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    Contribution à l'étude de la diversité Génétique du manioc cultivé (Manihot esculenta) en Afrique Centrale (Zone CEMAC)

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    Le manioc, Manihot esculenta Crantz est un aliment de base dans les régions tropicales. Il est diploïde, fertile, mais sa culture se fait largement par multiplication végétative. Il a été introduit en Afrique depuis le XVIème siècle par les portugais. Bien que I' Afrique Centrale soit le premier centre d'introduction, la diversité génétique du manioc dans cette région est mal connue. Suite à une collecte de manioc cultive menée dans cinq pays de la CEMAC dans le cadre du projet PRASAC pour une production durable du manioc, nous avons génotype 365 accessions en utilisant 28 marqueurs microsatellites. L'étude a révélé 109 allèles avec un nombre moyen d'allèles par locus de 4.74, pour un taux de 28% d'allèles rares. Les 338 accessions étudiées représentent 253 génotypes multilocus. L'analyse de la diversité génétique ne révèle aucune structuration géographique ni agro-écologique. Cela indique probablement une diversification locale du manioc dans la région liée aux forts échanges entre les pays, mais aussi que la sexualité a participé. Ces résultats serviront à guider les programmes de conservation régionale, et d'amélioration du manioc dans la région. (Résumé d'auteur

    High-throughput sequencing of cDNA shows that cv. Rubi and IAPAR59 of Coffea Arabica have different molecular response to water privation

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    It is well known that drought periods affect coffee plant development, leading to plant death and abortion of developing fruits in case of severe drought. In relation to coffee genetic diversity, several works reported the identification of plants of C. canephora conilon susceptible or tolerant to drought which were analyzed at the physiological level and also used to identify candidate genes underlying stress responses. Even narrow, a genetic diversity for drought tolerance also exist in the species C. arabica. In addition to the identification of undiscovered transcripts, the recent development of low-cost, high throughput next-generation (NGS) sequencing technologies now opens the way to perform expression profiling and to identify gene presenting differential expression patterns by comparing the frequency of reads obtained after sequencing. In order to initiate such kind of approach in coffee, RNA of meristematic tissues from Iapar59 (I59, drought tolerant) and Rubi (R, drought sensible) cultivars of C. arabica grown under field-grown with (I) or without (NI) irrigation were extracted and used to generate cDNA that were further sequenced. The sequencing data revealed 282.213, 135.304, 345.751 and 230.064 reads obtained from I59-I, I59-NI, R-I and R-NI samples, respectively, totalizing more than 255Mb. These data was compared with all available transcriptome Coffea data, including the EST sequences from both Coffea arabica and C. canephora. The results of these comparisons will be presented as well as the preliminary data of an electronic northern performed in order to identify differentially expressed genes between the two cultivars in both conditions (NI or I). General numbers show that Rubi has a more intense molecular response to drought, with many genes over-expressed. Also functional analysis of biological processes shows an enrichment of stress response genes in Rubi non-irrigated while in I59 there is a decrease in expression in genes related to carbohydrate metabolism and cell wall organization. It is worth noting the number of genes up-regulated in Rubi non irrigated (NI) and involved with drought stress response, like RD22, PDIR10 (dirigent-like protein), MYB and caffeine synthase for example, while these genes were not detected under this stress in I59. In other hand, many drought genes related to drought-stress tolerance were detected in the I59 cultivar involved in biosynthetic process such as sugar transporters, some proteins related with abiotic stress tolerance (i.e. osmotins), water channel protein, LEA proteins (implicated in detoxification and alleviation of cellular damage during dehydration) and heat shock proteins (HSPs). In the I59 cultivar, genes coding for enzymes involved in the ABA synthesis (isopentenyl diphosphate isomerase, geranylgeranyl reductase), which causes stomatal closure, precursor and enzymes, were also 1 highly expressed. Q-PCR experiments were also performed and allowed to confirm the data obtained in silico for several genes. These results will be presented and discussed. (Résumé d'auteur

    Spatial and seasonal variation of chemical composition of desert plant and camel faeces

