Analisis Proteomik Profil Protein Darah Kerbau Lokal (Bubalus bubalis) di Blitar dan Banyuwangi Sebagai Upaya Peningkatan Mutu Genetik

Abstract

ABSTRAK   Ardjaka, Zhentaza Bianca. 2014. Analisis Proteomik Profil Protein Darah Kerbau Lokal (Bubalus bubalis) di Blitar dan Banyuwangi Sebagai Upaya Peningkatan Mutu Genetik. Skripsi, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang. Pembimbing: (I) Dr. Umie Lestari, M.Si, (II) Prof. Dr. agr. Moh. Amin, M.Si.   Kata Kunci: analisis proteomik, kerbau, protein darah, keragaman genetik, peningkatan mutu genetik. Kerbau (Bubalus bubalis) merupakan salah satu hewan endemik Indonesia, yang hingga kini pengembangan populasinya masih relatif tetap, bahkan cenderung berkurang. Populasi kerbau di Pulau Jawa terus mengalami penurunan, terutama terjadi di Jawa Timur, hal tersebut terutama disebabkan karena masyarakat lebih menyukai beternak sapi yang nilai jualnya lebih tinggi, kualitas pakan kerbau yang rendah akibat pengurangan tanah pertanian, dan menurunnya kualitas mutu genetik kerbau akibat dari perkawinan kerbau antar individu yang berkerabat dekat atau inbreeding. Strategi yang efektif untuk mendorong pengembangan pembibitan kerbau salah satunya denganmanajemen perkawinan silang, maka perlu dilakukan peningkatkan kualitas indukan melalui identifikasi variasi genetik dengan pendekatan molekuler berdasarkan pola profil protein spesifik dalam darah untuk mendapatkan kerbau dengan mutu genetik yang baik. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan estimasi hubungan kekerabatan melalui analisis profil protein spesifik dalam darah. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif eksploratif. Prosedur penelitian diawali dengan memisahkan darah kerbau menjadi plasma darah dan eritrosit. Plasma darah melalui proses purifikasi terlebih dahulu. Selanjutnya plasma darah dan eritrosit dianalisis dengan teknik elektroforesis, dan dihasilkan protein spesifik meliputi haemoglobin (63-66 kDa), transferrin (80-85 kDa), dan post-transferrin (90-105 kDa). Ketiga protein spesifik tersebut kemudian dianalisis menggunakan software MVSP 3.22 dan Genepop 4.2 untuk mendapatkan estimasi hubungan kekerabatan dan frekuensi ekspresi protein. Hasil penelitian berupa profil protein darah dari sampel kerbau yang ada serta perbandingan profil protein populasi tersebut sehingga diketahui keragaman genetik pada kedua populasi. Frekuensi ekspresi protein pada lokus post-transferrin pada kedua populasi kerbau di Blitar dan Banyuwangi memiliki variasi ekspresi protein yang lebih tinggi dibandingkan dengan lokus haemoglobin dan transferrin. Berdasarkan dendogram analisis felogeni, memperlihatkan bahwa kerbau dari kedua populasi membentuk dua cluster besar. Dari dua cluster tersebut, estimasi perkawinan silang atau cross breeding yang disarankan yaitu semua individu kerbau yang berada pada cluster pertama, meliputi individu Banyuwangi 1, Banyuwangi 2, Banyuwangi 3, Banyuwangi 4 dan individu Blitar3 dapat disilangkan dengan individu pada cluster kedua, yaitu individu kerbau Blitar 1, Blitar 2, dan Blitar 4