Four different surfactants were used, two anionic surfactants as primary surfactants and one amphoteric and another non-ionic surfactant, used as secondary surfactants, replicating basic surfactant blends on the market. Thus, 60 formulations were prepared with different surfactant combinations at different ratios. Subsequently, the formulations were observed under the microscope with polarized light, their macroscopic characteristics were identified, and their viscosity and pH were obtained.
Results: The physical appearance of these systems varied from transparent aqueous solution to an opaque gel with high viscosity. At low concentrations of total surfactant (10-20%), isotropic solutions, presenting a low viscosity Newtonian flow were present. As total surfactant concentration was increased an increase in viscosity was observed and the gels became shear-thinning, presenting birefringence when observed under microscope polarised light, which indicated the presence of liquid crystals in the blends.
Conclusion: The goal to obtain concentrated surfactant systems was achieved, and surfactant liquid crystals were obtained.
This study provides possible explanations regarding the results obtained and points out factors that should be tackled to overcome the formulations problems.Com o patrocínio da Faculdade de Farmácia, Universidade de Lisboa e College of Fashion London, University of Arts
Propagation and Molecular Characterization of Chlamydia trachomatis strains isolated in Portugal
Chlamydia trachomatis é uma bactéria intracelular que infeta exclusivamente o Homem. Constitui o principal agente etiológico bacteriano de infeções sexualmente transmissíveis e, na ausência de tratamento, pode evoluir para complicações clínicas graves, como a infertilidade tubária. C. trachomatis foi classificada em 15 genótipos, os
quais causam preferencialmente infeções oculares (A-C), infeções genitais (D-K) ou linfogranuloma venéreo (LGV) (L1-L3). A tipagem das estirpes de clamídia baseia-se na principal proteína da membrana externa (MOMP) codificada pelo gene ompA. O estudo do genoma de C. trachomatis tem permitido identificar diferenças genéticas entre estirpes; no entanto, os mecanismos de adaptação e virulência não estão ainda bem definidos mas, tal tem sido observado noutras bactérias, podendo decorrer de mecanismos de variação de fase.
No presente estudo foi realizada a tipagem de 278 amostras clínicas com base na sequência do gene ompA, através de técnicas de nested-PCR, de sequenciação pelo método de Sanger e de análise de similaridades das sequências obtidas relativamente a sequências de estirpes protótipo de C. trachomatis; tal processo possibilitou identificar
variantes genotípicas previamente descritas assim como novas variantes, sugerindo a existência de um contínuo processo de adaptação na bactéria. Os genótipos mais frequentes foram o E, D e F, tal como descrito na maioria dos estudos em populações heterossexuais femininas; contudo um número apreciável (26) de estirpes do genótipo L2 foi igualmente detetado, em particular em amostras anorretais masculinas, o que está igualmente de acordo com o descrito em populações de homens que têm sexo com homens. Tal constatação revela a necessidade de um método de identificação expedita dos genótipos LGV, pelo que contribuímos para a implementação de uma metodologia mais rápida que a tradicional genotipagem-ompA. Pretendemos ainda contribuir para a avaliação da virulência das estirpes de C. trachomatis e para tal, realizamos um estudo preliminar de identificação de potenciais alvos genéticos sujeitos a variação de fase, com recurso à sequenciação de nova geração (NGS).
Este estudo constitui um contributo para a vigilância epidemiológica das infeções por C. trachomatis em Portugal, uma situação pouco conhecida, um contributo para a celeridade da identificação de casos de LGV e um contributo para a avaliação da virulência das estirpes de C. trachomatis, pela identificação de alterações em genes potencialmente relacionados com a variação de fase.Chlamydia trachomatis is an intracellular bacterium that exclusively infects humans. It is the main bacterial etiological agent of sexually transmitted infections and, in the absence of treatment, may lead to serious clinical complications such as tubal infertility. C. trachomatis was classified into 15 genotypes, which preferentially cause ocular infections (A-C), genital infections (D-K) or lymphogranuloma venereum (LGV)
(L1-L3). Typing of chlamydial strains is based on the major outer membrane protein (MOMP), which is encoded by the ompA gene. The study of the genome of C. trachomatis allowed identifying genetic differences between strains, and although the mechanisms of adaptation and virulence still require proper definition, these mechanisms may derive from mechanisms of phase variation, as has been observed in other bacteria.
In the present study, 278 clinical samples were typed based on their ompA gene sequence, determined by using a nested-PCR technique, Sanger method sequencing and gene sequence similarity analysis regarding the ompA-sequence of C. trachomatis prototype strains. This procedure allowed to identify genotypic variants previously described, as well as new variants, suggesting the existence of a continuous process of adaptation in the bacterium. The most frequent genotypes in our study were E, D and F; this finding is in accordance to the described in most of the studies held in female heterosexual populations. However, an appreciable number (26) of L2 strains was also detected, in particular in male anorectal samples, which is an in agreement with the
described for men who have sex with men. The number of L2 strains reveals the need for an expeditious LGV-genotype identification method. Thus, we contributed to the implementation of a methodology that should provide faster identification of LGV strains in comparison to the traditional ompA-genotyping. We also intended to contribute to the
evaluation of the virulence of C. trachomatis strains and for this, we participated in a preliminary study of identification of potential genetic targets subjected to phase variation, using a new generation sequencing (NGS) approach This study contributes to the epidemiological surveillance of C. trachomatis infections in Portugal, a poorly known situation, contributes to a faster identification of
LGV cases, and contributes to the evaluation of virulence of C. trachomatis strains by identifying changes in genes potentially related to phase variation
- …