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    To study the nutritive variability in camel farming system face to spatiotemporal fluctuatior of the fodder offers in Saharan range lands, the part grazed by the dromedary of 21 vivaciou plants composing the various types of Saharan rangelands was harvested., Besides 13 faece samples of dromedaries were collected in the same rangelands, during four seasons to analyz their chemical composition, including: Mineral Matter (MM), Organic Matter (OM), Tota Nitrogen Matter (MAT), Crude Wende Cellulose (CWB), Neutral Detergent Fibber (NDF) Acid Detergent Fibber (ADF) and Acid Detergent Lignin (ADL). The spatiotemporal study o the chemical composition of the camel faeces confirms us the obtained results for different plants grazed by this animal. Indeed, in general, the obtained values reflect very well the general trend of the chemical composition of plants, with values very low in nitrogen (going from 3.56 to 18.04% of the MS for the species and 3.62 to 11.53% of the MS for the faeces) and relatively high in membrane constituents (going from 21.47 to 74.83% of the MS for the species and 16.6 to 62.06% of the MS for the faeces). However, a significant seasonal variability was observed in plants (P = 0.001) contrary to faeces where no significant seasonal differences was reported (P = 0.058). This shows that the dromedary, by its particular feeding behaviour, applies a strategy of adaptation to nutrient fluctuations, caused by the seasonal climatic variations, and can ensure a relative stability of its annual nutrient contribution. (Texte intégral

    Comment faire une analyse économique simplifiée pour la gestion d'une forêt ? (d'après l'exemple de Alfred Shuku, agriculteur congolais)

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    Dans ce document, plutôt que de parler de l'analyse économique à partir de la théorie, nous allons utiliser l'exemple d'un agriculteur congolais qui s'appelle Alfred Shuku. Alfred Shuku a son Diplôme d'Etat, il sait donc parfaitement compter et écrire mais il n'a jamais étudié l'économie. Pourtant il pense que cette discipline peut lui apporter un grand bénéfice dans sa vie quotidienne. Son problème le plus immédiat ne concerne pas la forêt de son village mais la parcelle qui est derrière sa case. Il ne sait pas exactement ce qu'il veut en faire. Il décide alors de se tourner vers l'économie pour l'aider dans son choix. Ce document retrace les différentes étapes de son raisonnement. Il est basé sur des chiffres fictifs car son but est surtout d'expliquer quelle est la logique et les étapes de l'analyse économique. Mais si le lecteur comprend comment Alfred Shuku a utilisé l'analyse économique pour son problème particulier, alors il lui est facile de l'appliquer ensuite à la gestion de la forêt, voire à d'autres sujets. (Résumé d'auteur

    Market trends for tropical woods

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    Evolution de différents effecteurs de la virulence dans les populations du champignon pathogène Magnaporthe oryzae issues du riz et d'autres plantes hôtes

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    Chez les champignons phytopathogènes, les petites protéines sécrétées (PPS) sont des effecteurs potentiels de la pathogénie, qui manipulent le métabolisme de l'hôte pour favoriser l'infection. Les gènes d'avirulence, reconnus spécifiquement par les gènes de résistance de la plante, sont majoritairement des PPS. Qu'ils soient effecteurs ou gènes d'avirulence, les PPS sont donc impliquées étroitement dans les interactions avec des protéines de l'hôte, donc dans la coévolution plante-pathogène. Ce processus s'exprime au sein d'une espèce de plante, par l'acquisition et l'évolution de gènes de résistance, ou entre différentes espèces de plantes lors d'éventuels sauts d'hôtes. Notre hypothèse est que les gènes d'avirulence et les PPS effectrices portent des signatures moléculaires de ces processus de coévolution, soit sous forme de polymorphisme de présence/absence, soit sous forme d'une évolution adaptative rapide. Nous avons testé cette hypothèse sur le champignon ascomycète Magnaporthe oryzae, responsable de la pyriculariose du riz et d'autres plantes apparentées. Cette espèce est constituée de groupes génétiques spécialisés sur une plante hôte. Dans un mutant non pathogène, 10 PPS dérégulées par rapport au type sauvage ont été mises en évidence, qui sont donc de bons effecteurs candidats. Par ailleurs, 5 gènes d'avirulence ont été clonés chez M. oryzae, dont 4 sont des PPS. Nous avons étudié le polymorphisme de présence/absence et nucléotidique pour ces 14 PPS dans un échantillon de M. oryzae représentatif de la diversité génétique mondiale sur le riz et d'autres plantes. Nos résultats montrent un important polymorphisme de présence/absence, notamment pour les gènes d'avirulence, indiquant des pertes fréquentes au cours de l'évolution des populations, liées à l'acquisition de nouvelles virulences. Plusieurs gènes présentent des signatures de sélection positive, validant l'hypothèse de l'implication de ces gènes dans les processus de coévolution. (Texte intégral
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