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A data science pipeline applied to Australia's 2022 COVID-19 Omicron waves
The field of software engineering is advancing at astonishing speed, with packages now available to support many stages of data science pipelines. These packages can support infectious disease modelling to be more robust, efficient and transparent, which has been particularly important during the COVID-19 pandemic. We developed a package for the construction of infectious disease models, integrated it with several open-source libraries and applied this composite pipeline to multiple data sources that provided insights into Australia's 2022 COVID-19 epidemic. We aimed to identify the key processes relevant to COVID-19 transmission dynamics and thereby develop a model that could quantify relevant epidemiological parameters.The pipeline's advantages include markedly increased speed, an expressive application programming interface, the transparency of open-source development, easy access to a broad range of calibration and optimisation tools and consideration of the full workflow from input manipulation through to algorithmic generation of the publication materials. Extending the base model to include mobility effects slightly improved model fit to data, with this approach selected as the model configuration for further epidemiological inference. Under our assumption of widespread immunity against severe outcomes from recent vaccination, incorporating an additional effect of the main vaccination programs rolled out during 2022 on transmission did not further improve model fit. Our simulations suggested that one in every two to six COVID-19 episodes were detected, subsequently emerging Omicron subvariants escaped 30–60% of recently acquired natural immunity and that natural immunity lasted only one to eight months on average. We documented our analyses algorithmically and present our methods in conjunction with interactive online code notebooks and plots.We demonstrate the feasibility of integrating a flexible domain-specific syntax library with state-of-the-art packages in high performance computing, calibration, optimisation and visualisation to create an end-to-end pipeline for infectious disease modelling. We used the resulting platform to demonstrate key epidemiological characteristics of the transition from the emergency to the endemic phase of the COVID-19 pandemic
ADAR1-regulated miR-142-3p/RIG-I axis suppresses antitumor immunity in nasopharyngeal carcinoma
Following the initial treatment of nasopharyngeal carcinoma (NPC), tumor progression often portends an adverse prognosis for these patients. MicroRNAs (miRNAs) have emerged as critical regulators of tumor immunity, yet their intricate mechanisms in NPC remain elusive. Through comprehensive miRNA sequencing, tumor tissue microarrays and tissue samples analysis, we identified miR-142-3p as a significantly upregulated miRNA that is strongly associated with poor prognosis in recurrent NPC patients. To elucidate the underlying molecular mechanism, we employed RNA sequencing, coupled with cellular and tissue assays, to identify the downstream targets and associated signaling pathways of miR-142-3p. Our findings revealed two potential targets, CFL2 and WASL, which are directly targeted by miR-142-3p. Functionally, overexpressing CFL2 or WASL significantly reversed the malignant phenotypes induced by miR-142-3p both in vitro and in vivo. Furthermore, signaling pathway analysis revealed that miR-142-3p repressed the RIG-I-mediated immune defense response in NPC by inhibiting the nuclear translocation of IRF3, IRF7 and p65. Moreover, we discovered that ADAR1 physically interacted with Dicer and promoted the formation of mature miR-142-3p in a dose-dependent manner. Collectively, ADAR1-mediated miR-142-3p processing promotes tumor progression and suppresses antitumor immunity, indicating that miR-142-3p may serve as a promising prognostic biomarker and therapeutic target for NPC patients
Recent advance in Mn-based Li-rich cathode materials: Oxygen release mechanism and its solution strategies based on electronic structure perspective, spanning from commercial liquid batteries to all-solid-state batteries
