Determinasi Urutan Nukleotida pada Plasmid Mitokondria Paramecium Caudatum Stok Gt704

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan urutan nukleotida dari DNAplasmid pada mitokondria dalam P. caudatum stok GT704 dalam rangkamengidentifikasi produk-produk gen potensial dan juga yang bertanggung jawabdalam pemeliharaan DNA itu sendiri di dalam mitokondria. Metoda yangdigunakan dalam penelitian ini adalah isolasi DNA, cloning dan sekuensing dandiikuti dengan analisis urutan-urutan nukleotida yang didapat denganmenggunakan program yang tersedia secara on line di internet. Dimer-dimerditemukan mudah berdisosiasi menjadi monomer apabila diperlakukan dalamkondisi panas dengan kekuatan ion yang rendah. Dimer-dimer tersebut dapatdistabilkan dengan cara ligasi. Hasil ini menunjukkan bahwa masing-masingmonomer mempunyai suatu ujung lengket sticky yang komplementer antaramonomer-monomer yang sejenis sehingga dapat membentuk dimmer, denganmeninggalkan suatu nick yang dapat diligasi dengan menggunakan ligase.Urutan-urutan nukleotida dari beberapa DNA plasmid tersebut telah ditentukansecara acak. Hasil analisis urutan-urutan nukleotida memperlihatkan bahwa DNAdimer mempunyai 2 ORF yang mengkode RNA polimerase putatif. Diasumsikanbahwa asal mula DNA plasmid ini adalah elemen yang dapat berpindah atausemacam virus lainnya karena urutan-urutan nukleotida dari motif EVI-1 ectopicviral integration site-1 ditemukan. Diasumsikan juga bahwa DNA plasmid ini dapatberintegrasi ke mtDNA karena mempunyai urutan-urutan nukleotida yanghomolog dengan mtDNA dari beberapa siliata

DETERMINASI URUTAN NUKLEOTIDA PADA PLASMID MITOKONDRIA Paramecium caudatum stok GT704

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan urutan nukleotida dari DNAplasmid pada mitokondria dalam P. caudatum stok GT704 dalam rangkamengidentifikasi produk-produk gen potensial dan juga yang bertanggung jawabdalam pemeliharaan DNA itu sendiri di dalam mitokondria. Metoda yangdigunakan dalam penelitian ini adalah isolasi DNA, cloning dan sekuensing dandiikuti dengan analisis urutan-urutan nukleotida yang didapat denganmenggunakan program yang tersedia secara on line di internet. Dimer-dimerditemukan mudah berdisosiasi menjadi monomer apabila diperlakukan dalamkondisi panas dengan kekuatan ion yang rendah. Dimer-dimer tersebut dapatdistabilkan dengan cara ligasi. Hasil ini menunjukkan bahwa masing-masingmonomer mempunyai suatu ujung lengket sticky yang komplementer antaramonomer-monomer yang sejenis sehingga dapat membentuk dimmer, denganmeninggalkan suatu nick yang dapat diligasi dengan menggunakan ligase.Urutan-urutan nukleotida dari beberapa DNA plasmid tersebut telah ditentukansecara acak. Hasil analisis urutan-urutan nukleotida memperlihatkan bahwa DNAdimer mempunyai 2 ORF yang mengkode RNA polimerase putatif. Diasumsikanbahwa asal mula DNA plasmid ini adalah elemen yang dapat berpindah atausemacam virus lainnya karena urutan-urutan nukleotida dari motif EVI-1 ectopicviral integration site-1 ditemukan. Diasumsikan juga bahwa DNA plasmid ini dapatberintegrasi ke mtDNA karena mempunyai urutan-urutan nukleotida yanghomolog dengan mtDNA dari beberapa siliata.Kata kunci : Paramecium caudatum, plasmid linier, mitokondria, RNA polimerase putati

