HIV-1 negative factor binding to human thioesterase 8: insights from computational biology

Abstract

Il fattore negativo dell'HIV-1 (Nef) e' una proteina essenziale per il metabolismo del virus. Qui si ricercano le interazioni del Nef con uno dei suoi bersagli nella cellula umana infettata, l'enzima umano tioesterase 8(hTE8). La modellazione per omologia, l'aggancio virtuale tra proteine e gli esperimenti di simulazione di dinamica molecolare vengono condotti su modelli strutturali dell'enzima e del complesso, rispettivamente, con lo scopo di caratterizzare la probabile regione di interazione. Una plausibile, ancorche' approssimativa, regione di legame e' stata identificata. Quest'ultima aiuta a interpretare i dati di mutagenesi relativi al sito esistente. I nostri calcoli suggeriscono inoltre che la dinamica del sistema su larga scala cambia dopo che si e' formato il complesso.HIV-1 Negative factor (Nef) is a protein essential for the metabolism of the virus. Here we investigate the interactions of Nef with one of its targets on infected human cells, the human thioesterase 8 (hTE8) enzyme. Homology modeling, virtual protein-protein docking and Molecular Dynamics Simulation experiments are carried out on the structural models of the enzyme and the complex respectively, with the aim of characterizing the putative interaction region. A plausible, albeit approximate, binding region is identified. The latter help interpret existing site directed mutagenesis data. Our calculations suggest also that the system largescale dynamics change upon complex formation