Abstracts: The current widespread use of lithium-ion batteries (LIBs) in transportation and consumer electronics has spurred the pursuit of developing cathode materials with enhanced energy density, aiming to commercialize LIBs with improved performance. Mn-based Li-rich layered oxides, among the various types of cathode materials, possess outstanding merits such as high energy density, low cost, and environmentally friendly, which make them the most promising commercial cathode materials for LIBs. However, the low initial cycle efficiency, voltage and capacity attenuation, and phase transformation significantly slow down the process of commercial application. The essential origin of the above drawbacks is the redox reaction from the lattice oxygen in the initial uptake/release process. Based on the advanced characterizations and theoretical analysis, researchers have gained a deep understanding of the fundamental issues and subsequent solution strategies. Firstly, this present article provides a comprehensive review of the redox reaction mechanism involving lattice oxygen in liquid lithium-ion battery avenue, focusing on the perspective of electronic energy levels. Then, the article provides an in-depth analysis and summary of the relevant solution strategies, as well as a detailed overview of the application and challenges of Li-rich cathode materials in all-solid-state lithium-ion batteries (ASSLBs). The primary objective of this review is to offer targeted guidance for the development of Li-rich cathodes that are both highly efficient and safe, with a particular emphasis on their potential application in the future all-solid-state battery technology
O caráter sociopolítico da língua inglesa: a interculturalidade e suas implicações na formação identitária dos alunos
A língua inglesa (LI) atingiu seu ápice entre as demais línguas faladas no mundo devido à globalização. Esse processo a fez ser considerada como língua franca, a língua das relações políticas, diplomáticas, econômicas e etc. Com isso, algumas implicações surgem no campo do ensino de LI, aqui abordaremos a relação entre a interculturalidade – inseparável do processo de aprendizagem de uma nova língua – e a formação identitária do estudante. Diante dessa perspectiva, esta pesquisa analisa documentos regimentais da educação nacional, com ênfase nos textos sobre o ensino da LI, discutindo os pontos em comum entre esses e explorando a presença/ausência da questão intercultural, abordando ainda obras de autores que colaboram para o diálogo entre os temas, a exemplo Corbett (2022), Rajagopalan (2003; 2021), Fleuri (2007), entre outros que tratam sobre a identidade do aprendiz e a interculturalidade no ensino. As conclusões a partir deste estudo revelam a fluidez da identidade do estudante no processo de aprendizagem diante do cenário globalizado em que as culturas se relacionam constantemente, e apontam a necessidade da contínua busca por informações que possam agregar às práticas didático-pedagógicas do professor de LI frente à inclusão da interculturalidade em suas aulas uma vez que isto tende a contribuir na aprendizagem do aluno e no desenvolvimento da sua criticidade frente ao mundo. </p
Análise energética e exergética de um sistema de refrigeração por absorção de vapor de duplo efeito em série com disposição em torre
Este trabalho apresenta um estudo energético e exergético detalhado de um sistema de refrigeração por absorção de vapor de duplo efeito em série com disposição em torre. Esse sistema, que emprega água e brometo de lítio como fluidos de trabalho, usa como fonte de energia térmica para acionar o gerador de vapor, a queima direta do gás natural, e tem como propósito principal a produção de água gelada para um sistema de climatização. Desenvolvido e refinado no Laboratório de Energia Sustentável do Instituto de Energia Sustentável da Universidade Federal da Paraíba, este estudo serve como um suporte valioso e um parâmetro crucial para a otimização do protótipo do sistema. No âmbito da análise termodinâmica realizada, são examinados aspectos energéticos e exergéticos para avaliar tanto quantitativa quanto qualitativamente as irreversibilidades e eficiências dos componentes do sistema em estudo. Utilizou-se o software Engineering Equation Solver para resolver as interações no processo de modelamento matemático dos processos analisados. O chiller de absorção em análise é composto por dois geradores de vapor, um sistema de condensação, evaporador, absorvedor, válvulas de expansão, bomba de solução e um trocador de calor. Os resultados da análise exergética revelam que, em termos de eficiência de segunda lei (racional), o evaporador destaca-se como o componente mais eficiente, registrando uma eficiência de 76,14%, seguido pelo gerador de vapor 1 e o trocador de calor, com eficiências de 53,31% e 51,96%, respectivamente. Em relação às irreversibilidades, o gerador de vapor I e II apresentaram, respectivamente, 58,93% e 22,59% do total das irreversibilidades do sistema. O coeficiente de desempenho do sistema ficou em 1,183.</p