TRANSFORMASI PLASMID YANG MENGANDUNG GEN merB PADA BAKTERI Escherichia coli TOP-10

ABSTRACT DNA transformation is the process of inserting recombinant DNA into host cells via vector plasmid. The host cell that is often used is TOP-10 Escherichia coli. The transformation method is widely used to transfer plasmids containing genetic material. This study aimed to evaluate the results of plasmid transformation containing the merB gene in the Escherichia coli TOP-10 bacteria. This study initiated with identification of the microbiology of host cells to be used, namely Escherichia coli TOP-10. Escherichia coli TOP-10 host cells were made into competent cells by transforming plasmids containing merB gene into Escherichia coli TOP-10 host cells using the heat shock method. The transformation results were evaluated by observing at the growth of Escherichia coli TOP-10 colonies on agar LB media containing ampicillin antibiotics. Plasmids on Escherichia coli TOP-10 were isolated and analyzed by 1% agarose gel electrophoresis. The results showed that the transformation of plasmids containing merB in Escherichia coli TOP-10 bacteria was successfully carried out as indicated by the growth of Escherichia coli TOP-10 bacteria on LB media agar containing ampicillin and the visualization on agarose gel resulted that the plasmid which carried the merB gene could be transformed in to the E. coli TOP-10 bacteria cell. Keywords: Transformation, Plasmids, merB genes, heat shocks, E. coli TOP-10ABSTRAK Transformasi DNA merupakan proses memasukkan DNA kedalam sel bakteri. Metode transformasi dipakai secara luas untuk mantransfer plasmid yang mengandung bahan genetika. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi hasil transformasi plasmid yang mengandung gen merB pada bakteri Escherichia coli TOP-10. Penelitian ini didahului dengan identifikasi secara mikrobiologi bakteri Escherichia coli TOP-10. Bakteri Escherichia coli TOP-10 dibuat menjadi sel kompeten yang digunakan sebagai inang. Selanjutnya dilakukan transformasi plasmid yang mengandung gen merB kedalam sel inang E. coli TOP-10 menggunakan metode heatshock. Hasil transformasi dievaluasi dengan melihat adanya koloni E. coli TOP-10 pada media LB agar yang mengandung antibiotik ampisilin. Plasmid pada E. coli TOP-10 diisolasi dan dianalisis dengan elektroforesis gel  agarose 1%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa transformasi plasmid yang mengandung gen merB pada bakteri Escherichia coli TOP-10 berhasil dilakukan, ditunjukkan dengan adanya pertumbuhan bakteri E. coli TOP-10 pada media LB agar yang mengangandung ampisilin dan hasil visualisasi pada agarose gel terlihat bahwa plasmid yang membawa gen merB dapat ditransformasikan ke dalam sel bakteri E. coli TOP-10. Kata kunci : Transformasi, Plasmid, gen merB, heatshock, E. coli TOP-10

UJI ANTIBAKTERI DARI BAKTERI ASAM LAKTAT HASIL FERMENTASI SELADA ROMAIN (Lactuca sativa var. longifolia Lam.)

