Pan-Cancer Analysis of lncRNA Regulation Supports Their Targeting of Cancer Genes in Each Tumor Context

Long noncoding RNAs (lncRNAs) are commonly dys-regulated in tumors, but only a handful are known toplay pathophysiological roles in cancer. We inferredlncRNAs that dysregulate cancer pathways, onco-genes, and tumor suppressors (cancer genes) bymodeling their effects on the activity of transcriptionfactors, RNA-binding proteins, and microRNAs in5,185 TCGA tumors and 1,019 ENCODE assays.Our predictions included hundreds of candidateonco- and tumor-suppressor lncRNAs (cancerlncRNAs) whose somatic alterations account for thedysregulation of dozens of cancer genes and path-ways in each of 14 tumor contexts. To demonstrateproof of concept, we showed that perturbations tar-geting OIP5-AS1 (an inferred tumor suppressor) andTUG1 and WT1-AS (inferred onco-lncRNAs) dysre-gulated cancer genes and altered proliferation ofbreast and gynecologic cancer cells. Our analysis in-dicates that, although most lncRNAs are dysregu-lated in a tumor-specific manner, some, includingOIP5-AS1, TUG1, NEAT1, MEG3, and TSIX, synergis-tically dysregulate cancer pathways in multiple tumorcontexts

Genomic, Pathway Network, and Immunologic Features Distinguishing Squamous Carcinomas

This integrated, multiplatform PanCancer Atlas study co-mapped and identified distinguishing molecular features of squamous cell carcinomas (SCCs) from five sites associated with smokin

Pan-cancer Alterations of the MYC Oncogene and Its Proximal Network across the Cancer Genome Atlas

Although theMYConcogene has been implicated incancer, a systematic assessment of alterations ofMYC, related transcription factors, and co-regulatoryproteins, forming the proximal MYC network (PMN),across human cancers is lacking. Using computa-tional approaches, we define genomic and proteo-mic features associated with MYC and the PMNacross the 33 cancers of The Cancer Genome Atlas.Pan-cancer, 28% of all samples had at least one ofthe MYC paralogs amplified. In contrast, the MYCantagonists MGA and MNT were the most frequentlymutated or deleted members, proposing a roleas tumor suppressors.MYCalterations were mutu-ally exclusive withPIK3CA,PTEN,APC,orBRAFalterations, suggesting that MYC is a distinct onco-genic driver. Expression analysis revealed MYC-associated pathways in tumor subtypes, such asimmune response and growth factor signaling; chro-matin, translation, and DNA replication/repair wereconserved pan-cancer. This analysis reveals insightsinto MYC biology and is a reference for biomarkersand therapeutics for cancers with alterations ofMYC or the PMN

Spatial Organization and Molecular Correlation of Tumor-Infiltrating Lymphocytes Using Deep Learning on Pathology Images

Beyond sample curation and basic pathologic characterization, the digitized H&E-stained images of TCGA samples remain underutilized. To highlight this resource, we present mappings of tumorinfiltrating lymphocytes (TILs) based on H&E images from 13 TCGA tumor types. These TIL maps are derived through computational staining using a convolutional neural network trained to classify patches of images. Affinity propagation revealed local spatial structure in TIL patterns and correlation with overall survival. TIL map structural patterns were grouped using standard histopathological parameters. These patterns are enriched in particular T cell subpopulations derived from molecular measures. TIL densities and spatial structure were differentially enriched among tumor types, immune subtypes, and tumor molecular subtypes, implying that spatial infiltrate state could reflect particular tumor cell aberration states. Obtaining spatial lymphocytic patterns linked to the rich genomic characterization of TCGA samples demonstrates one use for the TCGA image archives with insights into the tumor-immune microenvironment