Filmes produzidos com compostos de tungstênio para aplicações elétricas e optoeletrônicas: uma revisão
Os materiais à base de tungstênio têm despertado interesse nos últimos anos devido às suas propriedades únicas e à possibilidade de utilização em uma ampla gama de aplicações. Em vista disso, neste trabalho, foi realizada uma revisão sistemática da literatura (RSL) acerca de filmes produzidos com compostos de tungstênio como material base. Foram analisados os métodos de deposição empregados na confecção dos filmes bem como as propriedades elétricas, dielétricas e optoeletrônicas estudadas nos trabalhos analisados, as principais aplicações estudadas e/ou sugeridas, composição do filme, entre outros aspectos. As buscas foram realizadas nas plataformas: Periódicos CAPES, Science Direct, Scopus e Google Acadêmico. Os critérios de análise, seleção e exclusão de trabalhos foram definidos de acordo com a estratégia PICO – População, Intervenção, Comparação e Resultados (outcomes). Na primeira etapa da busca, foram encontrados 187 artigos, dos quais 36 foram selecionados para leitura integral após a aplicação dos referidos critérios. O método de produção mais utilizado foi o Sputtering, seguido dos de Deposição de Vapor Químico (DVQ), Sol-gel e Tape Casting. As principais propriedades estudadas nos trabalhos foram a resistividade elétrica e a curva IV. Quanto à composição, o trióxido de tungstênio foi o composto mais investigado nos trabalhos sobre confecção dos filmes. A aplicação mais indicada foi em dispositivos eletrocrômicos, como películas para janelas inteligentes, displays e outras aplicações optoeletrônicas. Também foram indicadas aplicações como supercapacitores, células solares, sensores, armazenamento de energia e fotodetectores. Com base nos artigos analisados, é possível afirmar que filmes de tungstênio possuem propriedades interessantes para diferentes aplicações, sendo um material versátil e com potencial para mais investigações.</p
Avaliação do uso de equipamentos de proteção individual na aplicação de agrotóxicos por agricultores familiares em Juazeiro, Bahia
O uso de agrotóxicos tornou-se uma prática amplamente integrada à atividade agrícola, aumentando gradualmente a dependência desses produtos químicos no setor. No entanto, as medidas de segurança para o manuseio desses produtos, como o uso de Equipamentos de Proteção Individual (EPIs), não têm acompanhado a mesma intensidade de sua utilização. Assim, o presente estudo teve como objetivo identificar os principais EPIs utilizados por agricultores durante a aplicação de agrotóxicos e compará-los aos kits recomendados para proteção completa (calça e jaleco com tratamento hidrorepelente, botas de PVC, avental, respirador, viseira de acetato, boné árabe com tratamento hidrorepelente e luvas de neoprene ou nitrílica), analisando se a ausência de determinados equipamentos compromete a proteção efetiva dos trabalhadores, podendo causar efeitos negativos à saúde, como dor de cabeça, vômito, náuseas, problemas respiratórios, erupções cutâneas, desorientação ou intoxicações crônicas. Para tal, foram aplicados questionários semiestruturados a 31 agricultores familiares, maiores de 18 anos, residentes no município de Juazeiro, Bahia, que utilizam agrotóxicos em suas propriedades. Os questionários continham questões sobre o uso de agrotóxicos, o uso de EPIs, o conhecimento sobre os agrotóxicos e treinamentos de segurança. Os resultados indicaram que 67,7% dos agricultores utilizavam apenas botas de borracha e 54,8% usavam máscaras de proteção durante a aplicação dos agrotóxicos, enquanto os demais equipamentos ficaram abaixo de 50% de uso, tais como luvas (48,4%), chapéus (41,9%), óculos (35,5%), calça e camisa (22,6%) e avental (3,2%). Além disso, 30% dos entrevistados relataram não utilizar nenhum tipo de proteção. Como forma de mitigar esses problemas, sugere-se uma intervenção mais ativa por parte dos órgãos de fomento à agricultura, por meio de campanhas de conscientização e treinamentos sobre o uso de agrotóxicos e EPIs, visando fornecer informações que promovam a mudança de comportamentos inseguros, os quais podem levar ao adoecimento dos trabalhadores.</p
