Genetic control and biodiversity of tolerance to Verticillium albo-atrum and Verticillium dahliae in Medicago truncatula

Abstract

La verticilliose est une maladie vasculaire des plantes dont les symptômes typiques sont un flétrissement des parties aériennes, des feuilles chlorosées puis séchées, et dans les cas de maladie grave la mort de la plante. Au niveau des racines on observe une coloration brune du tissu conducteur. Cette maladie est causée par un champignon du sol du genre Verticillium. Les espèces majeures V. dahliae et V. albo-atrum sont responsables de pertes importantes de rendement sur de nombreuses cultures. Le champignon entre dans la racine par des blessures ou par des fissures au niveau de sites d’émergence de racines latérales, puis il avance vers le cylindre central et envahit les vaisseaux du xylème. Sa croissance reste pendant longtemps limitée aux vaisseaux qu’il colonise en avançant vers les parties aériennes de la plante. Aux stades tardifs, le champignon sort du cylindre central et colonise les autres tissus. En Europe, V. albo-atrum constitue l’une des principales causes de maladies chez la luzerne pérenne et est à l’origine de pertes économiques très importantes. La capacité de V. albo-atrum de survivre dans le sol ainsi que sa localisation protégée dans le cylindre centrale des plantes infectées en font un pathogène difficile à combattre, la lutte génétique par sélection de variétés tolérantes apparaissant comme une approche prometteuse. Cependant, la capacité des microorganismes pathogènes de s’adapter rapidement à des nouvelles plantes hôtes est une menace bien connue de la durabilité des variétés résistantes. Au laboratoire, des travaux ultérieurs ont établi que la plante modèle des légumineuses Medicago truncatula, une espèce sauvage proche de la luzerne cultivée, peut être utilisée pour étudier les mécanismes de résistance et sensibilité vis-à-vis de V. alboatrum. Une lignée résistant et une lignée sensible ont été identifiées et l’étude de la descendance d’un croisement entre ces deux lignées a permis d’identifier un locus majeur (Quantitative trait locus, QTL) contrôlant la résistance à une souche de V. albo-atrum isolée de la Luzerne (Ben et al., 2013 ; Negahi en 6e co-auteur). Ce travail a également montré qu’il existait une grande biodiversité au sein de l’espèce M. truncatula par rapport à la réponse à cette souche de V. albo-atrum. ABSTRACT : Verticillium wilt, caused by Verticillium albo-atrum (Vaa) and Verticillium dahliae (Vd), is responsible for yield losses in many economically important crops. The capacity of pathogenic fungi to adapt to new hosts is a well-known threat to the durability of resistant crop varieties. Medicago truncatula is a good model for studying resistance and susceptibility to Verticillium wilt in legume plants. Phenotyping a population of inbred lines from a cross between resistant parent line A17 and susceptible parent F83005.5 contributed to the identification of a first QTL controlling resistance to an alfalfa strain of Vaa in M. truncatula. Then, 25 M. truncatula genotypes from a core collection and six Vaa and Vd strains were used to study the potential of non-host Verticillium strains isolated from different plant species to infect this legume plant, and the plant’s susceptibility to the pathogens. The experiment was arranged as factorial based on a randomized complete block design with three replications. The wilt symptoms caused by Vaa and Vd were scored on a disease index scale from 0 to 4, during 30 days after inoculation of ten day-old plantlets. Disease severity was quantified by the parameters Maximum Symptom Scores (MSS) and Areas Under the Disease Progress Curves (AUDPC). Highly significant differences were observed among plant genotypes and fungal strains, and their interaction was also significant. The correlation between MSS and AUDPC was 0.86 and highly significant. The most severe symptoms were caused by the alfalfa strain Vaa-V31-2 and the least severe by Vd-JR2, as shown by mean values obtained on the 25 genotypes. M. truncatula genotype TN8.3 was identified as the most susceptible genotype by mean values obtained with the 6 fungal strains, whereas F11013-3, F83005.9 and DZA45.6 were highly resistant to all strains studied. The results were used to choose parents for studying the genetics of resistance in M. truncatula to a nonalfalfa Verticillium strain. So, in the second part of this work, genotype A17 which was susceptible and genotype F83005.5 which was resistant to the potato strain Vaa-LPP0323 and recombinant inbred lines (RILs) from a cross between these genotypes were selected in order to study the genetic control of resistance to this strain of the pathogen. Our experimental design was a randomized complete blocks with 116 RILs and three replications. High genetic variability and transgressive segregation for resistance to Vaa-LPP0323 were observed among RILs. A total of four QTLs controlling resistance to Vaa-LPP0323 were detected for the parameters MSS and AUDPC. The phenotypic variance explained by each QTL (R2) was moderate, ranging from 3 to 21%. A negative sign of additive gene effects showed that favourable alleles for resistance come from the resistant parent