ABSTRACTLactic Acid Bacteria (LAB) are a group of Gram-positive bacteria that produce lactic acid as the major metabolic end product. They are cocci or rods, nonsporulating and are anaerobic or facultative anaerobes bacteria. Most LABs are probiotics that are known to have good benefits to health, such as inhibiting some pathogens. This study was aimed to examine the potential probiotics properties of LAB isolates from Romaine lettuce fermentation which is included  antibacterial activity of isolates. The isolates are spread on MRS agar  supplemented with 1% of CaCO3 and then purified by using streak method to obtain pure isolates. The results showed that there are 4 isolates from Romaine lettuce fermentation which have the potential to inhibits some pathogens.Key words: Lactic acid bacteria, fermentation, Romain lettuce, potential probiotic ABSTRAKBakteri Asam Laktat (BAL) merupakan sekelompok bakteri Gram positif yang menghasilkan asam laktat sebagai produk akhir metabolisme. Berbentuk kokus atau batang, tidak memiliki spora dan bersifat anaerob atau fakultatif anaerob. Sebagian besar BAL merupakan probiotik yang diketahui memiliki manfaat baik bagi kesehatan, seperti memiliki aktivitas antibakteri. Penelitian ini bertujuan untuk menguji kemampuan isolat BAL dari hasil fermentasi selada Romain sebagai probiotik potensial yang mencakup aktivitas antibakteri isolat. Isolat bakteri ditumbuhkan pada media MRS agar  yang ditambahkan 1% CaCO3 kemudian dimurnikan menggunakan metode gores (streak) sehingga diperoleh isolat murni yang kemudian diuji. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ke empat isolat yang diperoleh dari hasil fermentasi selada romain yang berpotensi memiliki aktivitas penghambatan bakteri patogenKata kunci: Bakteri asam laktat, fermentasi, selada Romain, probiotik potensia

PENYALUTAN BAKTERI ASAM LAKTAT MENGGUNAKAN NANOPARTIKEL KITOSAN

ABSTRACT The lactic acid bacteria (LAB) are bacteria which have large contribution to provide functional benefits for the human body as a probiotic. One of the conditions needed for a bacterium to be catagorized as probiotic, is to be tolerant to low pH. The encapsulation approach using chitosan nanoparticles is one of the methods to prevent damage and the amount of probiotic bacteria reduction when they are exposed to low pH. Chitosan is a natural polymer, biocompatible, biodegradable, and not toxic substance, and can form microencapsulation with cross-bonding with tripolyphosphate. Therefor, chitosan is suitable for encapsulation of lactic acid bacteria. Keywords : Lactitc acid bacteria, chitosan, microencapsulation, viability, pH low   ABSTRAK Bakteri asam laktat merupakan bakteri yang memiliki kontribusi besar dalam memberikan manfaat fungsional bagi tubuh manusia sebagai probiotik. Salah satu syarat yang dibutuhkan agar suatu bakteri dinyatakan sebagai probiotik yaitu toleransi terhadap pH rendah. Pendekatan penyalutan (enkapsulasi) nanopartikel kitosan merupakan salah satu metode untuk mencegah kerusakan dan berkurangnya jumlah bakteri probiotik ketikan terpapar pada pH rendah. Kitosan merupakan polimer alami, biokompatibel, biodegradable, tidak beracun, dan dapat membentuk ikatan silang dengan tripolifosfat, sehingga kitosan dapat digunakan sebagai matriks pada mikroenkapsulasi (penyalutan mikro) bakteri asam laktat. Kata kunci : bakteri asam laktat, kitosan, mikroenkapsulasi, viabilitas, pH renda

IDENTIFIKASI BAKTERI ASAM LAKTAT DARI HASIL FERMENTASI SELADA ROMAIN (Lactuca sativa var. longifolia Lam.) MENGGUNAKAN GEN 16S rRNA