A aguardente artesanal (tua-sabu) e sua importância sociocultural no Timor-Leste: uma revisão
A tua-sabu é uma aguardente típica de Timor-Leste, que é feita a partir da seiva de palmeiras. Essa bebida possui uma longa história desde os tempos antigos e sempre foi reconhecida e valorizada em eventos culturais como cerimônias rituais e outras celebrações importantes. A produção do tua-sabu envolve a colheita da seiva, fermentação natural, destilação, separação de frações e engarrafamento. A bebida apresenta aspectos de qualidade de cor, sabor e aroma diferenciados, sendo uma das bebidas tradicionais mais valorizadas pelos consumidores timorenses. Para a maioria da comunidade agrícola timorense, a produção do tua-sabu é uma fonte de renda familiar e de provisões para as necessidades diárias. Todavia, é crucial aprimorar as técnicas e etapas de produção visando garantir os produtos artesanais, uma vez que ainda falta controle de qualidade para fins de consumo e a inserção no mercado. A falta de infraestrutura laboratorial e normas técnicas específicas de controle, podem comprometer a qualidade e a segurança dos produtos, o que acarreta um risco para a saúde dos consumidores. Esta revisão teórica se faz necessária pois o processo e as etapas de produção de tua-sabu em Timor-Leste é ainda pouco explorado e documentado, sendo um passo para divulgação científica que visa ao desenvolvimento desta bebida típica, amplamente consumida pelos timorenses e pouco conhecida pelo mundo afora.</p
Effective cataract surgical coverage in India: Evidence from 31 districts
Background:
Effective Cataract Surgical Coverage (eCSC) is a core outcomes domain indicator to assess accessibility and quality of eye care services with limited available information.
Purpose:
To generate baseline estimates of eCSC for India.
Methods:
We performed the analysis of data pooled from Rapid Assessment of Avoidable Blindness surveys conducted in 31 districts of India during 2015-2019 among persons aged 50+ years. eCSC was calculated at various thresholds, the primary being operable cataract at best corrected visual acuity <6/12, good outcome at presenting visual acuity of 6/12.
Results:
Age-sex standardized and weighed eCSC in India was 36.7% (95% CI: 33.6, 39.9), and cataract surgical coverage (CSC) was 57.3% (95% CI: 53.3, 61.2), a relative quality gap in cataract surgery being 36.0%. eCSC in males was higher at 38.0% than females (35.6%). eCSC increased with education from 31.0% in illiterate participants to 59.7% in class 10 educated. On multivariate analysis, rural setting, increasing age, and residence in eastern or northeastern zones of India continued to be associated with poor/worse eCSC, while female gender was associated with higher eCSC. District-wide variations in eCSC were observed.
Conclusion:
Developmental factors have an important bearing on eCSC in India. Geographical variations point toward the need for targeted, locally relevant strategies
Multifaceted superoxide dismutase 1 expression in amyotrophic lateral sclerosis patients: a rare occurrence?
Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is a neuromuscular condition resulting from the progressive degeneration of motor neurons in the cortex, brainstem, and spinal cord. While the typical clinical phenotype of ALS involves both upper and lower motor neurons, human and animal studies over the years have highlighted the potential spread to other motor and non-motor regions, expanding the phenotype of ALS. Although superoxide dismutase 1 (SOD1) mutations represent a minority of ALS cases, the SOD1 gene remains a milestone in ALS research as it represents the first genetic target for personalized therapies. Despite numerous single case reports or case series exhibiting extramotor symptoms in patients with ALS mutations in SOD1 (SOD1-ALS), no studies have comprehensively explored the full spectrum of extramotor neurological manifestations in this subpopulation. In this narrative review, we analyze and discuss the available literature on extrapyramidal and non-motor features during SOD1-ALS. The multifaceted expression of SOD1 could deepen our understanding of the pathogenic mechanisms, pointing towards a multidisciplinary approach for affected patients in light of new therapeutic strategies for SOD1-ALS