EFICÁCIA DO TRATAMENTO CONSERVADOR PARA AMELOBLASTOMA UNICÍSTICO-REVISÃO DE LITERATURA

Os tumores odontogênicos epiteliais são compostos pela proliferação de restos celulares associados à formação dos dentes, sem a participação de ectomesenquima. O ameloblastoma é um o tumor de maior significância, de crescimento lento, localmente invasivo e com alta chance de recidiva, frequentemente na mandíbula, manifestando-se de três maneiras: periférico, unicístico, multicístico ou sólido. Esse trabalho tem como objetivo fazer uma revisão de literatura sobre a eficácia das manobras conservadoras para o tratamento do Ameloblastoma Unicístico (AU). Foram realizadas buscas na plataforma eletrônica Scielo, revistas e livros de odontologia em português entre o período de 2015 a 2020. Os critérios de inclusão foram artigos que abordavam sobre o tratamento do AU. Atualmente os tratamentos conservadores para o ameloblastoma compreendem a enucleação, curetagem, marsupialização, e a descompressão, podendo ser associadas ou não à crioterapia. Alguns autores indicam a associação da descompressão seguida da enucleação com o controle rígido de exames radiográficos períodicos, caso haja recidiva da lesão. As taxas de recidivas é de 10 a 20% para o AU, mas estudos sistemáticos recentes mostraram 60% de reincidência após enucleação tanto no AU quanto no sólido. Dessa maneira, alguns estudos defendem a realização da ressecção óssea com margem de segurança como medida profilática. Há necessidade de mais pesquisas voltadas para o tratamento conservador e as taxas de reincidência do AU, possibilitando ao cirurgião-dentista conhecer todos os aspectos dessa afecção visando melhor conduta

CÁRIE INDUZIDA POR RADIAÇÃO: REVISÃO DE LITERATURA

Os cânceres de cabeça e pescoço (HNCs) são geralmente tratados por meio da radioterapia, (RT), sendo a cavidade oral um local comum para os efeitos adversos induzidos por radiação, podendo causar altas taxas de renovação das células da mucosa oral, diversidade da microbiota oral e trauma nos tecidos orais. Pacientes irradiados apresentam risco aumentado de desenvolver um processo de cárie rápido e desenfreado conhecido como cárie por radiação (CR). A cárie frequentemente se torna grave e, se não for tratada, pode progredir rapidamente, envolvendo a polpa. Esse trabalho tem como objetivo fazer uma revisão de literatura sobre a cárie em paciente tratados por RT. Foram realizadas buscas bibliográficas no portal eletrônico PubMed com os descritores “Carie” e “Radiation”, entre o período de 2015 a 2019. Os estudos analisados demonstraram que, clinicamente, a CR se inicia nas áreas cervicais dos dentes e pode afetar as superfícies lisas, incluindo os dentes anteriores inferiores, o que é inesperado, pois essas áreas são mais resistentes à cárie em populações não irradiadas. Este efeito acredita-se que seja devido à limpeza mecânica dessas superfícies pelo fluxo contínuo de saliva que está severamente impedido na hipossalivação induzida por radiação. A radioterapia leva a alterações na dentição, saliva e microbiota oral de pacientes com HNCs. A hipossalivação continua sendo a causa primária da CR. Portanto, a CR pode ser prevenida com o aumento do fluxo salivar por medicamentos (betanecol) usados juntamente à radioterapia e atendimento odontológico antes, durante e após a RT