ABSTRACT            Lactic acid bacteria (LAB) is a group of bacteria that produce lactic acid as the major metabolic end product of carbohydrate fermentation. LAB are highly beneficial because of their probiotic potential properties and as functional starter cultures in food fermentation. This study was aimed to identify the LAB species isolated from romaine lettuce fermented product by using molecular identification method with 16S rRNA gene marker. The fermented product was diluted and spread onto MRS agar supplemented with 1% of CaCO3 and then purified by using streak method. Both isolates were positive Gram bacteria and gave negative results from catalase test. The result of molecular identification showed that LAB from romaine lettuce fermented product have each 99 and 100% similarity to Enterococcus faecium that known have properties as probiotic potential and functional culture starter.Key words: lactic acid bacteria, fermentation, probiotic, Enterococcus faecium, Lactuca sativa var. Longifolia Lam.             ABSTRAK             Bakteri asam laktat (BAL) merupakan bakteri yang menghasilkan asam laktat sebagai metabolit utamanya dalam fermentasi karbohidrat. BAL merupakan bakteri yang menguntungkan karena memiliki aktivitas probiotik potensial dan dapat berguna sebagai starter dalam proses fermentasi makanan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies BAL yang diisolasi dari hasil fermentasi selada romain menggunakan metode identifikasi molekuler dengan gen penanda 16S rRNA. Cairan hasil fermentasi diencerkan dan ditebar pada media MRS agar yang telah dicampur dengan CaCO3 1% dan kemudian dimurnikan menggunakan metode streak plate. Kedua isolat merupakan bakteri Gram positif dan menunjukkan hasil negatif pada uji katalase. Hasil identifikasi molekuler menunjukkan bahwa  kedua BAL hasil fermentasi selada romain memiliki kemiripan masing-masing 99 dan 100 % dengan Enterococcus faecium yang diketahui memiliki aktivitas probiotik.Kata Kunci: bakteri asam laktat, fermentasi, probiotik, Enterococcus faecium, Lactuca sativa var. longifolia Lam

Identifikasi Bakteri Endofit Daun Ficus Minahassae (Teijsm. & De Vriese) Miq. Berdasarkan Gen 16s rRNA

Bakteri endofit telah ditemukan hampir di semua tumbuhan yang telah diteliti. Bakteri-bakteri ini mengkolonisasi jaringan internal tumbuhan inang. Di Sulawesi Utara terdapat salah satu tumbuhan ara, yaitu Ficus minahassae, yang hanya tumbuh lokal di daerah ini dan Filipina. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengidentifikasi dari bakteri endofit yang mendiami daun F. minahassae. Isolasi bakteri endofit dilakukan dengan menebarkan ekstrak daun yang steril di atas permukaan media Nutrient Agar. Isolat murni yang diperoleh diidentifikasi menggunakan penanda gen 16S rRNA. Dari hasil penanaman ekstrak daun F. minahassae diperoleh dua isolat, yaitu YL1 yang koloninya berwarna kuning, dan YL2 yang koloningnya berwarna krem. Dengan melakukan proses BLAST di GenBank, YL1 memiliki kemiripan 100 % dengan Brachybacterium muris, sedangkan YL2 memiliki kemiripan 99 % dengan Pseudacidovorax intermedius. Analisis filogenetik yang dilakukan menggunakan metode UPGMA yang terintegrasi pada piranti lunak Geneious memperlihatkan perbedaan taksa dari bakteri endofit yang ditemukan pada daun F. minahassae.Endophytic bacteria have been found in virtually every plant studied. These bacteria colonize the internal tissue of the host plant. In North Sulawesi there is a fig plant named Ficus minahassae which is endemic to the area and the Philippines. This research was aimed to identify of the endophytic bacteria inhabit the endosphere of the leaf of F. minahassae. Isolation of endophytic bacteria was performed by spreading the sterile leaf extract onto NA media. The pure isolates were identified using 16S rRNA gene marker. There were two isolates, designated as YL1 and YL2, were isolate from the leaf of F. minahassae. The color of isolate YL1 was yellowish and YL2 was creme. Using BLAST nucleotide, YL1 showed 100 % similarity with Brachybacterium muris, and YL2 showed 99 % similarity with Pseudacidovorax intermedius. Phylogenetic analysis performed using UPGMA method integrated on Geneious software showed different taxa from endophytic bacteria found on F. minahassae leaf

PENGARUH PENAMBAHAN ASAM BENZOAT TERHADAP PERTUMBUHAN RAGI DAN KADAR ALKOHOL PADA FERMENTASI KULIT NANAS (Ananas comosus L.) LOKAL

