Common, low-frequency, rare, and ultra-rare coding variants contribute to COVID-19 severity

The combined impact of common and rare exonic variants in COVID-19 host genetics is currently insufficiently understood. Here, common and rare variants from whole-exome sequencing data of about 4000 SARS-CoV-2-positive individuals were used to define an interpretable machine-learning model for predicting COVID-19 severity. First, variants were converted into separate sets of Boolean features, depending on the absence or the presence of variants in each gene. An ensemble of LASSO logistic regression models was used to identify the most informative Boolean features with respect to the genetic bases of severity. The Boolean features selected by these logistic models were combined into an Integrated PolyGenic Score that offers a synthetic and interpretable index for describing the contribution of host genetics in COVID-19 severity, as demonstrated through testing in several independent cohorts. Selected features belong to ultra-rare, rare, low-frequency, and common variants, including those in linkage disequilibrium with known GWAS loci. Noteworthily, around one quarter of the selected genes are sex-specific. Pathway analysis of the selected genes associated with COVID-19 severity reflected the multi-organ nature of the disease. The proposed model might provide useful information for developing diagnostics and therapeutics, while also being able to guide bedside disease management. © 2021, The Author(s)

Pusat Rehabilitasi Korban Kekerasan Seksual dengan Konsep Healing Environment

Kekerasan seksual merupakan salah satu fenomena yang marak terdengar di telinga masyarakat Indonesia. Tindakan kekerasan seksual kebanyakan terjadi kepada perempuan, kejadian kekerasan seksual kepada perempuan mengakibatkan gangguan pada kondisi psikologisnya atau yang sering disebut dengan Post Traumatic Stress Disorder atau PTSD. Hal tersebut harus mendapatkan penanganan secara khusus, salah satunya yaitu dengan rehabilitasi khusus untuk korban kekerasan seksual. Agar penanganan dilakukan secara maksimal maka dibutuhkannya lokasi khusus untuk tempat rehabilitasinya agar mempercepat proses penyembuhan, yaitu respon dari lingkungannya. Healing environment menjadi salah satu konsep respon lingkungan dalam perancangan pusat rehabilitasi korban kekerasan seksual. Dalam proses penyembuhan korban kekerasan seksual, perancang berusaha menghadirkan pengalaman antar ruang interior dan eksterior dengan metode Evidence Based Design sebagai salah satu proses mendesain yang dapat mendukung konsep healing environment, yang berfokus pada penghadiran ruang-ruang yang terhubung visual akses dengan lingkungan alam. Dengan penghadiran hal tersebut akan timbul sebuah interaksi, pola perilaku atau aktivitas pengguna yang dapat menunjang proses penyembuhan korban, agar korban dapat bersersosialisi kembali dengan masyarakat sekitar dan sembuh dari yang dialaminya

Pemilihan Fixed Head atau Free Head dalam Desain Fundasi Tangki Reaktor Kap. 2000 M3 Pilot Plant Biogas Pome Setara 700 Kw di PTPN V Riau

Kebutuhan energi terbarukan di Indonesia sangatlah penting, saat ini sumber energi terbarukan porsinya relatif kecil. BPPT ( Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi) dalam kegiatannya melakukan pembangunan pilot plant Biogas Pome setara 700 kW berkerjasama dengan PTPN V (PT. Perkebunan Nusantara V) dengan sistim tangki berpengaduk secara kontinu yang mana hasil gas tersebut dimanfaatkan sebagai bahan bakar boiler pabrik PMKS di sei pagar. Metode pemilihan pondasi tangki reaktor dengan kapasitas 2000m3, kami melakukan perbandingan perhitungan antara menggunakan free head atau fix head dengan memakai diameter 50cm dan 60cm dengan melihat banyaknya jumlah, diameter pile dan ketebalan mat yang digunakan. Diameter rencana tangki reactor direncanakan berukuran 16.8m dengan ketinggian 9m, dengan beban tangki sekitar 2174.2ton dan berdasarkan data dari soil test didapat nilai N-SPT di kedalaman 10-15m, untuk itu kami merumuskan bahwa fundasi pile yang kita pilih. Perbandingan fix and free head pada pile ukuran 50cm dimana perbedaan fix and free head 44 berbanding 65, dengan ketebalan mat foundation 1.1m berbanding 0.6m sedangkan dengan mengunakan diameter 60cm jumlah pile 32 berbanding 50 dengan ketebalan mat 1.3m berbanding 0.6m. Dari analisa tersebut dengan memperhatikan kekuatan dan keekonomisan maka dipilih pile dengan diameter 50cm dengan mengunakan free head