A INFLUÊNCIA DO TABAGISMO NAS FALHAS DE IMPLANTES DENTÁRIOS: REVISÃO DE LITERATURA

O tabagismo é um dos fatores de risco na falha dos implantes dentário, promovendo a perda de altura óssea, dificuldade de cicatrização que causam alterações sistêmicas e locais no processo de osseointegração (OI). Nessas alterações está a diminuição da vascularização local afetando o contato osso/implante. Outra substância que potencializa os danos é a nicotina, provocando alterações nos tecidos peri-implantares. Este trabalho visa analisar a influência do tabagismo nas falhas de implantes dentários. As buscas foram feitas através do portal eletrônico PubMed com os descritores “Dental implant” e “Smoke”, usando artigos de 2015 a 2020. Os critérios de inclusão: revisões sistemáticas, não sistemáticas e estudos in vivo. critérios de exclusão incluíram estudos in vitro, estudos com animais, relatos de casos, editoriais; Selecionando 06 artigos. O fumo pode modificar negativamente o contato (OI), o preenchimento e densidade óssea devido ao seu efeito constante na proliferação dos precursores celulares e na vascularização no sítio do implante. Houve uma diferença estatisticamente significativa em relação à perda óssea marginal de pacientes fumantes, predominando a maxila em relação à mandíbula. Foi observada diferença estatisticamente significativa nas taxas de falhas dos implantes de pacientes fumantes quando comparados a pacientes não fumantes. Portanto a instalação de implantes em pacientes fumantes afeta significativamente as taxas de sucesso, o risco de infecções pós-operatórias e a perda óssea marginal, mas os resultados encontrados devem ser interpretados com cautela

Structural basis of paralog-specific KDM2A/B nucleosome recognition

The nucleosome acidic patch is a major interaction hub for chromatin, providing a platform for enzymes to dock and orient for nucleosome-targeted activities. To define the molecular basis of acidic patch recognition proteome wide, we performed an amino acid resolution acidic patch interactome screen. We discovered that the histone H3 lysine 36 (H3K36) demethylase KDM2A, but not its closely related paralog, KDM2B, requires the acidic patch for nucleosome binding. Despite fundamental roles in transcriptional repression in health and disease, the molecular mechanisms governing nucleosome substrate specificity of KDM2A/B, or any related JumonjiC (JmjC) domain lysine demethylase, remain unclear. We used a covalent conjugate between H3K36 and a demethylase inhibitor to solve cryogenic electron microscopy structures of KDM2A and KDM2B trapped in action on a nucleosome substrate. Our structures show that KDM2-nucleosome binding is paralog specific and facilitated by dynamic nucleosomal DNA unwrapping and histone charge shielding that mobilize the H3K36 sequence for demethylation

Assistência odontológica a pacientes com doença periodontal e diabetes mellitus: Revisão bibliográfica / Dental assistance to patients with periodontal disease and diabetes mellitus: Bibliographic review

A proposta desse estudo foi discutir a associação entre a doença periodontal e a diabetes mellitus, bem como abordar as principais condutas indicadas durante a assistência odontológica dos pacientes portadores dessas doenças. Para isso, esse trabalho fundamentou-se em uma pesquisa de revisão de literatura bibliográfica realizada através de uma busca de artigos em português e inglês, disponíveis nas bases de dados PubMed, Google Acadêmico e Scielo, sendo incluídos artigos publicados sem data limite de publicação através dos descritores: “Doença periodontal”, “Diabetes mellitus” e “Periodontite”. A doença periodontal está vinculada à diversas desordens sistêmicas que afetam o ser humano e comprometem a sua qualidade de vida, como: as doenças cardiovasculares, artrite reumatóide, parto prematuro, diabetes, dentre outras. O termo diabetes mellitus é usado para descrever um grupo de desordens metabólicas relacionadas à secreção e à ação da insulina, caracterizado por um quadro de hiperglicemia ou pelo nível significativo de açúcar no sangue, podendo levar a complicações, disfunções e insuficiência de vários órgãos como: olhos, rins, nervos, cérebro, coração e vasos sanguíneos. A maioria dos estudos explorados nas últimas décadas afirma existir uma correlação bidirecional entre doença periodontal e diabetes mellitus, ou seja, sendo influenciada e sofrendo influência ao mesmo tempo Os possíveis mecanismos para explicar o aumento da susceptibilidade da diabetes às doenças periodontais incluem alterações na resposta de defesa do hospedeiro (como disfunção de neutrófilos), microbiota subgengival, estrutura e metabolismo do colágeno, vascularidade e fluido crevicular gengival,  além de padrões de herança. Ressalta-se a importância da anamnese detalhada durante o atendimento, de suma necessidade para tomada de condutas terapêuticas e sucesso do tratamento