ABSTRACTPineapple skin (Ananas comosus L.) has good nutritional value. Pineapple waste that has not been used will cause environmental problems, and therefore one of the utilization of pineapple waste by fermentation. The addition of benzoic acid is done so that the fermentation product is not alcoholic. The aim of this study was to evaluated the effect of addition benzoic acid on yeast growth and alcohol content on the fermentation of pineapple skin (Ananas comosus L.). Fermentation was carried out for 7 days by adding some concentrations of benzoic acid and measured total acid, alcohol content, pH, and yeast growth on media Saboroud Dextrose Agar (SDA). Results of the study showed that the added fermentation concentration of 0.05%; 0.1% and 0.2% benzoic acid have lower alcohol content and yeast amount compared with fermentation using 0% benzoic acid, so concluded there is an effect of the addition of benzoic acid on yeast growth and alcohol content. Keywords: Pineapple, Benzoic Acid, Alcohol, Yeast.   ABSTRAKKulit buah nanas (Ananas comosus L.) memiliki nilai gizi yang baik. Limbah buah nanas yang belum dimanfaatkan akan menimbulkan masalah lingkungan, maka dari itu salah satu pemanfaatan limbah buah nanas dengan cara fermentasi. Penambahan asam benzoat dilakukan agar produk fermentasi tidak bersifat alkoholik. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi pengaruh penambahan asam benzoat terhadap kadar alkohol dan pertumbuhan ragi pada fermentasi kulit nanas (Ananas comosus L.). Fermentasi dilakukan selama 7 hari dengan menambahkan beberapa konsentrasi asam benzoat kemudian diukur total asam, kadar alkohol, pH, serta pertumbuhan ragi pada media Saboroud Dextrose Agar (SDA). Hasil penelitian menunjukan bahwa fermentasi yang ditambahkan konsentrasi 0,05%; 0,1% dan 0,2% asam benzoat memiliki kadar alkohol dan jumlah ragi yang lebih rendah dibandingkan dengan fermentasi yang menggunakan 0% asam benzoat, sehingga disimpulkan terdapat pengaruh penambahan beberapa konsentrasi asam benzoat terhadap pertumbuhan ragi dan kadar alkohol. Kata Kunci : Nanas, Asam Benzoat, Alkohol, Ragi

Variasi Genetik Troides Helena (Lepidoptera: Papilionidae) Berdasarkan Gen COI (Cytochrome C Oxydase I)

Kupu-kupu Troides helena (Kupu-kupu Raja) merupakan salah satu spesies langka yang dilindungi. Eksploitasi yang berlebihan, serta alih fungsi hutan menjadi ancaman bagi kehidupan kupu-kupu ini. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui variasi pada gen cytochrome C oxidase I Troides helena yang diperoleh dari dua lokasi yang berbeda, yaitu Gunung Tumpa dan Gunung Dua-sudara. Analisis sekuens menunjukkan adanya perbedaan satu pasang basa nukleotida dari kedua spesimen tersebut. Selain itu, variasi juga ditunjukan pada sampel yang diperoleh dari basis data GenBank dengan adanya perbedaan 7-8 pasang basa nukleotida dengan spesimen pada penelitian ini. Hasil perhitungan jarak genetik menunjukkan bahwa meskipun secara geografis spesimen-spesimen uji ini berasal dari lokasi yang berjauhan, variasi genetik masih berada dalam kisaran variasi intraspesies.Troides helena (Common Birdwing) is listed as one of endangered and protected butterfly species. Excessive exploitation and forest conversion have become threat to the life of this butterfly. This study was conducted to determine the genetic variation of Troides helena obtained from Mt. Tumpa and Mt. Dua-sudara based on cytochrome C oxidase I gene. Sequence analysis shows one nucleotide difference between these two specimens. Moreover, genetic variation also has been shown by comparing these two specimen with other Troides helena obtained from database in GenBank. There are 7-8 nucleotides differences among tested specimens. The result of genetic distance calculations indicates that although geographically these test specimens derived from remote locations, the genetic variation is still within the range of intraspecific variation